2012年12月28日金曜日

2012を振り返って

最近めっきりあお集への投稿が減ってしまった・・・

自分も含めて大体みんな顔本に移ってしまったからだろうね。


とりあえず、もう年も暮れるし、今年の振り返りだけでもここに書いておくか。



2012年は年初めが一番忙しかった。
修論の提出とデュアルディグリの試験とでてんてこ舞いだった。で、どっちも無事に片付いて、1st authorの論文のreviseも終わった3月には燃え尽き症候群よろしくダレた。超ダレた。

結局2012は和文・英文で1本ずつ1st論文が出て、現在も近いうちにアクセプトになる2nd論文があるけど、自分としてはもっと頑張れたよなーと反省している。デュアルディグリのテーマを中心的にやっていたとはいえ、シミュレーションとか、自分の元々のメインの仕事は論文書きを含めてほぼ全然進まなかったわけだし。

デュアルディグリについては、1年やってみた感想としては思っていたよりdutyが多いなあと正直辟易した所もあった。勿論自分の研究に必要な計算科学分野について、専門職の人たちからアドバイスを貰えるのはすごいアドバンテージがあるし、実際メリットの方が大きいんだけど、「研究以外」のことでやらなきゃならないこともまた沢山ありすぎた。D1ってのは自分の将来を考えて一番データ解析やら論文書きやらしたい時期だけど、その時期にゼミやらセミナーやら授業やらで予想以上に時間を取られるのは結構精神的にげんなりくるものがあり、特に1学期はモチベーションが底辺まで下がった。

まあ、計算科学の修士を取るわけだし、それ相応の単位を取得するためやらなければいけないことがあるのは分かってるし、実際特例として大分dutyは減らしてもらっているわけなので、贅沢な主張っちゃあそうだろうけど、いずれにせよデュアルディグリ行くとしても、自分の研究に確実に還元できるような研究室選びをしないと、「役に立ちそうだから」ぐらいのモチベーションでいくと研究以外のところで抑圧されすぎて潰れてしまいそうな懸念がある。

多分これからもうちの研究室から挑戦する人が出ると思うけど、やるかどうかは良く考えて決めたほうがいいですね。デュアルの名のとおり、半分くらいは時間と労力を持っていかれて、それらが全て自分の研究のために還元されるわけではないから、「そうであっても挑戦するに足る」動機を持っておくことが重要。


自分自身のDDについては、ちゃんと軌道には乗ったかなという感じ。最初は並列化に挑戦するプログラム選びから始まったけど、今やってるやつは並列化もしやすい部類だし、今年度中には実用にたる形にして、来年度にはデータ解析までもっていけそう。来年度は計算科学分野でも国際学会でproceedings出せるくらいにはなりたいね。


あとは、2012は結構学会行ったかな。初の英語発表もしたし、勉強会で講演もやらせてもらった。色々やったけど、やっぱりまだまだ頑張れたと思う。


来年はもっと気合入れて、特に自分のやった結果をアウトプットしていくことに傾注しなければ。年末~年度末には学振PD書類も控えているし、DDの修論もあるし、もっと忙しくなることは間違いなさそうだ。


それでは皆様、良いお年を。

2012年11月16日金曜日

SC12 @Salt Lake City 最終日

最終日

午前中はホテルで統計数理論文のゲラチェックなどしたのち、シンポジウムへ。

バイオインフォマティクス+HPCというような感じのタイトルの進歩だったので、実解析の話が聞けるかと思っていたんですが、どうもバイオインフォマティクス分野で現状HPCがどの程度使われているのかとか、未来像とか、どっちかというと抽象的な話が多くて自分としてはちょっと退屈でした。

この日で企業ブースの展示が終わるので、午後はCCSブースの撤収作業。このときに一緒に来ていた気象研の方から聞いた話が結構面白かった。

昨日invited talkで聴いた地球の気温変動に関するシミュレーションについてですが、あの手のシミュレーションは、たとえば1970年時点からシミュレーションを始めるとすると、シミュレーションのためのパラメータは観測値おwもとに設定するのではなく、ランダムにでたらめな値を入れるみたいです。これは、そもそも気候変動をシミュレートするといっても雲の動きや人間の社会活動など考慮できないレベル大きさのブレがあるので、真面目にパラメータ設定しても意味がないからです。

が、気候変動を正確にシミュレートするために、ある時点(たとえば1980とか)で得られた観測データとシミュレーションデータを比較し、観測データにfitしていなければモデルのパラメータを調整するのだそうです。

この部分が問題で、どの時点でパラメータを調整するかという点には、その時点で気温が上昇しているのか、下降しているのかということが深くかかわってきます。なので、気温が上昇した年代だけを選別してモデルのパラメータ調整を行えば、「気温が上昇する」という現象のみにフィットするよう調整されたモデルによるシミュレーションが行われ、将来的に地球の気温が上昇し続ける(=地球温暖化)ことを支持する結果が得られてしまうことになる、ということらしいです。

そこまで恣意的にモデル調整を行うということは無いと思いますけど、それでも地球温暖化の真偽については色々ときな臭い話があるようなので、今回聴いたようなビッグプロジェクトについても若干ながら懐疑的な印象を持たざるを得ませんね。まあ、気候変動とかパラメータの誤差大きすぎて正確なシミュレーションとか無理やろっていうのが率直な感想でもありますが。


ブースの片づけが終わったら、HPCS研全体で打ち上げ。皆でステーキハウスに行きました。



自分が頼んだのはフィレのミディアムレア。写真だと分かりにくいですけど、厚さは親指立てたくらいありましたw

前菜のエビのバーベキューソース仕立てとかも旨くて、ワインも3~4本ボトルであけたので、一人あたま平均$60ぐらいの高めの食事となりましたが、久しぶりに美味い牛肉が食べられて幸せでした。ライスとオニオンソースがあればもっと良かったのになー。


さて、これにてSC12も終わりです。
計算科学関連の学会として初めて参加しましたが、学会スタイルの違いなど新鮮なことが多かった反面、学術的な面からみるとまだ自分にはちとハードルが高かったかな、という感じでした。そもそもどんな発表を聞けば自分にとって有益となるか、その選別がうまくできませんでしたし、こちら側の専門的な話を英語でされても正直まだよくわからないことが多く、殆どフィードバックが得られなかったのが残念です。何はともあれ計算科学関連の大会の雰囲気というものは少し感じ取れたので、次はもう少し小規模な国内学会でちゃんと発表+ディスカッションして経験を積み、来年はこのSCに発表者として来られるよう頑張りたいと思います。

2012年11月15日木曜日

SC12 @Salt Lake City 3,4日目

3日目。

この日からは朝からいろんな発表があって見慣れた学会っぽさが出てくる感じでした。

発表といってもいろんなタイプがあり、Proceedingsで出した論文をもとに行う一番ガチなものから、会場にポスターを展示して、その内容について2~3分の短いスピーチを行う形式。コンテスト形式、発表というよりは一つの議題についてオーディエンスが好きに発言するディスカッション形式など、多種多様でした。

まずは、同じHPCS研のポス毒の方がHPC Challengeというコンテストのfinalistになっていたので、そのセッションに参加。その人の発表以外なにを言ってるか正直よくわかんなかったんですけど、どうも競合者にスゴイのがいたらしく、残念ながら入賞は逃してしまったようです。

午後は企業ブースであったHA-PACSのプレゼンを聞いたのち、ポスター発表を見に行きました。

興味があるところとしては、multiple pairwise alignmentをGPU計算で高速化、とか、土壌からリードしたDNAデータのアセンブリを行うのをGPU計算で高速化、といった感じの研究がありましたが、やっぱりあーいうのは計算時間が云々だけ見せるのではなく、何らかの実解析に応用した結果をで~んと出した方が興味を引くなと思いました。なんかやっぱり「で?」ていう印象が否めない・・・自分の研究についても言えるところですね。


適当にぶらついたあと、HPCS研の方々と夕食。バーが混んでたので会場近くのピザ屋へ。


石釜使って焼く本格的なもので、直径はだいぶデカいんですけど、高熱で焼くため生地自体は薄く手ごろなボリュームでした。これも旨かったけど、他の人が頼んでたカルボナーラも美味しかった!

教授から今日あったコンテストの裏話(プログラムのコンテストだけど、実はそれを実行するハードの性能でパフォーマンスにバイアスがかかったまま評価されている、とか)が聞けたんですけど、ポスター会場で1本、ここで2本ビールを飲んだだけで強烈に眠くなってしまい、最後らへんは完全寝落ち。海外に行くと時差ボケが若干残り続けるのか、どうもコンスタントに眠気に襲われてしまいます。



4日目

朝はgene networkをbayesian modelで表現するのにHPCを適用する、て感じの発表を聞いたけど、さすがにこの分野の基礎知識もなく、おまけにネイティブの早口英語だったからさっぱりわかんなかったw


あと、昼飯食べて企業ブースの留守番してたら、団体で見学の客が来て、テクニカルスタッフがちょうどいなかったので何故か僕がHA-PACSの紹介をすることに。。。「なんかね、GPUとGPUを計算ノード(CPU)を跨がずに直で繋いで性能あげてるんだって」とごく簡単に説明をごまかし、あとはポスターを見てくれと言い放って終わりwだってなんも知らねーしwww


ちなみに、九州大学のブースでFX10というクラスタ使ったプログラミングコンテストがあったので自分の並列化したプログラムで応募してきました(まあもとはオープンソースだし、こういう学会で使っても別に構わんでしょ)。

ピーク性能に対してどれだけFLOPS出せるかを競うコンテストだったんですが、参加者が少なく、自分のやつがその1日にエントリーした中でfirst prizeを取ったので賞品もらいましたw(充電式カイロ&携帯バッテリー)

まあ肝心の性能の方はちょっとここに書くのが躊躇われるくらいショボかったんで、参加賞程度に思っておきます。


午後にはこの学会発表で一番興味を引いた、「New Insights into the Colonisation of Australia Through the Analysis of the Mitochondrial Genome」という発表を聴きに行きました。これは上述した形式の中の、「ポスターを張ってshort speechを行う」というのに該当しました。内容としては、オーストラリアの各所に住むアボリジニからミトコンドリアゲノムを取ってきて、近隣の人種のデータと合わせてML解析と分岐年代推定(ここをクラスタ使って並列解析)したというもの。今回採取したデータが新たなlineageを形成した、ということでしたが、クレードの単系統性としては根っこの部分のBPがあまりなく、出てきたトポロジーを基にして分岐年代推定もしているので、結果の信頼性としてはどうかな、という感じ。まあ近いもの同士のデータでノイズもあまりないでしょうから、データ量が増えれば信頼性も増していくんじゃないでしょうかね。SC12にある発表としては特異で計算科学的なエッセンスも特になく、SMBEとかにある方がむしろ自然な感じの研究内容でした。

ああいう内容でも発表できるということは、自分の研究内容でも十分SCに研究発表として出せるということですよね。企業ブースの発表だと名前が載らず、業績欄に書けないということで若干損した気分になっていたこともあり、ちゃんと下調べしてチャレンジしておけば良かったと反省。来年は個人として出したいですね。


あとはinvited talkとして地球全体の気候変動をシミュレートする研究などを拝聴。会場がスゴイでかくて、スクリーンも今まで見たことないクラスの大きさ↓



こういうところで発表出来たらさぞ気持ちいいでしょうね~

夜は遅くまでシンポに参加してて他の人とはぐれたので一人で夕食。さっぱりしたもの+米が食べたかったので、ホテル近くのすし屋に。

ちょっと飯の握りが強くて硬かったのが気になりましたが、$20で食べ放題としてはまずまずのクオリティだった感じ。メニューには1 orderで2 piecesって書いてあるのに、食べ放題にしたら1 orderで3, 4 pieces出てきてワロタwあと味噌汁くれっていったら豆腐が2つだけちょこんと浮いてるスープが出てきてワロタw

普通だと1 order $4だったので7 orderくらいして元をとり、満腹になってホテルへ直帰。


明日は最終日で、夜は皆でステーキハウスに打ち上げに行くみたいなので楽しみ。



*余談



米国に来てBUDWEISERにハマった。まず安い!そしてさっぱりして飲みやすい!

オスロに行ったときはコロナ系のビールにハマったんですけど、バドもなかなか。

2012年11月14日水曜日

SC12 @Salt Lake City 1,2日目

初日はワークショップもほぼ無く、主にCCSのブースの設営準備のお手伝い。

某逆三角形屋根の建物みたいなConvention Centerが大会会場で、ホールも某ぎゃくさryと同じくらいの規模の空間がA~H, 1~5ととてつもない規模。

準備中もトラックやらクレーンやらが搬入され、外からの冷気でホール内ですら極寒の中でド派手なアトラクションがドンドン設営されていくさまは、生物関連の学会に参加しているだけでは味わえないものでした。

こんな感じ↓




これはあれか、学会っていうよりゲームショーとか超すごいコミケみたいな感じか(汗)

あと、会場内の至る所で無料でドリンクを配る配給者が所狭しと動き回っていました。




設営準備が大体終わったら、HPCS研の方々と昼食へ。会場近くのフードコートは日曜日はやってないみたいで、代わりに適当なファミレスを探して入りました。

マックではしょぼいハンバーガーしか食べなかったので、アメリカンスタイルのチーズバーガーを注文してみました。



ハンバーガーはそんなにデカくはなかったけど、ついてきたポテトがマックのLサイズくらいのデカさで、オーダーが来る前にお通しで出てきたパンを食べてしまっていたので最後らへんはお腹パンパンでしたw
美味しかったけど、ピクルスの風味がちょっと弱かったかなー


会場に戻った後も特にすることはなかったので、一冊の教科書くらいあるパンフレットを見て次の日以降の予定を計画。バイオインフォ関連のワークショップも一日2、3こくらいはあるみたいで、案外退屈せずに済みそうです。


午後6時くらいからレセプションパーティーがあり、でっかいバーを貸し切ってバンドも呼んだりして盛大な晩餐が開かれました。

・・・が、自分は昼に食べたハンバーガーが効いており、あんまり原色のネオンがピカピカ光ってダンスミュージックがガンガン流れるような場は好きではなく、結局ビール2杯くらい飲んだら比較的静かなロビーのソファで寝てましたw



2日目


この日は夜7時から企業ブースのオープニングがあるため、午前中はブース設営の最後の仕上げ。それが終わった後、午後のシンポジウムが始まる前には、昼食も兼ねて一人でブラブラ街を歩き海外旅行の楽しみの一つである教会巡り。

