2012年1月30日月曜日

すごく・・・早いです

学振の特別研究員奨励費の応募が来た。

100万限度(特別枠で150万)で、一年間に研究費が貰えるやつだ。最近だと5,60万が相場みたいらしい。


そして、今日来た応募の締め切りが来週の月曜日。オオゥ

書くのは週末だな・・・

2012年1月25日水曜日

あいふぉん

☆昨日iPhoneを購入しました☆

が、とにかく大変...。
昨日は一日パニックでした。

メールってどうやって作成するの??
絵文字ってどこ押せば出てくるの??
どうやって電話するの??
パスコードって何??
......???

を一日かけて克服し、昨日の夜はじめて落としたアプリが

♬「なめこ栽培」♬

一定時間えさを与えて、生えてきたなめこを収穫する。その収穫量によってポイントが付き(溜まり)、そのポイントでなめこの飼育環境をグレードupでき、グレードがあがっていくと色んな種類のなめこが生えてくる!!というアプリ。
もう、すごくかわいいです★
かみかーtanも一押しのこのアプリ☆ぜひ皆さんもやってみてください!!





ガリガリガリガリ

3年間で貯めに貯めた裏紙が凄まじい勢いで無くなっていく。

線形代数、微分積分、集合論、学群生時代に一通りやっていたことが当然のごとくすっぽりと抜け落ちてしまっているので、中々もどかしい。

しかしながら時間もないので、せめて部分点は取れるよう過去問をなるべく多く解こうとやっている。
まあ半分くらい解ければ御の字だろう。面接はデュアルディグリの経験者の方々に聞いてみるとそんなにキツくはないようだし、挽回は出来るだろうと思う。

そういえば、今日集合論を解いているときに問題文に出てきたこれ→ ”<>”
アングルという記号らしいがこれの読み方やら意味やらが全く分からなかった。

自分の参考書にも載ってないし、ネットの海からも情報を得られなかったので、CCSのHPC研の方々にも聞いてみたところ、TeXのコマンドから探し出してくれた。TeX使いスゲーと思った今日この頃である。

2012年1月24日火曜日

作ったー

勉強の息抜きに、童心にかえってデカい雪だるまを作ろうと思った。

通学経路のサッカー場の近くの空き地に案外深く雪が積もっていたので、そこそこ大きいのが作れた。


見よこの美しきボデー!!

しかし、突発的な行動だったのでマフラーや帽子を持っていなかった。手袋と頭がデカすぎて入らなかったのでネックウォーマーを申し訳程度に乗せておいた。持っていたらもう少しいい身なりにしてやれたけど、すまんね。

己の信念に従い、 正しいと感じた行動をとるべし。

桃郷と憑罵を行き来する生活に若干疲れを感じております。

しかしながら、そんな生活でいろいろ縁が出来るもので、先日の日曜日に元五輪代表であり現オタクの方とお知り合いになることが出来ました。
その方はアニメ、ゲーム、漫画などのサブカル系を中心に行く行くは声優になることを目指してらっしゃるそうです。
元五輪代表ということで、つらい練習とかその競技への情熱とかは現役の時にはどうだったのかお伺いしたところ、
「やりたいことが他にあって、有名になることが近道だと思ったから、つらい練習も平気だった。」
「競技は怖いから、危ないから、うまくなるしかない。」

もともと持ってるその方のイメージと違った答でしたが、なんだか納得しました。
話の8割7分はアニメや漫画を含めたサブカルの話でしたが、なんだか人生哲学めいたものを感じられた日でした。

2012年1月23日月曜日

凄い積もったー

降雪の勢いとまらず、なあなあな感じで終わるかと思ったらかなり積もり始めて今現在も大粒の雪が降り続けている。

これは明日の朝早起きをして白銀の世界を拝み、感謝の雪玉作りをせねばなるまい。

雪ふったー

ようやくちゃんとした雪を見ることが出来た。

折角なので今日は歩いて帰ってきたが、かなり大粒の雪が降っててループの並木通りも良い雰囲気だった。

これが人気の少ない深夜だったらもっとテンション上がるのだが、残念ながら今日はお弁当を持ってきてなかったのだ。

それでも、陸上競技場に明かりが点いてて、降りしきる雪がライトに反射して凄くきれいだった。ああいう広いところだと、雪の降り方で空気の流れとかが分かって面白いんですよね。

結構な勢いなので明日の朝に期待したいが、大