ソルトレイクの顔の一つであるTemple Squareにも寄ってみたけど、どうもモルモン教徒しか中には入れないみたいでがっかり。


が、敷地内のホールで12:00から30分だけオルガンコンサート(無料)があるみたいで、これ幸いとばかりに参加。


パイプオルガンの生演奏を聴くのは滅多にないですけど、やっぱ迫力あっていいですねー。ただ防音設備があんまりよろしくないようで、外の除雪車のエンジン音が終始ガーガー聞こえていたのがちょっと残念。まあ無料ならこんなもんか。


あとは、temple squareの近くにある別のデカい教会にも寄ってみました。


temple squareと同じくらい大きなモルモン教の教会で、内装のステンドグラスなどもとても綺麗でした。絵画や彫刻も多く興味深かったけど、中では数人がお祈り中だったので、邪魔しない程度に見回ってから会場に帰還。


午後7時からの企業ブースのレセプションでは、バイキングやドリンクバーが設置され、酒を飲みながら企業ブースの展示やプレゼンが始まる感じ。ここではHPCS研の学生と一緒に、SC12のメインイベントの一つであるNovelty Goods漁りの旅に出発。いくつかのブースで抽選があり、その商品がiPadだったりNexus7だったり豪華なので、とにかくwin a free ~~ !とかかれたブースには乞食のごとく突入!結果が分かるのは後日ですが、当たるといいなあ。

あとは、IEEEのメタリックで洒落たカレンダーなども貰いました。ここで初めて知ったんですが、IEEEをあいいーいーいーと呼ぶのはトーシロだとか。ちゃんと「あいとりぷるいー」と呼ばないと馬鹿にされるみたいです。


こんな感じで1,2日目が終了。ここまではオープニングの感じが強く。学会として専門分野のプレゼンが盛んになってくるのは今日から三日間みたいな感じです。

2012年11月11日日曜日

SC12 @Salt Lake City 前日入り

オスロに続き学会記。

今回は11/10~11/16まで米国はソルトレイクシティで開催されるSC12という学会に参加してきます。

生物学関連の学会ではなく、計算科学のすべてを含むいわゆる「お祭り」みたいな学会です。大学や研究所だけでなく、企業からもいろいろな展示、発表があるようです。

僕は学際共同研究のテーマと自分のDDの研究結果をまとめて、企業ブースでポスター発表をしてきます。CCSが1チームとなってブースを独占していたり、スタッフブルゾンが配られたりと、生物関連の学会とは大きく違っておもしろいです。

ソルトレイクへは、日本時間土曜日の16時頃出発し、大体15時間くらいかけて現地に到着しました。成田からハブ空港のサンフランシスコまではデルタ航空で。今回は単独参加の面が強く、席取りも1人で出来たので、きちんと行き帰り通路側のシートを確保することが出来ました。オスロの時はどっちも窓際で地獄だったので、それとくらべると格段に楽でした。座席も232の2だったので、他人にあまり邪魔されることなく寝ることも出来ましたし。


海外に赴くのは今回で3回目。米国に来るのは初めてなので、さぞかし入国審査が厳しいだろうなと身構えてましたけど、案外そんなにキツくなく、2時間の乗継時間で余裕をもってソルトレイク行きの便に乗り継ぐことができました。

現地到着し、チェックインを済ませた後はホテルの近くにあったマクドナルドで昼食。米国のマックのサイズがどんなもんか見てみたかったんですが、結局日和って普通のハンバーガー2個とポテトとサラダという凡庸なメニューwそれでも4ドルという安さで気を良くしてたんですが、店にいた浮浪者が急に近づいてきてメキシコのお金を見せられて、「これと米ドルを交換してくれ、そして俺にポテトを買ってくれ」みたいなことを言われました。メキシコの金とか貰っても使わねーし、すんごい面倒くさかったけど、「この雪の中俺は3日も食べてないんだ」とかいって傍から離れようとしない浮浪者を体よく断る英語力もなく、店員呼んで大事にするのも嫌、かといって自分の財布や金を見せたり不必要に親切にしたりするとずっと絡まれそうだったので、とりあえず僕の買ったポテトをお前の金で買えといい、ポテトだけ渡して追っ払いました。これ以上絡まれるのは御免だったのでさっさと残りのメニューを食べ終わり、どうせ使い物にならないメキシカンマネーは席に置いたままホテルに直帰しました。あのマックにはもう行かない。


ホテルに帰って16時くらいに眠気が来て、一眠りして20時過ぎに起床。お腹が減っていたけど外はかなり雪が降っていて、時間的に他のHPCS研メンバーと合流するのも難しそうだったので、「メシに困ったときは中華」の法則に従いホテル付近の中華料理屋へ。どちらかというと大衆酒場に近い感じの店で、店員のサービスも良くフランクに接してきてくれて自分としては大成功でした。とりあえずBUDWEISER1杯と、シンガポールの麺料理(ビーフンとエビや鶏肉、トウガラシや各種サラダを中華ソースで炒めた感じのもの)をいただきました。これもまた美味。やっぱり困ったときは中華だな。





現在現地は雪、気温は氷点下まで下がっています。寒いのが大好きな自分としては喜ばしいんですけど、さすがに夜中歩き回る気にはなりませんねw

それではまた明日。


2012年10月31日水曜日

確率的系統樹探索を行うソフト

自分用メモも兼ねて。

最尤法で系統樹探索を行うプログラムだと大体山登り法が採用されているが、この山登り法は常に坂を上り続けることしかしないため(貪欲アルゴリズム)、系統樹空間が巨大で多峰だと局所的最適解に陥りやすい。

これを解決するため、複数の初期系統樹からの山登りとかをやったりするが、ほかにも「確率的探索法」を用いて系統樹探索を行うやり方もある。

系統樹探索において用いられる確率的探索法は3つあり、「ベイズ法」「遺伝的アルゴリズム」「焼き鈍し法」である。

ベイズ、GAはMr. BayesだったりGarliだったりがあるけど、焼き鈍し法についても実装したプログラムがあるようだ。

http://www.stat.osu.edu/~lkubatko/software/ssa/ssa.html

焼き鈍し法では、探索の初期において「尤度の山を下る」ことも許容する。これによって局所的最適解にトラップされることを防ぐわけだ。探索の終盤では山を下ることはほとんどせず、上を目指して上り続ける通常の山登り法にシフトする。

多分、焼き鈍しではベイズみたいに棄却率を用意して、それを探索の段階に応じて調整してるんだと思う。

ちょっとソースコード見て、自分の並列化しているプログラムに転用できそうだったら試してみようかな。

2012年10月30日火曜日

学振通りました

遅くなりましたがDC1に面接免除で内定しましたので、最近滞っている更新も兼ねて報告しておきます。


最近不幸続きだったので歓びもひとしお(笑)。

これを励みにして、今後も精進に努めていきたいと思います。って、前にもこんなこと書いたな。

これで安心して次の目標に目指せます。まずは12月に受けるTOEICかね。スコアが下がらなければいいんだけど、やっぱり少しは勉強しておかないとマズい気が。それと修論も書かねーと。


おまけ:今週木曜、週刊チャンピオンにてついに『弱虫ペダル』インターハイ決着! (と先週号には書いてありました。もしゴールしなくても、有機酸は一切責任を負いません)
あ、あと今週末またサイクルモード行くつもりです。三本ローラー体験が今年もあるといいなぁ。


2012年9月28日金曜日

性能向上の理論的限界

並列計算の分野ではまず始めに説明されることだが、並列化されたプログラムというのは、必ずしも「使えるプロセッサ数(コア数)が増えれば増えるほど処理時間が縮小されていく」というわけではない。そこには理論的な限界というものがある。

プロセッサ数が無限にあるとして、プログラムにおける「並列処理できる部分」の「全体に対する割合」をPとすると、並列化によって得られる性能向上の限界は1 / (1 - P)である。

今回自分が並列化したプログラムでは、例えば100 taxa 50 bpのデータを逐次処理で解析した場合の全体の処理時間において、並列化できるルーチンの占める割合は93%ほどであった。

なので、並列化の効率をちゃんと高めてやれば、理論上は14~15倍までの速度向上が見込めるというわけだ。

二週間かかる解析が一日で出来るようになるのであれば、系統解析の分野から見ればかなり効率化されていると判断してもいいのではなかろうか・・・?

2012年9月27日木曜日

HYBRIDもできた

MPI+OpenMPのHYBRID並列版も出来た。

なんだ結構簡単じゃないか。一番上流の処理部分をMPIにして階層構造がちゃんと出来ていれば意外とすんなりいくモンだね。

2012年9月25日火曜日

MPI+NHモデルの実装

DDの課題としてNon-Homogeneousモデルを使える系統解析ソフトの並列化ってのをやってきたけど、OpenMPの実装から始め、本日漸くMPIでの並列計算を実装したプログラムを書き上げることができた。

メモリを連続にmallocしたりとか、プロセスごとにどのように計算を分担し結果を集約するかを色々試したりとか、OpenMPと比べてかなり難しい部分があったけど、HPCS研の方々の多大な協力を経て無事バグを乗り越え正常動作までこぎつけた。

まあまだ「出来ただけ」なので、これからやることはたくさんある。通信に費やされるデータを上手くパッキングしてデータ量を如何に少なくするかにチャレンジしたり、OpenMPとMPIを両方備えたHYBRID版を作ることにチャレンジしたり、最終的にはOpenMP, MPI以外のさらに効率的な並列化手段を実装させたり、コンピュータサイエンス側からみればまだまだ工夫することは山ほどある。

それに、今は塩基配列データに対する既存の1種類のNHモデルが使えるだけで、1本の系統樹の尤度計算しかできないけど、プログラムの根本的な部分をもっと弄っていけば、よりフレキシブルなモデルが使えたり、アミノ酸配列を使った解析ができたり、系統樹の探索まで行えるようになるだろう。そこまでに行き着くのには更に問題が色々ありそうだが、まずは最初の壁が超えられたようで嬉しい。


さて、まずはデータを取って、3週間後のCSセミナーの準備に取り掛からないかん。そして11月に行く予定の国際学会までにHYBRID版まで作ってしまいたいところ。

2012年9月14日金曜日

あのね先生はね一人一人の字を見れば誰の字かわかりますよ

すみません。全然わかりません。
っていうか、顔と名前を覚えられないです。

教育実習も本日で2週間が終わりを告げようとしております。
幸いにして、来週は祝日の関係で1コマ×3クラスしかありません。

毎日、毎日、授業計画と資料研究、レポートの採点に勤しむ日々です。

120人分のレポートの採点が地味に大変すぎる。
コメントを入れてしまうという愚行の為に激しく後悔をし続けた2日間。

ただ、ちゃんと観察をしていると見受けられるコメントをレポートから発見できたときは、
少しばかり嬉しい気分に。

とりあえず、学生控え室が暑過ぎて毎日ワイシャツがびちょびちょです。

そんな私は再来週に襲来します。平穏なD308とB306がうるさくなったらごめんなさいw

2012年9月8日土曜日

君のいない部屋がこんなに広いなんて その3

まさかの君のいない部屋シリーズの第三弾です。

今回もいなくなったのはマットブラックにチェレステブルーのラインがニクいあの機体。
 そして気になる理由は・・・ 車との接触事故。

 今日は久しぶりのサイクリングで、意気揚々と子貝川サイクリングロードに向かっていたところ、見通しの悪く横断歩道のない交差点にて、双方不注意による飛び出しで轢かれてしまいました。

ぶつかる直前に「あ、死んだ」と思いましたが、身体の方は左頬に擦過傷を作ったくらいで済みました。ドンビキするくらい血が出ましたが。最初は倒された時に地面と擦って出来たものだと思ってましたが、傷口をがきれい過ぎるので、衝撃でサングラスが飛んで行く前にレンズが皮をスライスしたのかもしれません。その後サングラスは粉砕されたので調べる事はできませんが。

バイクの方はカーボンフレームなので、基本的に一度でも大きな衝撃が入ったら丸ごと交換になります。と、プロショップの店員に脅されましたが、精密検査をしてもどこにも打痕が無く、このまま問題なく使えるみたいです。とても気に入っていたデザイン(しかも少数生産)なので、これだけは本当に良かったです。流石に無傷と言うわけにはいかず、ハンドルとレバーとフロントチェーンリングは交換になりました。

不幸中の幸いにて、事故に遭った割にはこのように被害は軽微でした。
とは言え、干していた水着が盗まれたり、ノルウェーで盗難に遭ったり、沖縄では台風のダブルパンチを喰らったりと、どうも今年は運気が低空飛行のようです。UGさんの言う通り、お祓いが必要ですね。

2012年8月9日木曜日

どこでもwifiって便利

自分ちでは2年間(部屋移る前だとさらに1年くらい)フレッツ光を使ってたけど、今回筑波にもアンテナが立ったとかでemobile LTEのキャンペーンをやってた。それで、ノルウェー行く直前くらいに営業の人が来て、ただで端末をもらうことが出来た。

端末代はタダで、月々の使用料も今ままで払っていた額より500円ほど安くなった。

Wifiのためのモバイル端末は欲しいなーと思っていたのでちょうどいい機会。

というわけで、新幹線に乗っている今でもネットにアクセスでき、メールチェックやブログの投稿などが出来るようになったのである。

便利~!

PROTIST2012参加記~後~

8/1 (三日目)

JLの新奇トリパノソーマ(CL13だっけ?)の話とか、ICのトリコモナスのdiversityの話とか、Excavataのセッションは解析的なことはあまり無かったけど見てて飽きませんでした。

Rhizariaのセッションであった放散虫と有孔虫の18S+28S系統解析の話は自分とI谷さんが論文書いてた同時期に競合してたものですが、有孔虫が放散虫にネストしてて自分たちの結果とは違っていましたね。解像度はあまり良くないようでしたが。

この日はsightseeingがあったけど、バイキング博物館には興味なかったんで一人でオスロ市街を散策。ちょっと迷ったけど犬の散歩してたお姉さんとかに道を聞いたりして記念墓地に行ったりしてました。

記念墓地では「人形の家」とかで有名なイプセン(FF9にも出てましたねw)の墓などを見て回りました。



親切なお兄ちゃんから「WW2ナチスドイツ侵略時犠牲となった英雄がここに埋まっているんだ」的な話を聞いたりもしました。戦争の傷跡はどこにもあるんだねとか思いながらも、街のおもちゃ屋ではドイツ侵略を見立ててノルウェー全土を攻略しよう!みたいなボードゲームがあってよくわからんかったり。まあ戦争をネタにゲーム作っちゃう部分については日本も言えたもんじゃないですけどねw

あと、街を回っているときに偶然仙台から来たというママさんコーラスの指揮者と事務員の人と会いました。来年オスロでコンサートを開くらしく、その下見にとのこと。どこでやるのかと聞くと、市内の大聖堂ではお金を払えばキリスト教徒以外でも場所を提供してくれるとのこと。随分寛容なイメージです。

ウィーンでもコンサートをやったらしく、最近のママさん倶楽部の力強さを感じましたw名刺交換もしたので、いずれの機会にかコンサートを見に行くことが出来れば良いなあと思います。

その日はその人たちと一緒に夕食(スチームサーモン)とSOLをご一緒した後ホテルへ行き、次の日の自分の口頭発表に備えました。

(この日には別の大事件もあったけど、ここには書けないしネタとしての新鮮味が薄れるので来年か再来年の当人の口頭発表デビューを楽しみにしておくことにしましょうwでも笑い事にできるくらいで収束して良かった・・・)

8/2 (四日目)

この日はなんといっても僕の英語口頭発表デビューの日です!(それ以外に何があるというのですか?)

といっても、僕以外のMEM関係メンバーは全てパラレルセッションの別の方(ミトコンドリア)に行っていたので、508の人以外は誰も僕の発表を見ていないんですけどね(悲)

まあそれでも、自己評価としてはかなり上手く出来たんじゃないかと思っています。発表4時間くらい前に「この会場の雰囲気原稿読んでいいかんじじゃないよね」とプレッシャーかけてきたYG先生の期待(?)に添えるよう言うことは覚えて原稿見ずにいけたし、時間内には終わったし、一番労力使ったんじゃないかと思うくらい準備したジョークも受けたし(ホントですよ!)。でも研究自体はやっぱりISEP関係の人には受けが良くなかったですね。質問も深く突っ込むようなものはなかったし。やっぱこういうところで発表するなら実データ解析寄りのものがいいんだろうなと感じました。

んで、この日はBanquetにも参加。

こんな感じ↓の、Tシャツジーンズのクロッカス装備で来てええんかと思うくらい立派なホールでコース料理を堪能しました。ワインうめぇ。サーモンうめぇ。ダックうめぇ。ウェイター?に「パンのおかわりない?」とか聞いて3つも取っちゃう恥知らずな日本人学生(俺)。




いやあはるばるノルウェーまで来た甲斐ががありましたねw

8/3 (最終日)

この日はPhylogenomicsのセッションのみ。といっても、発表の中には”解析的に”自分が面白いと思うものはありませんでした。

なんていうか、Protist関連の系統解析ではデカイデータを用意しても、結局は「あれこれこういうバイアスがあるかもしれないからデータどんどん削っていって”クリア”だと思えるくらいの落としどころに持っていて結果を出す」というところに終始している気がします。もちろんgene samplingのスカスカなデータはどうしようもないので除いていくより他はないですが、それ以外の実質配列データはあるものの、組成がおかしかったりロングブランチだったりで除かれていく配列が、とても”もったいない”のです。

まあこの「“クリア”だと思える」ってところも既に解析をする側の恣意が入っていて問題があるっちゃあるんですが、それは置いといて・・・

現在の計算機環境から言えば、「バイアスをデータごと無理くり排除してシンプルなモデルで解析する」のではなく「バイアスをバイアスでなくシグナルとして正当に評価することができるモデルを使って、なるべく情報量の多いデータで解析する」ことは十分可能なはずです。勿論そういうことが分かってやっている人も多くいると思いますし、よく見るPhyloBayes解析は(もっともシンプルなやり方とはいえ)その一つでしょう。でも、我々はもっと積極的に、複雑なパラメータをもつモデルを、SSU遺伝子配列データなどの小規模なデータからゲノムレベルの巨大なデータまで、幅広いデータ群に対して適用するべきだと思います。

データに対して適宜パラメータ(系統間で変化するパラメータの種類・数、どこで変化させるか、そのbreakpointの数・場所など)の調整を行い、モデル選択の情報量基準をもってして”適切な”モデルを選択し、系統樹を推測する。

それがProtist分野での現時点の解析であまり行われていないのは、解析のテクニックについて知っている人が殆どいないからだと思います。

複雑なモデルを上手く扱うことが出来れば、今までのシンプルな解析ではよくわからなかったもの、ある生物や遺伝子の進化の歴史の詳細やそれこそ真核生物のrootまで、グレーゾーンとして扱われてきたものが(少なくとも系統解析という分野では)明らかになるチャンスが生まれるかもしれません。

系統解析はすでに次のパラダイムシフトを迎える時期に来ているのではないかと感じています。みんながこぞってML法を使い出したような、大きなステップアップが出来るような、です。

データとしてはそれが出来るようになっています。あらゆる生物種から取られた大規模データこそ、複雑なモデルを要求するものです。

計算環境としても十分なはずです。並列計算機ならば誰でも100万くらい出せばそこそこのものは買えるでしょうし、少なくとも筑波大の我々のグループにはスパコンを使えるという十二分な環境が揃っています。

あと必要なものは、複雑なモデルを並列計算で使えるようにするソフトウェア的な改善と、使う側の人間の知識です。


そして、(あくまで自己評価ですが)、僕はその、「系統解析が次のステップに進むために」一番必要なことが出来る環境・立場にいると思っています。

だからこそ、先陣切って大規模データを複雑なモデルを使って解析し、徹底的にパラメータを調整し、これまでとは異なる新規性のある結果を出したいです。
それで、次のISEPとかにでもその結果を出して、「いい加減ちまちました解析なんざやらないで次のステップに進もうぜ」的なことを言いたい。これが野望ですねw

(そのためにもまずは今扱っているプログラムの並列化を終わらさなければ・・・)

・・・とまあ、全体としては上のようなことを感じた学会でしたが、実際国際学会ででるデータ解析がどれほどのものなのか、それを感じられただけでも今回の収穫としては十分だと思います(Evolutionとか行くとまるで違った印象を受けるかもしれませんが)


余談ですが、最終日は早く終わったので、土産物探しをするMEMグループからは離脱し、一人で趣味のカードゲーム(MTGというやつです)の大会に参加してきました。全世界規模でプレイされてるものなので、ノルウェーにも毎週金曜日の夜にあるイベントがちゃんとありましたw

その日あったドラフトというフォーマットについて現地の参加者が殆ど練習してないようでしたので、筑波大のサークルや社会人の人と毎週のごとく練習している僕にとっては狩り場同然でしたね(ドヤァ


8/4 (帰国日)

Y崎N村と共に帰国。

成田行きの飛行機の中で液晶パネルが壊れ、ゲームも出来ずふて寝していると気持ちよくなったところでCAに起こされ、結局パネルが直ることもなく散々だったY崎。眠いおーつまんないおーご飯まずいおーの三重苦。僕は帰りの中でもずっとシュタゲしてたのであんま関係なかったですけどねw

帰国後は真っ直ぐ家に帰り、2時間ほど仮眠して上に話したMTG仲間と飲み会。二次会まで行って身体ボロボロw


と、こんな感じであっという間に1週間過ぎていった感じでした!
次のICOP, ISEPは両方カナダなので、もっと楽しみですね!行くに値するデータを頑張って出します!

あ、ちなみに僕は今日から約1ヶ月間福岡に帰省します。
長期休暇とって車の免許を取得してきます。
あとは次の論文の原稿書いたりプログラム弄ったりしてます。

それでは皆様また1ヶ月後。よい夏休みを~

PROTIST2012参加記~前~


久しぶりの更新です。

最近忙しくなったのと、細かなことは顔本に書いているのとでブログに何かを書くということがめっきり無くなってしまいました。

学会記くらいはちゃんと残しとこうと思うので、7/28~8/4までノルウェーはオスロで開催されたPROTIST2012のことを。


7/28 (移動日)

成田から11時くらいの飛行機で出発。前日掃除とかで3時まで起きていたので起きられるか心配だったけど、なんとか根性で起きて第一関門クリアw僕としては人生で2回目の海外でしたが、単独で行った前回と違ってグループで向かう今回はかなり安心感がありました。

んで行きの飛行機の中では友人から貸して貰ったシュタゲをずっとプレイしてました。トゥットゥルー♪が耳に焼き付いて離れないw


乗り継ぎのあったアムステルダムでは、スペアリブやPALMというベルギービールをつまみました。スペアリブ初めて食べたけどバリうま。ベルギービールはちょっと苦みが強かった感じでしたが食べ物によく合っててうまかったです。

アムステルダムから1時間ほどでオスロ空港到着。電車に乗り換えいざオスロ市へ


ちょろっと聞いたこともあったんですが、ノルウェーの電車ってドアの開閉ボタンを自分で押すんですねー。ちょっとレトロな感じがいい雰囲気の電車でしたが、夏期には空港からオスロ市への直行便がないとのことで、途中からバスに乗り換え、大体2時間弱でオスロ市内につきました。そういえば電車から見た景色の中で妙に見慣れたものがあって、何かと思えば日本でも暴走族がよく壁にスプレーで書くアートっぽいものでした。あれ世界共通なんですかね。


その日はホテルにまず向かい、腹も減っていたので近くの***料理屋に。あんま詳しく書きませんけどここで食べた料理が人生で三本指に入るほど不味かった。例えるならスポンジにやっすいお酢を浸してそれをもぐもぐする感じ(一緒に行った人は分かるはず)。まあ僕だけでなく全員残したんで日本人の口には合わなかったんでしょうね。

7/29 (レセプション)

朝ホテルでダル組と約2年ぶりに再会。Mティンは何だか一回りくらいおっきくなってたwEレニーは相変わらずテンション高かった。あとは頭がすごいことになったH川さんやゴローさんやT郎さん、なおじさんやO田さんにも会った。さらに約1ヶ月のダル出張を経てやたら顔色の良くなったDゴンさんにもw

レセプションで軽く飲み、スポーツバーでゴローさんT郎さんYGさんと飲んでたところで時差ぼけで激烈に眠くなってしまいドロップ。

7/30 (一日目)

時差ぼけ継続中で学会の内容を殆ど覚えてない←
とりあえずpresident talkをみんなして神妙な面持ちで聴いていたのと、phylogeographyのとこが全然phylogeographyじゃなくてツマンネってなった記憶だけある。

その日の夕食はベイエリアの半屋外レストランでハンバーガーを食べました。



ハンバーガーは普通だったんですけど、ここで飲んだSOLっていうメキシカンビールがさっぱりしてて苦みも薄くフルーティーでライムの酸味が程よくきいて飲みやすい!今まで飲んだビールの中で一番うまいと思いました。実は僕はこのSOLをこれから3夜続けて飲んでいますw


7/31 (2日目)

Field ProtistologyとAmoebozoaのセッションに参加。

Amoebozoaのセッションでは新規発見のRhizomastixの配列を加えたSSU遺伝子系統解析をやった発表があり、その中でRhizomastixがPelomyxa-Entamoebaクレードの根本に付くという系統樹が出て、さらに(Pelomyxaがロングブランチだから)Pelomyxaの配列を抜いて解析するとRhizomastixがArchamoebaのかなり根本に来るということが強く支持されるという結果が出ました。ですが、僕は発表者らの使ったデータには進化速度の不均一性以外のバイアスが強く働いており、発表に出ていた系統樹はかなりアヤシイものなんじゃないかと思いました。

実際Pelomyxaを抜いたとしても、Entamoebaの配列自体がかなりAT含量が偏っているらしいですし、その辺をきちんと評価した解析方法を試さないと、Rhizomastixの位置についての誤推測は避けられないのではないか。そういう質問をしようとしたんですが、自分の英語が下手なのと相手も解析のことがよく分かっていなかったみたいなので全くコミュニケーション取れず、結局自分の質問はスルーw
隣にいたN崎先生が大笑いしてました。

この日はO田さんに連れられてオスロ中心街にあるファミレスみたいな所でトナカイの肉を食べました。



ミンチになってて食感の違いは分からなかったけど、豚とも牛とも鳥とも違って新鮮と言えば新鮮な感じでした。ソースが美味かったので全体的には美味しかったですねw

食べた後はY崎N村とスポーツバー。SOLうめぇ


あ、あと飲んだ後にホテルに帰るときに、僕は良くチップスを買っていたんですが、3種類くらい(普通のとブラックペッパーみたいなのと)試して一番気に入ったのがこれです↓



お味としてはドンタコスの辛さ控えめみたいな感じで、食感はまんま「堅揚げポテト」です。35NOKと高めでしたが小腹が減ったときにこれにはよくお世話になりました。

しかしノルウェーはやっぱ物価が高いですねー。一回の食事では大体日本円で2千円~3千円はかかりますし、水だったりお菓子だったり電車賃だったりが日本の1.5~2倍くらいかかるんで持ってきたお金がどんどんすっ飛んでいきました。

ということで、後半に続く。

2012年7月18日水曜日

遅い

PBのMPI版遅すぎじゃね?

何かシングルスレッド版の方が断然速く感じるんですけど。
メモリが足らないのかなあ。。。

2012年7月5日木曜日

うっせ

さすがに20/24 coreで解析走らせると排気の音がかなりうるさいな。
しかも結構長くかけるんだよねぇ・・・パーティションだから他の人の反応見て適宜runを削っていった方がいいやもしれん。

2012年7月4日水曜日

妹との会話

現在B4の妹との問答

妹「何のために研究やってるとか、どんな研究をやりたいとか悩むことある?」

俺「何のためにならば”論文書いて次のポジションと金を貰うため”、どんな研究なら”自分の力でデータ出せて論文になるものなら全部”」

他にもあるっちゃありますが、これが僕の最低限のモチベーションです。だから研究に対する自分の姿勢は~hogehogeとか悩まない。それをするくらいなら手を動かしプログラムを書きコマンドを走らせデータを取った方が100倍マシだからです。

こういうこと言うとつまらない考え方だと思われるかもしれませんが、研究して食べていくと決めたB4の時からこれが正義と決めてやってきましたし、少なくとも向こう数年はこれでやっていくつもりです。 夢を見るのは足が地についてからでいいし、うだうだ悩んだ結果D取った後路頭に迷うとかはまっぴらごめんです。

勿論「好きだからやってる」ってのが第一でもあるわけですが。自分にとって良かったのは上の理由でやってきた研究すべてにおいて、手法であれ結果であれ何かしら自分にとって面白いと思えるところがあったことですね。

最近では手当たり次第ではなくてメインに取り組むテーマにある程度方向性を持たせた方がいいかなとも考えていますが、それも「どうすれば学振PDを獲得する確率を高められるか」という判断基準が根底にあるからですね・・・

使用状況

D308の人たちへ

Porky現在80GB/96GB使用中。
多くの人がログインするとそれだけでメモリを食うので、解析中は用がなかったら必ずログアウトするようにお願いします。

2012年6月27日水曜日

クライマーのゴールはいつもこうだ

勝者は空を仰ぎ見 敗者はうらめしそうに地面に伏す


・・・いつかそんな接戦をやってみたいものですね。

というわけで出場してきましたツールドつくば2012! 今年でまだ第四回という新しいイベントですが、出場者数は去年より大幅増で合計877名(筑波山の標高にちなんでいるそうです)。僕がエントリーした一般男子A部門(39歳以下)でも339人が完走していました。

気になるリザルトは36分弱でトップとの差は約7分。平均時速にすると20kmちょいで、部門順位は80位くらいでした。練習では38分を切れなくて苦しんでましたから、かなり本番補正が乗ってくれたと思います。大勢で競っているという空気の力はスゴイですね。初レースにしてはなかなかの結果だと満足しています。

ラスト1kmから2枚シフトアップ+ダンシング、ラスト50mは無呼吸で激踏したのでゴール直後は倒れそうなくらい息が苦しかった(登りとはいえ30km/hくらいしか出ていないゴールスプリントwww って感じなんですが、本人は必死です)ですが、レースの雰囲気は一人や少人数集団で走っていると全然違ってとても楽しく、新鮮でした。それと、知ってるメーカーや知らないメーカー、カッコいいホイールやコンポーネントなどなど、非常に多種多様なロードレーサーが拝めたのも面白かったです。痛ジャージも何着か目にすることができましたし(笑) 

来年も出場することができたら、33分くらいで走って50番以内を狙いたいですね。

おまけ:今回の反省点や感想
1. ペダリングスキルをきちんと身に着けて、ハイケイデンスクライムを習得する
2. 早起きして開会式にでる必要は皆無
3. 実力差はやはりマシンよりライダーに大きく依存するけど、良いホイールが欲しい
4. もっと自転車に乗りたい、速く走れるようになりたい。 

半額免除貰った!

日本学生支援機構から修士2年間第一種奨学金を貰っていましたが、免除申請が通って半額免除になった!

全額免除には業績が足りなかったようだけど、半額でも十分嬉しい。PDの書類の「特許等」に書けるところもできたしね。ヒャッホウ

あと、業者に頼んでいた24 core (2CPU) 96GBメモリのワークステーションも来ました!
実験室に一台、CCSの自分デスクに一台です。これで解析面では怖いモンなしだぜ。

ということで、明日は1日ワークステーションのセットアップマラソンに励みます。

2012年6月26日火曜日

国際救助隊も楽じゃありませんよ

きらめく太陽と青い海に囲まれた南太平洋の小さな島。
いかにも南国リゾートのような島から、ひとたび地球のどこかでSOSが発信されると、銀色に輝く機体がプールに隠された発射穴から飛び出し、緑色の大きな貨物機体がヤシの木が倒れることで現れる滑走路から飛び立っていく。
そして、瞬く間に困難な救助活動をスーパーメカでいとも簡単にやり遂げて、帰っていく。
どこの誰だかはわからないけれども、彼らが国際救助隊[International Rescue)であることはみんな知っているのだ。

「サンダーバード」は1965年に英国で放映されたマリオネットをしようした特撮で、日本では1966年に放映され1992年に再放送された。1992年の再放送を国際救助隊の面々が操るサンダーバードやスーパーメカのリアリティさやカッコ良さにひかれた当時5歳の僕は食い入るように見ていた。当時大好きすぎてビデオからおもちゃなどいろいろ集めていた記憶があります。

時は流れて2012年、なんと東京の神保町に「サンダーバードカフェ」がオープンしたのだ!しかも、配給元公認!

その情報を妹(軽度のオタク:腐ってはいない)から聞き、これは行かないわけにはいかない!と、さっそく妹と行ってきました。

神保町に降り立ち、小川町スポーツ街の方へ足を運ぶ。三省堂書店と書泉ブックタワーの間の路地に…

オシャレなバーの横に秘密組織とは裏腹に堂々と主張していました。
両脇が造花で生い茂る狭い階段を降りると…
IRの紋章が刻まれた厚い扉が出現!
それを開けると…
1号とスコット・トレーシーがお出迎え!
案内された席の後ろには
コンテナのジオラマが!ジェットモグラ!
さらに壁には
劇中に出てくる顔写真通信システム!
妹も僕もテンションがダダ上がり!
そしてメニューはサンダーバードのキャラクターやメカにちなんだメニュー!

どんなメニューかは実際に行って確かめてください!

メニューを頼むことは訓練らしく5回の訓練で正隊員になれ証にピンバッジがもらえるそうです。
妹は通うと宣言していました。



お会計するところには2号のジオラマが!

サンダーバードカフェはアルコール飲料もありバー的な感じでも利用できるようです。
サンダーバード好きにはたまらないお店でした。

次回はこれを頼んでみようと思います。

2012年6月18日月曜日

遅くなりましたが...

みなさん、こんにちは。
MEMメンバー+山野君Ver.はfacebookにいながい先生がアップして下さいました☆が今回、MEMメンバー+村上君Ver.のデータを入手したのでアップします!!
MEM、KKKのみなさん、今年度もよろしくお願いします。
沢山思い出を作りましょうね♪



当たり前のことを、当たり前にできるようになれ!

今日はRNAの仕事があり、ちょうどM尾さんも同じRNAサンプルを使うのでM尾さんを待っていました。

しかし、待てどもM尾さんは来ません。午前中いっぱい来なかったので、あきらめて午前中に準備し午後から行うことに。

午後になってもM尾さんが来ないので、不思議に思い同居人に尋ねたところ、家にはいたことが判明。

一応M尾さんに電話してみると
3コール位してすぐにつながりました。

僕 「今日は休むの?」
M尾「えっ??今日って日曜日じゃないんですか?


そんな素敵な後輩とともに午後から実験を再開します☆ミ

2012年6月15日金曜日

Accepted!

統計数理に投稿していた論文がアクセプトされました。

題名は
「配列組成の不均一性が分子系統解析の頑健性に及ぼす影響:タンパク質コード遺伝子を想定したシミュレーションによる評価」
です。

一応、査読付きですよ^^

 これまではタンパク質コードでない塩基配列でのcompositional heterogeneity(主にAT含量の不均一性)が系統解析の精度に与える影響について調べてきたわけですが、今度はそれをコドン配列をシミュレーションすることでタンパク質コード遺伝子に基づく解析を想定して行った、という論文です。

これはすなわち、タンパク質コード遺伝子配列を使った配列に基づく系統解析では一般的には翻訳後のアミノ酸配列を使うわけですが、その解析において元のコドン配列におけるAT含量の不均一が翻訳後のアミノ酸組成にどの程度の影響を及ぼすか、ひいてはアミノ酸配列を使った解析の頑健性にどれほどの悪影響を与えるか、ということも考慮して調べてみようというというものです。

結果は例によって「多くの人が思っている通り」ってやつですが、この論文では結果云々よりは「プログラムの進歩によってコドン配列+compositional heterogeneityという条件をシミュレーションで実現できるようになった」、というのが一番重要なポイントです。

まだこのようなシミュレーションをやった論文は(多分)出ていないので、自分が先駆けとなることができたというのも大きいですね。

 まあ、この論文だけでは(日本語だし)一般的にはまだまだインパクトが少ないですが、この手法を使った別の解析のデータでもう一本論文を準備している現状、「統計を使ってデータ解析をしている人達の査読を受けても掲載に足ると判断された」というのはそこそこのアドバンテージになると思います。

さて、この勢いに乗って早く書き上げるぞ~!

2012年6月11日月曜日

弓道が楽しい

顔本でもちょこちょこpostしてたんですが、5月から休日はずっと筑波大学の外部向け一般公開講座で弓道をやっていました。

もともとはM2あたりから時間の都合でテニスの練習や試合が出来なくなってきたのと、テニスは10年以上続けてきたので、ここらでそろそろ新しいことでも初めてみようかと思ったのがきっかけでした。ウェブページ漁ってみると、筑波大学の弓道場で練習する社会人弓道クラブがあり、昔から弓を引くことには興味があったので入ってみようかと思ったのですが、完全初心者では入れず、まずはそのクラブの監督(筑波大学弓道部の監督が兼任)が主催する公開講座に参加することが条件だったので、応募したところ2倍の競争率の中で運良く受講することが出来ました。

上述したように講師が筑波大学体育会弓道部の監督の方なので、基礎からきっちり教えて貰うことが出来ました。また、最初の3~4回は技術的なこと以外の作法などが中心で弓を引くのは待たないといけないかなと予想していたんですが、初日から弓を引かせて貰え、ずっと的前で練習することが出来たのでモチベーションを高く維持して昨日無事講義を修了、修了証書を貰って当初の目的通りクラブの方にも入会してきました。

最終日には初、中、上級者(僕は勿論初級者)ごっちゃで3人1チームを作り、色んなルールのもとで試合を行いました。

それでやったのが紅白・縦横・三晃・射割というものです。どれも7~8mくらいの距離(通常の1/4)から矢を射って的に中て得点を競うものですが、的の種類がそれぞれ違います。

紅白は的が左右で紅白に塗り分けされており、紅に中れば10点、白だと5点を貰えるというものです。2回やって2回目は紅白の得点が入れ替わります。

縦横は通常の丸い的とは違い、長方形の的を使います。一回目は縦長のもの、二回目は横長のものを使うので、上下左右の狙いがある程度つけられていないと中々中りません。

実は僕はこの日は前日館山まで徹夜で釣りしに行っててそのまま参加だったので、かなり眠くて集中力が底をついていたんですが、運もあり、縦横の横まで(一回の行射で2本矢を射るので)紅白4本縦2本と皆中でした。このまま通しで皆中を狙ったんですが、横長の2本目で緊張のため弓手(弓を持つ方=左手)に力が入らず、角見が弱くなり矢が右にそれてしまって外してしまいました。かなり悔しかったんですけどまあ初級者なんだから上手くいきすぎな方ですね・・・

三つ目の競技は三晃。これは通常の大きさの的、その半分くらいの大きさの的、そのまた半分くらいの大きさの的が三つ三角形に並び、それらを”順々に”射るものです。3人いるので、前の人が中れば次に自分はそれよりもっと小さい的を狙わなくてはいけません。

そして、最後にやったのが射割です。これは10cm四方のとても小さい的だけを狙うもので、この的の裏には紙吹雪が仕込んであるため、中ると紙吹雪が散って綺麗な所謂ボーナスゲームです。


僕は何とか中ったので、記念品として的を貰ってきました↓


端っこを掠っただけなので紙吹雪は散りませんでしたが、それでも中てたこと自体が嬉しかったです。


というわけで、講義も終わってしまったわけですが、これからは新しい趣味としてクラブで練習を続けていきたいと思います。まずは通常の距離から引いて中てるようになりたい!


2012年6月7日木曜日

OpenMP + HyperThreading

今NHモデルを使った系統解析ソフトウェアの並列化をやっているのだが、どうもOpenMPによる並列化でインテルのCPUのHyperThreadingをオンにしたままにすると、物理コア分までしか効率よく並列化ができないらしい。

自分のマシンがi7 960で、4 core使った並列解析までなら、スケーラビリティが良好だったのに、8 coreにしたとたんシングルスレッドのときよりも遅くなった。なんでやろ、と悩んでTMさんに相談したら↑のような問題らしい。

まあ、OpenMPの並列化だとメインには共有メモリ型のシステムでの並列化を前提にするから(一応分散メモリ型のシステムに適用することもできるらしいけど)、そもそもそこまでコア数は稼げないんですよね。一応OpenMPではうまく並列化できたみたいだから、次はMPIかXMPに挑戦することになるのかな。

とりあえず現状ではソースコードの中でサイトごとの尤度を計算するところを弄っているので、NHモデルを使うことで出てくる置換プロセスの不可逆性の問題には影響受けない部分で並列化していますが、CS的な観点からの要求では、置換プロセスの不可逆性も考慮しつつそこをダイレクトに並列化できるテクニックだったり、探索まで含めてnested-paralellizationが実現できるようなテクニックが必要なようです。う~ん難しそう。


しかし、MPIといえばPhyloBayesのMPI版はちょっと期待はずれな感じ。ちょっとスケーラビリティ悪すぎですね。12 core使ってもシングルスレッドの時と比べて体感3~4倍くらいしか速くなってないような気がします。今やってるデータ解析だとこれでも2~3か月かかっちゃいますよ。どーしよ。


解析面ではちょこちょこタスクが溜まってきた感じですが、とりあえず今日明日は論文関係の仕事を早く片付けないと。今日で共同研究の初稿書いて、明日はproofのチェックととーけーすーりのrevise終わらせなきゃ。。。

2012年6月3日日曜日

行けっ! ファ○ネル!!

gaston大活躍中。

これまで(サイズ的に)しょっぱいデータだけしか解析させてきませんでしたが、双子の寿命が近いこともあり、この新兵器も漸く実戦投入されてきました。

今は、ベータ版として手に入れたPhyloBayes MPIを使った解析を行っています。

MPIによる並列解析ってなんかあの有名な遠隔操作兵器を思い出させますよね(そうか?

Massage Passing Interface (複数のCPUが情報をバイト列からなるメッセージとして送受信することで協調動作を行えるようにする規格)を用いて、母機(管理ノード)より分離してGigabit Ethによる有線で遠隔操作され、オールレンジ探索を行う手法であるとかなんとか

ところで、PhyloBayesのMPI版だとスケーラビリティはどのくらいになるんでしょうか?MCMCという解析手法の特徴から、同期を取らなければいけない頻度が大きいので、そこまで画期的なパフォーマンス向上はみられないような気もしますが、とりあえず20コアくらい使って10倍以上は早くなってほしいところですねえ。

2012年5月24日木曜日

さあ!願いをいえ!どんな願いも一つだけかなえてやろう…

「ラボの玄関が靴まみれで汚らしいんだ!靴箱を作っておくれ!」

『願いはかなえてやった ではさらばだ』


気付いたらラボに靴箱ができてました。
修士以上とちぇんこりんはHomo sapiensに描かれていますが、
B4以下は獣のようです。

奨励費

例年より内定通知が出るのが大分遅いようで随分待ったんですが、月曜日にやっと結果が来ました。

特別枠に応募してたんですがそれは外れました。でも90-90-90と(先輩方は70とか60とかと聞いていたので)結構多めに貰えたようで何よりです。

どうも今年は”DC1は”リッチらしく、特別枠応募の実験系だと大体90万は貰えているみたいです。特別枠応募してなかったりDC2とかPDは知りませんが、風の噂では今回内定が伸びたのは偉い先生方が上の方で頑張ってくださったからだとかなんとか・・・


とりあえず予想より多く貰えたぼは嬉しいんですが、本年度の研究計画はDDでやってることとかも考慮して、ちょっと色々と調整しないといけませんね。とりあえず、金曜〆切の申請書は急ぎで書いたので、明日あたり大ボスと相談しよう。

2012年5月21日月曜日

館山釣行結果


土・日といつものメンバーで館山まで釣りをしに行ってきました。
土曜日夜7時出発で、次の日3時頃帰筑というスケジュール。

最初はアオリイカとマゴチ・ヒラメ狙いで相浜港に向かいましたが、魚影が薄く期待できなさそうだったので、早々に退散して自衛隊航空基地に移動。

こちらでは既に陣取っていた餌釣りの人たちがいて、朝マヅメにはサバが大量に寄ってきました。



バイブレーション、ジグなど使って三人合わせて7匹ゲット!!(S井さんは4匹ゲットの絶好調でした)
僕も2匹釣りましたが、青物はやっぱり引きが強くて釣ってて楽しいですね。終わり際にかかった1匹がバレちゃったのが残念でした。

朝食後はまったりサビキもやりましたが、隣にいたファミリーが餌まいてくれたのでカタクチイワシも躍り食い。サブイベントも十分楽しみました。


これは上の写真の一番大きいのですが、食い応えのある身の引き締まった立派な真鯖です。
こいつは2枚におろしてとりあえず塩焼きにしましたが、まだ半分残ってますw

3月に行ったときにはI田先生がメバル釣った以外はボウズだったので、今回は何とかリベンジできて良かったです。次はエギングメインで行きたいな~

2012年5月10日木曜日

メモ:gprofの使い方

プログラムの実行時間における各ルーチンの負荷を調べるとき

コンパイル時に-pgをつけるが、Makefileがある場合はその中のCPPFLAGやLDFLAGSのオプションに-pgをつける、こうすれば全てのプログラムのコンパイル時に-pgが適用される。

なお-pgするときには最適化オプション(-O3とか)は削除する。

コンパイルされたプログラムを実行するとgmon.outが吐き出されるので、実行後

$gprof (実行したプログラム名) gmon.out

メモ:yumでOpenMPI入れたとき

そのままだとPATH通ってないので、ホームディレクトリの.bash_profileに

export PATH=$PATH:/usr/lib64/openmpi/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/lib64/openmpi/lib

を追加する。

2012年5月9日水曜日

minor rivisionもらった

正月に出した論文のrivisionが帰って来ました。

投稿締切直前の一ヶ月くらいでバタバタとデータをとったので、どっかに致命的な欠陥がないか少し心配だったのですが、論旨は概ね受け入れられ、細かい文法を修正すれば掲載して貰えるようです。

和文ですが、査読付きだし、貴重な業績です。ぱっぱと直して1st論文2本目をいただきましょう。

2012年5月7日月曜日

NHモデルでモデル選択が行えるソフト

2月くらいにMBEに出ていた論文です。
著者はUniversité MontpellierでBio++というPaup*に似た万能系統解析ソフトウェアを作っているグループの人たちです。またこの論文に関連して、testnhという名前のプログラムもリリースされています。

論文はこちら↓
http://mbe.oxfordjournals.org/content/early/2012/02/02/molbev.mss059.short

本当はこの論文をセミナーで発表しようかと思いましたが、実物(ソフトウェア)も使いながらじっくりゆっくり読みたいと思ったので、時間の関係上やめました。

さて、Bio++ではBppMLという最尤法用のプログラムが内包されていますが、このBppMLでは「系統樹の任意の枝で置換モデルを変える(breakpointを設定する)」ことが可能です。現状では樹形を固定したパラメータ最適化しかできませんが、使えるモデルは多種多様で、置換モデルのパラメータの値だけでなく、置換モデルそのものを変えることが可能です。

例えば、

・系統樹全体ではLGモデルを使うが、あるクレードではアミノ酸組成のパラメータを独自に変える、またはASRVの形状母数を変える(いわゆるcovarionみたいなもの)、あるいはそれら両方を行う。

・あるクレードではLGを使うが、違うクレードではWAGを使う(パラメータの設定も自由自在)。

などなど。そしてこのようなnon-homogeneousなモデルが、塩基・アミノ酸・コドンそれぞれのデータに対して適用可能です。

ここで、NHモデルを使う際に必要なのは、「どのくらいの数のbreakpointを設定し、系統樹のどのnodeにbreakpointを当てはめれば最適なのか」を判断することです。

nhPhyloBayesなどはMCMCの中でbreakpointの数、分布も最適化していきますが、「クソ遅い上にMCMCが収束するか分かんない」という点においてPhylogenomicsではあまり利便性のあるものではありません。

一方で、樹形探索を行わなくても、数種類の対立仮説樹形を用意した上で様々なNHモデルを試して仮説検定を行うことが出来れば、ある程度現実的な計算時間のもとで解析結果の妥当性を考える手段となりえます。多種多様な生物種から膨大な量の遺伝子配列をとってきて解析に使うPhylogenomicsでは、系統樹の各枝における置換モデルの単一性(すなわち進化プロセスの不変性)を仮定し系統樹の再構築を行うことはかなり危険な行為なんですが、単一性を仮定した置換モデルから出てきた結果について、対立仮説樹形を作り、いくつかのNHモデルを使って検定をすれば、いくらか適切な議論を行うことは可能になるのではないかと思います。

さて、この際重要となるのは、NHモデルも含めたモデル選択を行うことです。上記したように、どのくらいのbreakpointを用意し、どこにそれを当てはめるかというのは当てずっぽうではいけませんし、いわゆるbiologicalな根拠をもとに人間が勝手にbreakpointを設定するのも僕は不適切だと思っています。AICやBICなどの情報量基準をもとに、「単一性を仮定した従来のモデルよりも適切なNHモデル」を判断し、それを使って樹形比較を行うことが大事です。

これまでそのようなことを可能とするプログラムはありませんでしたが、ようやく現実的に使えそうなものが出てきた、というのが今回の論文です。然るに僕としてはかなりゲキアツな論文なわけです、はい。

testnhを使えば、これまでのセミナーでも何回か出てきた、「この系統樹アヤシイけどNHモデル使ったら異なる結果・解釈が導き出されるんじゃね?」という疑問を解決することが現実のものとなるわけです。勿論、これからこの研究室でもどんどん行われるであろう、「生物の大きなクレードを跨いだ広域なタクソンサンプリングに基づく大規模系統解析」において、解析結果の妥当性を評価する有効な手法にもなると思います。

問題は、testnhはBio++と同じ系列のプログラムですから、コマンドがアホみたいに複雑なこと、NHモデルについてはマニュアルに書いていないコマンドも多く自分で色々試行錯誤しないといけないこと、加えてバージョンアップのたびにコマンドの文法が変わる(しかもマニュアルに全部書かない)という鬼畜仕様であること、ってことでしょうかね。Bio++自体がまだv0.6.1でv1.0がリリースされていないというのもあるんですが、当分一般的には用いられんでしょう。それがちょっと残念です。

まあ、v0.6.1については統計数理の論文用データを取るときに大分苦労させられましたので、大体使い方は分かっています。このtestnh、ちょっと使ってみますかねー

2012年5月6日日曜日

天から殺意


今日のお昼頃、自転車で外へ出かけてちょっとしたころ。

何か雷近いし凄い雨が降ってきたので、一時雨宿りをした。

通り雨っぽくてちょっとしたら一旦止んだので、早めに再出発して目的地に向かおうかなーと思案していると、降ってきたのがこれ↓



こんな大きい雹は生まれて初めて見ました。
このあとも雷は連発するし、バケツの水ひっくり返したような大雨が降るしで生きた心地がしませんでした。


2012年4月28日土曜日

6万突破!

このブログのカウンターのお話です。

それはさておき、私め僭越ながら、この度なんとProtist 2012 のTravel awardを受賞してしまいました!

しかししかしabstractで書いた実験が、実は現在暗礁に乗り上げていたりします。

applicationも「これ上手くいかなかったらキマリ悪いよなぁ」とか思いながら提出したのですが・・・

恐れていたことが起きてしまったぜ! ひゃっはあ!!

とっかかりを掴むべく、連休二日目ですが明日から実験に勤しむことにします。とにかくデータを出さなければ。

筑波8耐へのエントリーを我慢しておいて良かったぜい。

おまけ:ちなみに今日はサークルの新歓について大洗水族館に行ってきました(ロードバイクではないよ)。途中で寄った那珂湊の生ガキや寿司は最高でした。満足

2012年4月25日水曜日

むねわる~

どうも昨日の半徹夜が効いたのか、柳仙会終わって家に帰ったあたりから気持ち悪くなってしまいました。そのあと1時間くらいトイレで悪戦苦闘。ぐえー

ようやく調子も戻ってきたので、シャワーを浴びて一息つき、最近暇なときにやっている風神録で一番好きな曲である「明日ハレの日、ケの昨日」を聴いて精神的にも回復。

好きな曲を何にも邪魔されずに聴いていると、耳が幸せです。「耳が幸せ」っていうのは他人が言っていた言葉の流用ですが、これも言ってて気持ちの良い言葉です。

そういえば、この曲名にあるハレ、ケですが、これらは民俗学用語で

ハレ(晴れ)=儀礼や祭、年中行事などの非日常、めでたいこと(Ex. 晴れの舞台とか)
ケ(褻)=普段の生活である日常

だそうです(Wikipedia)。

それでもって、一説にはこれら二つの他、「ケガレ」という言葉もあり、日常生活を営むためのケのエネルギーが枯渇するのが「ケガレ(褻・枯れ)」だそうです(これもWikipedia)。

「ハレ」と「ケ」と「ケガレ」は循環する概念で、「ケガレ」は「ハレ」の祭事を通じて回復するという考え方もあります。

曲名と絡めていえば、「今日はいつもより良くないことがあった一日だったけど、明日はめでたいことがあるといいね」って感じですかね。

例え悪いことがあったとしても、「明日は良いことがありますよう」とか「明日はもっといい一日にしよう」とか思って眠りにつくことが出来れば、幸せなことなのかもしれません。まあ結構難しいことでしょうけど。

ということで、もう眠いので明日のために寝ましょう。もう日付はとっくに変わっているんですがね。。。

2012年4月19日木曜日

LG&MtZoa入りMrBayes3.2

自分の解析で使いたかったので、MrBayes3.2でデフォルトでLG,MtZoaを使えるようにしました。マニュアルによると自前の置換マトリックスをNEXUSファイルに組み込めば使えるらしいですか、そんなん面倒くさいのでソースコードいじって初めからモデルが使えるようにしました。

本当はちゃんとLG,MtZoa用の配列やらなんやらを新しく作らないといけないんですが、今あんまり時間が無いので、とりあえず滅多に使わないであろうJones, VTモデルの中身をLG,MtZoaに入れ替えるという方針をとりました。

ソースコードではmodel.cで置換モデルのrateを配列に格納しているので、この部分を改変。新しく作ったmodel.cを元々のファイルと置き換えて、そのままコンパイルすることでJones->LG, VT->MtZoaのmbが生成されます。

改変したmodel.cはwikiに置いておきますので、使いたいひとはダウンロードして適当に自分のマシンに入れてください。

https://sites.google.com/site/memwiki/tips/keitou-kankei-sofutou-ea/jisaku

申請の嵐

一日に3つも4つも申請書書かなきゃいけないじゃないですかーやだー

しかもサイン貰いに生農棟行っても先生いないじゃないですかーいやー

2012年4月18日水曜日

ものには、全て名前がある

つまり論文を世に出すということも、そういうことなんじゃないかと思います。

というわけで、Kami様と不肖私が共同筆頭著者となる論文がおねぇに掲載決定しました! ひゃっほう!!

僕にとってはこれが最初の一歩ということになります。

二歩目、三歩目が踏み出せるように、今後も精進に努めたいと思います。


なんか嬉し過ぎてホイールでも新調したい気分ですが、それはさすがにやり過ぎなので(今は)自重。いずれどうせ買うことになると思いますが、、ちゃんとお金を貯めてイイモノを買ったほうが後悔しないし。

ツールドつくばには鉄下駄と呼ばれる(?)某なんちゃら7で挑むことになるのは気がかりですが、まぁそれはそれで頑張ってみるという方針で。


おまけ:でもタイヤだけ軽いものに履き替えてみるとかはありかなwww

2012年4月15日日曜日

不可能を――― なんとかする! のがマンガ家!!

マンガ家じゃないですけど、何とかなったので滞っていた実験やら何やらに明日から復帰します。

皆様、ご迷惑、ご心配をおかけしました。

おちこんだりもしたけれど、私はげんきです。

MendeleyとEver(Nix)note

やろうやろうと思って中々できなかったが、漸く電子媒体の書類・論文の管理体系としてMendeleyとEvernote(LinuxではNixnote)を導入した。

Evernoteの方はウェブページのスクリーンショットみたいなのをワンポチで保存、Mendeleyの方もEndnoteなどのようにPubmedやBiomedから論文の情報を取り込める機能をブラウザに組み込むことができるのでかなり便利。

ちょっとしたメモ書きやらwebから拾ってきた資料はEvernoteの方に、学術雑誌やProceedingsの論文情報はMendeleyに入れ、今までそれらをごっちゃにまとめてたDropboxには解析データなどのバックアップファイルを主にあげることで、電子情報の管理がわかりやすくなったと思う。

ただ、Mendeleyにはこれまで紙媒体としてストックしてきた論文を一からデータベースに登録し、タグ付けやPDFファイルの添付などを行わなければいけず、これがとんでもなくメンドくさかった。

大体数にして400弱。それらの登録が今しがた終わったところだ。あー疲れた。

でもこれからは効率的に管理できそうですね。

2012年4月13日金曜日

さあ解析をしよう

昨年10月くらいに解析を担当した共同研究の草稿が共著者の方から送られてきました。

こちらではもうちょっとデータを追加して再解析する。24年度最初の仕事はこれですね。

最尤法と、(お作法で)ベイズも。ベイズはPhylobayesでいいかなとも思ったけど、折角だからgaston使ってMrBayes MPI版を48コアで走らせるのも並行してやってみようかな。1遺伝子ではありますが、100taxaくらいはあるので、MCMCMCの収束を含めどれだけ早く終わるか見てみたい。


というかMrBAyes MPIはクラスタでちゃんと動くのかな。前のRAxMLもなんか挙動おかしかったし、そこんとこも含めてちゃんとテストしてみないといけませんね。

2012年4月10日火曜日

開幕書類ラッシュ

博士後期課程の分だけでなく、デュアルディグリ関係の申請もあるので書類の量が二倍以上。
生命環境とシステム情報工学の支援室を行ったり来たり。
あーいやだいやだ。早く終わらせたい。

2012年4月8日日曜日

君のいない部屋がこんなに広いなんて その2

今回はロードバイクが初回点検&クリーニング(無料)のために、購入店で一週間のお泊り。

本当なら今日はクラブライドに行くつもりだったけど、昨日の夜は久々にサークルの同期と集まって飲んで、コンタクトを着用したまま潰されてしまい、朝起きたら目が疲労していたので中止。それほど危なくはないと思うけど、眼鏡で100kmライドに出る気にはなれないんですよね。僕が使ってるのはサングラスみたいに遮光してくれるヤツでもないし。

でもショップにいくまでにロードに乗っていたら、昨日のヒルクライムの疲れと筋肉痛が地味に足にきていたからちょうどよかったかのかも。


おまけ:クロスバイクの方も買ってから一年以上経つから、そろそろワイヤ類とかを交換するべきかも。ああでも、この前修理に出した時に全体的なチェックもしてもらったんだっけな? でも目に見えて磨り減っているブレーキシューだけは替えなければ・・・ ついでに荷台とか泥除けとかも付けちゃおうかなぁ。

2012年4月7日土曜日

仏像にはこういう使い方もあるんだ!!

リボルテックタケヤの仏像シリーズのことはこの前も書いたが、それを使って色々ポーズとらせて遊んでいる写真があった。



まさか仏像で「チャーハン作るよ!」ができるようになるとは・・・良い時代になったものだ。
そういえば次の新作は「風神」なんですよね。これはちょっと欲しいと思ったりもする。

オレ すげー坂好きっぽい

ツールドつくばにエントリーしたし(クラスは男子一般)、春夏用のサイクリングウェアも1セット揃えたしで、今日は実際に当日レースで走るコースを走ってきました。

コースは平沢官衙遺跡からスタートして、直後に地元の自転車愛好家なら誰でも知ってる不動峠を登り始めます。4kmくらいは延々と登り。しかも最後は斜度10%を超える。僕なんかではアウターギアに入れてるとダンシング(立ち漕ぎ)無しでは登りきれないくらい急な坂です。そのあとは筑波スカイラインに入って、しばらくはアップダウンの繰り返し。蛇行した見通しの悪い箇所が多く、更に下りでは結構なスピードが出るのでカーブでは注意が必要です。この辺りは道に「二輪車進入禁止」と書いてあるので、「自転車は良いのか? ・・・でも上から降りてくる人もいるし、多分大丈夫だろう」とか思いながら走っていました。で、コースの最後はつつじが丘駐車場に至る風返し峠。ここも約1.5km登りだけですが、道も広いし最初の峠に比べればよっぽど楽でした。

スタートからゴールまでかかった時間はちょうど40分くらい。初めてなので行程がよく分からず、ある程度セーブして漕いでいたから、きちんとマネジメントすれば2〜3分は縮められるかな? 今回は意地を見せてアウターだけで登ったけど、不動峠だけでもインナーにシフトしておけばそれだけでかなり体力が温存できそう。13分カットできればエキスパートクラスでも優勝を競えますが、まぁそれは無理でしょう(笑)

ちなみにタイトルは漫画『弱虫ペダル』の真波山岳君のセリフですが、僕も登りの方が得意っぽいです。登り坂は小柄で体重の軽い人が有利らしいので、意外と向いているのかもしれません。


おまけ:走れば走る程、どんどん良いものが欲しくなってくるのは困ったものです。まずは一番効果があると言われるホイールを替えたいところですが・・・

2012年4月2日月曜日

メモ:CentOS6にDropbox入れるとアップデートできなくなる

CentOSにDropboxを入れると、そのあとyumなんかでアップデートしようとしたときにリポジトリがないみたいな感じで怒られる。

これに対しては、/etc/yum.repos.d/dropbox.repoを編集し、
baseurl/~~~~~/fedora/##←この部分を15に変える。

メモ:CentOS6にNVIDIAドライバを入れる

CentOS6ではテキストモードで起動(/etc/inittabでid:5:initdefault:の5を3に変更)しても、デフォルトで入っているNouveauというドライバが起動してGPUを独占する。この状態でNVIDIAドライバ入れようとするとインスコ弾かれてしまう。

別に通常仕様ではこれで問題ないが、デュアルディスプレイ設定とかCUDA入れるとかでNVIDIAドライバを入れないといけないのでこれは困る。

この解決策としてはNouveauを無効にすることで、/boot/grub/grub.confを編集し、"kerner"で始まる行の末尾に"nouveau.modeset=0"と追加すればよい。

2012年3月31日土曜日

新年度始まりますね

さてさて、ボヤボヤしているうちに私ももうM2になってしまいます。早いものですねぇ。

年度の変わり目なのでここ一週間くらいはラボ(D308)やオフィス(生農B棟3階のアレ。部屋番号は1年通ってますが知りません)に来る人が極端に少なく、少人数の雰囲気を楽しんでいました。特にオフィスでは旧K松崎先輩の社長席に引っ越したので、独りでいるときの空間の独占っぷりはなかなか贅沢なものでした。

もちろんそんな時間が長く続くはずも無く、月曜からは正式に2 out 4 inで我々MEMラボは都合2名の増員になり、一気にスペースが枯渇してしまいます。

済まぬ就活組よ、君たちのオフィススペースは暫定的にですが新入生に使ってもらいます。たまに訪れたりすると自分の席が占有されていて切なくなるかもしれないが、我慢してくれい。今年度はMEMだけで院生室を1部屋貰えることを祈るばかりです。

新入生受け入れ準備の一貫として、金曜に8階で眠っていたPCRマシンの封印を解きました。これでラボには計5台のPCRマシンが並びます。それでもkami様と僕が同時にRCAをやったりすると結構大変なことになりそうです。なにか調整する方法を考えないといけないかもしれませんね。PCRマシンよりも、2台しかない遠心機のほうがボトルネックかも知れませんが。

4月からは学生ヒエラルキーが最下位だったY崎と私もウェット組の中ではいきなりトップに踊り出ることになります。気楽に議論(というか質問?)をすることができた先輩達が抜けて、今後は自分たちが後輩にとってそういう存在になっていかねばならない考えるとかなり不安ですが、きちんと振る舞えるように精進して行きたいと思います。

ウェットラボのだけでなくゼミも大変になりますね、と思いましたが、これは5 out 6 inなので増員は1名のみ。回す人数が増えるので 、どうしても頻度は上がってしまいますが。今年度はどんな迷言が生まれるのか、これは楽しみの1つですね(笑)。

おまけ:珍しくラボのことを書きましたが、ロードバイクは週1ペースで乗っていて、そろそろ1000kmを突破します。乗りこんでいる市民ライダーなら一ヶ月で達成するので、全然大した距離ではありませんけど。だいぶ暖かくなって来たので回数を増やして、もっとガツガツ乗りたいところですね。

2012年3月30日金曜日

いろんな人とお別れ

3月であるのと、今年は自分も修了の年であるので、多くの同期が卒業し次の道に進んでいくということもあり、お別れする人が多かった。

自分の研究室周りでも、釣り仲間は一人山形行っちゃったし、k松崎さんは卒業・就職してもう怪獣トークできないしで、ちょっと寂しくなる(M本さんは すぐ かつ よく 会いそうな気がする)。


ここ数日は旅立っていく同期と休日最後に遊んだり、引っ越しと片付けの手伝いをしたりした。
 まあ、今までMtGとかして遊んでた友達も、これからもトーナメントとかでよく会いそうだけど・・・

そして、今日は大学院の事務の人が異動になるとのことなのでご挨拶に伺った。学振の書類の面倒を見てもらったし、旅費の振込関係のごたごたでもよく助けてくれたので、大変お世話になった(あと○○しぇんしぇいの名付け主でもあるようだ。茶目っ気のある人だ)。


これで、大体のお別れの儀は終わった感じ。学群を卒業し大学院に進んだ時と同じく一抹の寂しさはあるが、そうもいってはいられない。

4月からは生物だけでなくCSのことも本格的にやることになり、さっそく来週にはあちらのミーティングで並列化する系統解析プログラムのフローチャートを作らなくてはならないのだ・・・ムズカシー

2012年3月26日月曜日

アクセプトキター!!

本日、再投稿してた論文がEvolutionary Bioinformaticsに受理されました。

3月中にアクセプトになってほしいなーと思ってましたが、思いの外decisionが早かったです。EBは投稿の仕方も簡単だし、reviewも一ヶ月で帰ってきたし、色々早くて良い雑誌です(他の雑誌がどうか知りませんがw)

今回受理された論文は4年生からM1くらいまでメインにやっていたシミュレーションの結果をまとめたもので、D1になる前に修士の結果を論文として世に出すことが出来て嬉しい限りです。

それでもまだまだ、”自分の研究成果”としては1本目、数は全然足りません。
投稿中のも帰ってきたらさっさと直したいし、修士の間貯めたデータだけでも、あと2本はいけるはず!!


・・・と意気込んではいますが、今は別のことに手間を取られています。
部活のOB会誌。僕はその編集者になってしまっているので、現在原稿の整形などに悪戦苦闘しています。

毎年3月末から4月頭はいつもこれがあってげんなりする。ただでさえ花粉症でやる気が著しく低下しているというのにもう・・・

2012年3月24日土曜日

卒業できました!

昨日、無事卒業式を終えて学位記をいただきました。
筑波に来てはや5年。色々な事がありました。
あんなことやこんなこと。思い出したくない思い出や、思い出したくない思い出。そして、二度と思い出したくない思い出、、、、勉学関係でなくてね。

5年って今思うとすんごく早かった。

M1:筑波に入学して、学生宿舎に入ってしまい、苦手な近所付き合いをどうやって拒否しようかを毎日ひたすら考えてた。どちらも坊主なYaぶきさんと、Yuぶきさんの違いが全然判らなかった。今では伝説となっているJSEPの悲劇が起こった年でもある。学会がトラウマになる。そして、学校辞めようかと真剣に悩み、あと一歩で辞めてた夏。

M2:M卒業で就職しようとしたが、全滅して茨の道に足を踏み入れることになった。YI&RK先生のおかげで学振に受かって、今後の人生がどうなろうがドンと来い!!と腹をくくる。

D1:Dになって、始めての論文書きでてんやわんやになってた。実験ばっかりしてたのでDゴンに怒られ、実験禁止令が出てひたすら論文書きの仕事のみを行う日々へと進んでいく。このころのDゴンはいつも体からトゲが出ていてすんごく怖かった。

D2:ここがなんか空白。なんかあったのか!?実験した記憶が無い。
国際学会での初口頭発表デビュー。発表中にプロジェクターが故障すると言うトラブルが発生。スタッフの人が色々修理してくれている間、なんか喋ってた。それで笑(苦笑じゃなくて)が起こったのでよしとする。
2回目の国際学会口頭発表。またしても発表中にプロジェクターが故障するというハプニング。どうやら、プロジェクターの呪いがかかっている模様。北極圏はめっちゃ寒かった。そして、一番おいしかった料理はケバブ@ノルウェー。ここで、来年度からのボスと運命的な出会いをする。たまたま同じホテルに泊まってて、朝食をご一緒させてもらってました。

D3:一番早かった。怒涛のように過ぎて行った。学振の書類が終わり、3本目の論文でもたつき久しぶりにめっちゃ怒られwith Euki、予備審査発表練習でズタボロの発表をしたり、FKshにちっちぇー男だなと罵られたり、学振落ちたと報告したら「おめでと~~!!」と言われたり、D論なんとか形にしたり、とかなんとかで無事に学位記をもらえた。

ちなみに昨夜は、Eukiと2時までカラオケ。一発目にあべまの「ふりぃ」をうたってしまい喉をつぶす。

そんなこんなでこんな5年間でした。(一部のプライベートな事情は省略)

Hッシー先生や、Y司先生、I田先生、Dゴンしぇんしぇぃ。には感謝でいっぱいです。
いっぱい怒られて泣きそうになったことも何度かありましたが、おかげ様で楽しく筑波での生活を終えることが出来ました。

来年度からの目標は、Dゴンに真っ向から立ち向かい勝負すること!!

明日の朝、筑波を旅立ちます。



寂しさで涙が出てしまい、目の前がかすんだために、ボスのwebページがよく見えなかった。

僕の名前が間違ってる、、、

2012年3月21日水曜日

再投稿した

1月頃査読が返ってきたシミュレーション解析の論文のrevisionを、今日EBに再投稿しました。

初めてのrevisionだったので、reviewerが何を言いたいのかそもそも良くわからなかったり、反論する場合はどう”英語で”反論すればいいか難しかったりしました。あとは自分の書いたCover Letterを見返してみると、reviewerに対してnegativeというか明らかに説明不足だったり。

そこのあたりをうまく修正していただいた先生方に感謝です。


投稿先のHPではdecisionは通常7日以内に返ってくるみたいなので、D1になる前に、修士の研究成果が論文として受理されて欲しいですね。


・・・そういえば、もう一つ投稿してる方はどうなってるのだろう。大体2か月は経ってるからそろそろお返事が来てもいいかなとは思いますが、でも投稿したのが投稿したのだしねえ。忘れたころにやってくるだろうという感じでゆっくり待ってますか。

2012年3月15日木曜日

やっと終わった

Gastonセットアップ完了。

思っていたよりだいぶ上手くいかなくて長くかかってしまったが、これで何とか、実戦投入できるようになった。今日は常識的な時間に眠れそうでとてもうれしい(涙)


MPICH2を入れたところまでは良かった。TORQUEもすんなり導入できた。

が、いざRAxMLを入れてみるとちゃんと動いてくれなくて、この改善に約一日取られてしまった。

7.2.8 (多分.6も)のMPIバージョンだと、ブートストラップ解析ではたとえば48プロセスで100replicatesの解析をしようとすると、プログラムのアウトプットではちゃんと「100repsやってますぜ」って表示が出るのに、結果では144本の樹が吐き出されている。なので、ブートストラップ解析が144回行われている。

48 * 3 = 144なので、どうもRAxMLのMPI版はブートストラップデータをMPIの各プロセスに分けて、プロセスごとに一つのML探索をやらせているらしく、replicateの数がプロセス数でちょうど割り切れないときには余ったプロセスが待機しているのではなく、余分に解析をやってしまっているらしい。

もっと困るのはML探索の時で、 10本の初期系統樹を指定して48プロセスで解析すると、なんと48本の探索結果がでてきてしまう。これも原因は上に記したMPIバージョンの挙動にあると思われる。

MPICH2でもOpenMPIでも同じだったので、ソースコードのどこかに問題があると思うが、チェックする気力も知識もなかったので、RAxML-Lightを入れた。

まあ一本の自前の初期系統樹からしか探索が行えないといっても、そんなのは(作者もマニュアルで再三言ってるが)スクリプトを書けば何とでもなるので、Lightでいいやと思っていたのだが、Lightを導入すると今度はMPIの通信でバグる。何で!?姫野ベンチはちゃんと動いたのに!?


この問題にも散々っぱら振り回されたわけだが、結局、Lightの”最新版1.0.6”固有のバグだったらしく、1.0.5にしたらちゃんと動いた。これのせいでMPICH2をOpenMPIに変えたり無駄なことしてしまったわけですよチキショー

まあ、いろいろあったけど 、これで無事Gastonも解析現場に仲間入りです。力強い仲間が増えました。

これからは馬車馬のようにきりきり働いてもらいましょう。

2012年3月13日火曜日

メモ:LZHファイルを解凍するために

LZH形式で圧縮されているファイルを解凍するためには

$ lha -e ***

というコマンドがいりますが、CentOSではデフォルトではこれが入っておらず、yumでも取ってこれない。

でも、wgetでソースコードを取ってくることができるようである。

# wget http://iij.dl.sourceforge.jp/lha/22231/lha-1.14i-ac20050924p1.tar.gz
# tar zxvf lha-1.14i-ac20050924p1.tar.gz
# cd lha-1.14i-ac20050924p1
# ./configure && make && make install

こうすればいい。

やっとこさMPIが

ようやく、GastonでMPICH2でmpdbootが通るようになった。

”invalid port info”やら

”failed to connect to mpd on ****”やら

色々エラーに苛まれたが、何とかmpdtraceで全ノードのホスト名が出てくるところまできた。最後のエラーは結局の所ファイアウォールを停止してなかったからという何ともおマヌケな原因で引っかかっていたっぽいが、ともかくこれでMPIの導入はほぼ完了しただろう。

あとは姫野ベンチでも動かして動作確認、んでRAxMLとmpiBLASTでも入れておきましょう。

ただ、やっぱTORQUEとかのJMSも入れておいた方がいいんだろうなあ。多分この程度の規模のクラスタで複数のジョブを同時に管理するようなことはないと思うけど、一応勉強もかねて入れておくか。。。


すんなりいけば日が変わるまでには帰れると思う。が、その前に腹ごしらえ。晩ご飯食べてないのでお腹が減った。

2012年3月8日木曜日

Taxon sampling が系統解析に与える影響

Sys. Biol.の最新号にこんな論文が。

http://sysbio.oxfordjournals.org/content/61/2/337.abstract

lastにT大のK野先生が入ってる。前にSeo and Kishino 2009の論文も読みましたが、結構分子系統解析の方法論的研究にも興味を持っておられるんでしょうか。

一度お会いしたいものです。

2012年3月7日水曜日

できたあああああ

ひゃああああああちゃんと動いたあああああああああ!!!!!!

(mpiBLASTのインストールと実行が上手くいったのですごく喜んでいます)

ブレビスのESTデータをテスト解析用のqueryとし、non-redundant なたんぱく質データベースを対象としたblastxを行いましたが、ちゃんと解析が終了しました。

同じように、estデータやミトコンの塩基、タンパク質を対象とし、blastnやtblastxなども掛けられるでしょう。

ああ、やっと終わった・・・

一日ちょっとで出来るだろうと思っていましたが、結構時間が掛かりました。

 あとは、解析のやりかたを誰かに教えるか、簡単なメモを作っておきましょう。


残りはgastonのセットアップ(色々あってまだ終わってない)と、自分のラップトップなどのセットアップです。こういうのは別に嫌いではないですが、連続ですることが溜まるとさすがに疲れますね〜

2012年3月6日火曜日

半分終わった

双子アップデートと、mpiBLASTのインストールまで終わった。

SUSE12.1にしたのでGNOME3に”なってしまった”わけだが、相変わらずこの無駄なオシャレ具合は気に入りませんね。

あくてぃびてぃ(笑)とか、ファイルマネージャのUIがところどころ変わってたりとか、解析用マシンにそんなもんはいらんのであって、イモ臭く古臭くあればよいのですよ。

まあ、そんなこといったらSUSEなんか入れんでGentooとかDebianにしたり、リモートログインで端末操作だけするようにしとけよ、という話なんですが・・・

あと、更新自体にもかなり時間が掛かってしまった。ミラー使おうが何しようがどうしてもリポジトリにアクセスできなくて、zypperではなくDVDでアップグレードしないといけなかったり。片方はすんなりいったんですけどねえ・・・


やっぱりLinuxのディストロはメジャーどころ(=いろんなトラブルに対する解決策がネット上に散らばっている)一つに絞って、システムの深いところまで知っておく必要があると思いました。


明日はmpiBLASTのテスト解析。多分すんなりいってくれるはず。多分。

共有ストレージやローカルストレージの設定があるけど、many coreの計算機一台で走らせるだけなのでそこらへん適当にやれば走りそうな気はするけど、どうでしょうねえ。

2012年3月4日日曜日

休日の夜のCCSは非常に居心地がいい

最近、1,2週間に一回ほど、自分への褒美?として夕食は「ふくむら」の定食をいただきます。

一食大体1000円とかなり高い(自分の2日分の食費)ですが、その分文句なしに美味しいんですよね。特に焼き魚。
今までで一番気に入ったのが、初めて行ったときに日替わり定食で出た小鯵のから揚げ。あとこの前食べたカツオのカツも美味しかったなあ。

今日はイワシを食べようとしたけど、生憎と材料が切れていたので、まだ食べたことがなかったのもあって鶏のから揚げ定食をいただきました。魚と比べると若干見劣り(舌劣り?)しますが、それでも十分満足できました。いつか、一食1500円のメバルの塩焼きやキンキの煮つけなどを食してみたいものです。


夕食の後は、CCSへ。あんまり夜型になってはいけないなとは思っているんですが(既になっちゃっているので改善しないといけない)、休日の夜、人の殆どいないCCSの自分のデスクで、好きな音楽を聴きながらまったりと作業をするのが好きなのです。

今日は、事務から送られてきた「学振面接に関するアンケート」をまだ書いていなかったので、双子アップデート用のDVDを焼く時間に回答しました。
なんか学振に応募する人用の資料にするみたいですが、去年はありませんでしたよ。今年からかな?
それとも自分がよく探していなかっただけか・・・

面接内容について具体的に、とありましたが、4か月前くらいのことで、それからいろんなこともあったので、あんまり細かいことは書けませんでした。

覚えているのは、研究計画の中の「具体的な研究方法」については特に何も聞かれなかったことですかね。自分の奴は要約すると「ESTして系統解析するぜ!」しかないので、そこんところにあまり馴染みのない面接官に当たったか、そもそもそういうマイナーなポイントは聞かれないのか、どちらかだったんだと思います。

ただ、その代わり研究の動機、「何でこの生物を対象とするのか」とか、自分の研究のゴールのさらにその先、発展部分についてかなり突っ込まれた印象があります。


「で、一般的にいってこの研究、どうなん?どんな意味あるの?」みたいなことを聞かれましたが、この”一般的に”っていうのが曲者で、短い質疑応答の中で(それも質疑の最後の質問で)それを聞かれると、考えが纏まらず詰まってしまいそうになります。さらに質問する人によって”一般的”ということの価値観も違うので、これは事前に色々な角度からの質問に耐えられるよう準備する必要があります。僕は面接の中で出た咄嗟の思い付きも含めて、なんか取り繕うように言ってしまった感じもありましたが・・・

という感じのことを書きました。



なんか、先週から奨学金免除の書類とか、書類手続きと計算機のセットアップ関係の作業などにかなり追われていましたが、これで事務的なことは大体終わった感じですかね。あとは双子をアップデートして、自分の計算機のOSも変えたりすれば、新しいことを始められそうです。(ああ、EverNoteとかも導入しないといけなかったそういえば)


ちょっと一段落したので、残りの時間で久しぶりにナチュレのPerspectiveを読んでみました。

http://www.nature.com/nature/journal/v482/n7386/fp/nature10836_ja.html

計算機使った解析系の論文出すならソースコードの公開も義務付けないとダメ!
ていう主張です。

まあ、新しく作ったソフトウェアとかならソースコードは誰もが見られるようオープンにするべきですし、解析系の論文でもデータの再現性を保証するのは第一にはプログラムのソースコードなわけですから、ソースコードは必ず各段階でのバージョンを保持し、レフェリーからの要求なども含め、誰から要求されてもすぐにソースコードを渡せるようにするべきです。

ただ、すべてのソースコードは予めだれもが見られるように白日の下に晒されるように”義務付けられなければならない”というのであれば、それはちょっと面倒だなと思います。

例えば、そのプログラムの中には次の研究、その次の研究と使えるようなテクニック・アイデアが含まれており、それをあまり積極的に他人には見せたくないな、という場合。その部分を抜かしてもプログラムが成立し、データも変わらないのならいいのですが、そうであっても長いプログラムを公開するためだけに編集するのは面倒です。

あとは、自分のようなまだプログラミングの技術が未熟なものに多いと思いますが、一つのデータを取る一つのプロトコールが何個ものプログラムに分かれ、それらを正しい順番で動かさなければならないという場合。よほど綿密に計画してプログラムを書かない限り(あるいはそれが”仕事”でもない限り)、 自分の解析のためだけのプログラムを他人にも分かりやすく作るのはかなり手間がかかるのです。いや、本当はそうあるべきなんですが。

まあこれらの問題は製作者が気を付ければいいだけの話かもしれませんが、ソースコードの公開をしなくてもいい”例外”というのは、案外多い方がいいのかもしれません。

2012年3月3日土曜日

ついに仏像まで動く

リボルテックで仏像シリーズが作られているのは知ってましたけど、ちょっと調べたら続々と新商品が発売されておる。ナニコレ

http://www.kaiyodo.co.jp/revoltech/takeya.html#takeya01

3,800円にしてはディティールもむちゃくちゃ凝ってますね。あとはジョイントも。

阿修羅だと可動部位33か所だそうです。・・・33か所!?


あほちゃうか(褒)
阿修羅像で荒ぶる鷹のポーズ! とか出来たりするんでしょうかねえ。


極彩色の彩色も良い味出してます。色合いなどは文献かなんか、あるいは現存する仏像からの再現なんでしょうか。光沢を抑え、ちょっとすすけた感じを出してるのもいいですね。


といっても、個人的にはそこまで購買意欲をくすぐられるものではないんですが。
これならば同シリーズの特撮系(大魔神とかエイリアンクィーンとかアンギラスとか)や、Su37-UBやバラライカの方が欲しかったりします。

とはいえ、さすが業界大手の海洋堂。2000年に入り、最近までは人間のキャラクター路線が強かったように思ってましたが、自分の好きな分野にもまた注力し始めてくれたようでうれしく思います。

この調子でガレキも作ってくんないかなあ。そっちの方はエクスプラスとかが最近クオリティの高いものをバンバン出してますから、難しいかもしれないですが、この仏像のガレキやったら洒落で買ってもよいw

2012年3月2日金曜日

どおりで

双子のSUSE11.3だけど、アップデートしようとしたらリポジトリが取得できなかった。

久しぶりにSUSEのHP覗いたら、もう12.1が出てるではありませんか。

そして11.3のサポートは1月に終了しちゃってるではありませんか。

SUSE入れ替えが早すぎ。。。双子みたいな解析用のマシンのOSはそんなにバカバカ更新してくれなくてもいいんですけどね。システムやらUIやら変わると面倒やし。


とりあえず早いとこアップグレードしとこ。
Peggyも最近モッサリ感が顕著になってきた。結構ハードな使い方をしてきたのもあるけど、多分いらんパッケージ詰め込みすぎてるんだろうと思う。今はちょうど解析の切れ目だし、バックアップとって違うOS入れてみようかなあ。

2012年2月26日日曜日

strongbow

金曜日と土曜日は、茗荷谷で喧々諤々の打ち合わせ。で、そのあとブクロへ出撃して吞み会だった。

打合せで疲れたので、みな飲む飲む。途中からは、グラスが空いているかも確認せず、「生4つくらい」とか「6つくらい」とか大体で注文していたせいか、レシートを見たら生中が最終的に62杯オーダーされていた。もちろん全部空にしたけど。

で、そのあと少人数で2次会へ。つくばにいるとバーなどに行かないので、居酒屋の客引きのおにーちゃんを振り切り、バーへ。そこでなんと大好きなアップルサイダーStrongbowを発見!しかも、缶とかビンでなく、on tap。もちろん1杯飲んだ。日本で初めて見た。

「アップルサイダー」といっても、がっつりアルコールは入っている。「ハードサイダー」とも言うらしい。そんなに甘くなくむしろドライな後味で、夏とかにパティオとかで飲むと特にサイコーなんだよね。



写真見てたら、また飲みたくなってきた~

2012年2月25日土曜日

gaston準備中

先日納入されたクラスタ計算機(gaston)を、SB棟にてHPCS研の方々の協力をいただきながらセットアップ中。

業者の設定などがあまり良くなくて色々ごたつき、手伝ってくれた人にはかなり迷惑をかけてしまいましたが、何とかOSのセットアップとネットワーク設定などは終わりました。

それにしても、取り付けに5時間、ソフト面でのセットアップに5時間と、やはり小規模とはいえクラスタの導入は骨が折れますね。

でも、専門の人たちに色々と話を聞いて、クラスタのことについても理解が深まりました。ネットワークの設定なども一度やり方を教えてもらって、一通り自分でもやってみましたので、ちょっとわかってきたと思います。

現在は、OpenMPIや解析用のソフトウェアを入れればすぐに使える段階まで整備ができています。ただ、これはクラスタにログインするための自分のアカウントができてからやろうと思っています。早くて来週か、まあ遅くても3月半ばくらいには使えるようになるでしょう。


早く使いたいな~

(ちなみに、名前はいろいろ考えていたんですが、HPCS研の管理下に置かれる際、あちらの命名ルールがありましたので、この名前になりました。でも結構気に入ってます。)

2012年2月21日火曜日

高すぎじゃないですかー!やだー!

5月に統計検定の国際資格の試験があるので受けたいと思うけど、検定料高すぎ・・・

Higher Certificateの資格を得るにはモジュール6つに合格する必要があるけど、6つ受けたら3万円ですよ。国際資格はお金の面でもハードルが高いね~。

ためしに一つってのもありだとは思うけど、多分この試験は1年に一回なんですよね。まあ一気に受けてみるか。今回は勉強する時間は十分にあるし。

2012年2月20日月曜日

やっぱりCentOSなんですね

クラスタの管理OSとかはやっぱりCentOSなんですかねぇ。

Gaston(新クラスタ)のOSもCentOSを入れることになったし、これに慣れとかないといかないなあ。

近頃メジャーアップデートもあったし、今度新しい計算機買ったらCentOSを入れてみよう。

2012年2月17日金曜日

このチップも…iP●dも…オレのもの…手放さない…放したくない…

久方ぶりにラボに来たら・・・


ものすごい大量のチップが到着していた


有機酸も大喜び


しかし空き箱はたまり


Remember 3.11

倉庫はまんぱんに!

2012年2月16日木曜日

デュアルディグリ受かりました。

今日発表がありましたが、筑波大学システム情報工学研究科コンピュータサイエンス専攻に合格しました。

これでデュアルディグリプログラムの適用により、来年度から生命環境科学研究科生物科学専攻(博士後期)およびコンピュータサイエンス専攻(博士前期)に在籍し、生物学で博士、工学で修士の学位取得に臨むことになります。


いまさらですが、デュアルディグリプログラムというのは、簡単に言って博士後期課程に在籍する学生に対し、その専門分野とは異なる関連分野の学位(修士)を取得させる試みです。例えば海外では、うちでいう図書館情報メディア研究科みたいなところで、図書館情報学以外に社会学など違う分野の学議も取得するいわゆるサブジェクトライブラリアン養成システムなどがあります。

僕の場合は生物学が(実情はどうであれ)専門分野で、これに加えてさらに計算科学分野で修士をとることになります。僕は分子系統学の方法論なんていう超絶狭い分野で研究してますが、それ以外でもバイオインフォマティクスを専門とする学生にとってはうってつけのシステムではないでしょうか。

デュアルディグリでは、関連分野の博士前期課程入学試験を受けるのには検定料はいりません。また、合格した際にも、新たに入学する博士前期課程の分の授業料は必要ありません。マネーの点からいえばそこまで負担はかからないシステムですので、もしチャレンジしてみたい人がいれば、どんどん挑戦してみればいいと思います。一応生命環境科学研究科では僕が第一号みたいなので、後続のために宣伝です。


ただし、このプログラムを受けるためには、該当する博士前期課程の入試に実力で合格しなければなりません。そして受けた身から言うと、試験勉強なり何なり、全部独力でやらなければいけないので相当大変です。そして微積や線形代数・集合論や論理数学・C言語の基礎など、最低でも大学院の入試に合格する程度の知識を取得するために、自分の専門分野の研究のための時間もかなり削らなければなりません。

僕はこの試験のために正味3か月程度を費やしました。その合間には学振の準備もありましたし、自分の論文の準備もありましたし、もちろん修論もきちんとやらなければなりませんでした。どれか一つを落としても、自分の専門分野での後々を考えると非常に大きなハンディキャップを負う可能性もあり得ますので、チャレンジするのならば、この程度の負荷を負っても構わないと思うぐらいの本気が必要です。


まあ、自分の話に戻すと、これで修士の間に計画していたほぼ全てのことは達成できた感じです。
博士後期の3年間に向けて、大体理想としていたレールを引くことができました。あとはこの方向を崩さずに突っ走るだけです。勿論途中で減速したり脱線しそうになることもあるでしょうが、3年後には、自分で系統解析ソフトウェアを製作できるくらいの実力を持った人間になりたいと思います。

さあて、あとは論文のreviseだ。
立ちはだかる英語の壁に喘いでおります・・・。やっぱり英語が一番難しいですよ。ホント。

2012年2月14日火曜日

フォーラム告知(もう20回もやってんのか)

第20回 つくば藻類・プロティストフォーラムのお知らせで~す。


日時:2月27日(月) 16:00~18:00(終了予定)

場所:総合研究棟A110公開講義室

講演者及び演題:

緑川 貴さん (気象庁気象研究所)
「気象庁の時系列観測から捉えた西部北太平洋における酸性化の実態」

土金 勇樹さん (日本女子大学・理学部・学術研究員)
「ミカヅキモを用いた種分化研究 ~性フェロモンの分子進化による生殖隔離と接合様式の進化~」

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iPod touchにGmailのAppを入れてみた。評価は散々だけど、コメントみたく落ちたりしないし、添付もできる。マルチアカウントに対応してないとかいう指摘もあるけど、複数のアカウントを使っていないので問題なし。SafariでGmailをチェックするよりきびきび動く。快適!

早く入れときゃよかった… ボスにも勧めよう。

2012年2月11日土曜日

インハイ最終日の先頭はハンパなくキモチイイ

何気に僕がロードバイクを購入したという記事がfamous articleに入っているんですよね〜。
車種とかも書いてあるから、検索とかで引っかかるんかな? と思って適当にワードを入れてブログ検索してみたけど、取り扱い店ばかりでてきて、青つどはヒットせず。う〜ん、不思議だ。


今日は、とうとう弱虫ペダルの最新刊(21巻)を買ってしまった。
この漫画は地元の漫画喫茶で1巻から16巻くらいまで読んでるし、以降は週刊チャン◯オンをほぼ欠かさずに立ち読みしているので、一応ストーリーは全部追えている。

では何故わざわざコミックスを購入したのか? それはもちろん、もう一度読みたかったアツいシーンがこの巻に収録されているからだ! 未読者のために詳細は書かないけど、週刊誌でこの回を読んだ時は叫びたくなるくらい感動した(もちろん行きつけのコンビニで奇声を発するわけにはいかないので自重したが)。その興奮は後に僕がどのメーカーのロードバイクを買うか決めるときに、大きな影響を与えたとか与えなかったとか。

ところでこの弱虫ペダルは、週刊誌のほうのでも現在インハイ最終日のゴール20km前で、毎週目が離せない展開を繰り広げている。
そこでこのインターハイを誰が制するのかを、勝手に予想してみようと思う。

・・・と、今残っている選手を挙げながら、ストーリー展開的に誰が一番にゴールするのかという誰得な文章をつらつらと書いていたが、あまりにも長くなってしまったので省略。

結論だけ書くと僕の希望混じりの予想では、真波山岳。圧倒的な強さを見せつけた箱庭学園と、来年再来年はどう戦っていくのか? みたいな展開を期待。このインターハイで弱虫ペダルが完結するなら、主人公達の総北高校が優勝してもいいかな〜と思うけどね。



おまけ:次の国内学会はロードバイク(+公共交通機関)で行けないかなぁと妄想中。

2012年2月8日水曜日

Evolution Ottawa

Systematic Biologyの年会であるEvolutionが、今年7/6-10までカナダのオタワであるようです。
Early Registrationが4/30までです。

ちなみに今年はEvolutionary Biologyの年会と共催になるよう。

去年のSMBEが自分としてはう~んな感じだったし、Phylogenyで有名な人たちはどちらかというとSMBEよりもこちらの方に多く参加しているように思うので、こちらの方にも行ってみたいですが、ISEPに行くとなるとお金が枯渇しそうで悩みどころ・・・

2012年2月7日火曜日

デュアルディスプレイ+ディスプレイ共有

どうもDebian squeezeでのXRandRを使ったデュアルディスプレイの設定がうまくいかず、ドライバ更新してもディスプレイが認識されなかったので、NVIDIA Server Settingsでディスプレイの検出+デュアルディスプレイの設定して、/etc/X11/xorg.confの上書きでうまくいきました。

こんな感じ↓













メインとサブで別々のデスクトップにしているので、移動できるのはマウスポインタだけ、ディスプレイを跨いでアプリケーションの最大化とかもできるみたいですが、今回はそこら辺は目的とは合致していないのでこの形にしました。

メインの方は切替機使ってWin PCと共有させているので、サブはそのまま、メインだけ切り替えることが可能です。

こんな感じ↓












デスクトップがカッコイイ(キリッ
ちなみに画像は落ちてたのを勝手に拾ってきました。

今回さらにUSB機器用に別に切替機も用意したので、マウスやキーボードなどとディスプレイの切り替えは別々になります。例えば上の画面でマウスとキーボードをWinからLinuxに切り替えて、サブの画面で作業することも可能です。(ただ、あらかじめサブの方にポインタを乗せておかないと、切り替えても操作できないみたいです)

ちょっと画面を切り替えるたびにボタンをカチカチしないといけないのが億劫ですが、まあ慣れるでしょ。これでWinの画面を見ながらサブでコーディングや解析などができます。デュアルブートより相当楽になりますね。

無駄ぁ!

新しいPCで無線LANの子機付けてネットワーク接続しようとしたら、IPアドレスの取得が出来ず2時間くらい悩んでいた。

で、今分かったのが、「新しい無線LAN機器を導入するときにはちゃんと申請しないとIPアドレス取らせてもらえない」ということ。


あー

何だか久しぶり

この前来たWindowsデスクトップをセットアップ中。

ついでにLinuxの方でデュアルディスプレイにして、メインディスプレイの方をWinPCを共有するようにしたいので、設定を弄くっている。どうもドライバがxrandrに対応していないようでディスプレイを認識してくれないので、新しく導入orアップデートする必要がある。

こうやってPC好きなようにPC弄くるのも久しぶりな気がする。早いところデスクの環境を整備し、もう少し残っていることを今月中に片付けて、来月からは新しいことに手を出したいね。

2012年2月5日日曜日

とてつもなく眠い

年150万円をどう使おうか、その用途・理由はどうするか。

それを延々と考えていたらいつのまにか夜が明けたでござる。

試験が終わった途端にこれだよ!

とりあえず、朝ご飯を食べて、おやすみなさいノシ

2012年2月4日土曜日

久しぶりの投稿

ブログに投稿しない期間が長かったが、ちょっと書いてみっか。年度末ということ、MちゃんのD論、修論審査、学生実験等で忙しい。例のセンター試験の監督業務もあったし。あの大問題となった試験初日はヘトヘトであった。手軽に書ける顔本にはチョクチョク書き込んでいるのだが。

年末くらいから、①I谷くんの論文が色々なところにけられすぎなので本格的にテコ入れして真核微生物学雑誌に、②Mちゃんの論文を植物研究雑誌に、③有機酸くんの論文をオネェに投稿したことを報告する。

論文①はまだ査読中、③は一昨日投稿したばかりだが、②は2週間で査読結果が返ってきた。とくに大した直しも必要なかったので、さきほど改訂版を再投稿した。さっさと片付くこと希望。

そうそう、先日復活した柳仙に行ったが楽しかった。休業前・後で気がついた違いは、TVが地デジ対応のものになっていたこと、肉じゃががメニューに加わっていたことくらいか。次回の柳仙会の日時は未定だが、煮込みを12人前頼むのは控えたいものである。

あと、kamiさまと京大との最近のやり取りを横で見ているのは楽しい。

完璧だった

用事があったので、友人の車に乗せてもらって土浦に行った。その時の話。

駅近くのコンビニに寄り、もう一度車に乗り込み駐車場から出ようとした。
そのとき、自転車に乗ってヘルメットを被った女の子(小学校3,4年くらいだと思う)が歩道を通ってやってきたので、こっちもその女の子が先に車の前を横切るよう停止したのだけど、その子は車の前を横切る前に自転車を止めて、右手を真っ直ぐぴっと伸ばし、僕らの方に向かってお辞儀をした後通り過ぎていった。



他人からすると何てことのない一場面なのかもしれないが、僕はそれを見て強い感銘を受けた。あんなに完璧に交通マナーを遵守する子供は、ここ何年も見たことが無かったのだ。

守られて然るべきものなのに、誰もがどこかでサボりを入れている。

それをせず、安全確認をきちんと実行するその子にも感心したし、(僕みたいなのがこういうことを言うのはおこがましいかもしれないが)、その子の親御さんも凄いと思った。良く躾けておられるのだろう。


自分の交通マナーを省みれば、反省するべきことがいくつもある。今日見た光景を戒めとしていかなければならない。

2012年2月2日木曜日

終わったー

面接試験も終了。

「分子系統解析の計算オーダはどのくらいですか?」と聞かれて

!?

ってなったけど、比例で済むほどやさしい問題ではないということは分かってもらえたと思う。多分。情報工学を専門としている人に分子系統解析のことを分かりやすく説明するのもまたもの凄く難しい。


結果は2週間後、2月期入試は募集6+若干名で、受験者は30人くらいいたから、倍率は3倍くらい。果たして「3人に1人」の1人になれるだろうか・・・


だけどとりあえず、ここ4ヶ月で予定していた全てのことはこれで終了した。2、3日は充電という名の無気力状態が続くだろう。・・・でも研究費の申請書類書かなきゃ。

2012年2月1日水曜日

今日は試験日

これからデュアルディグリ試験。

今日が筆記で明日が面接だ。

昨日は0時には床に就き、今朝も8時前には起きるという理想的な早寝早起きにより、「寝坊しない」という最大の難関を突破したことで精神的に余裕が出来た。

朝ご飯をゆっくりいただき、優雅に(100パック300円の激安)紅茶を啜り今に至る。


そろそろ行ってきます。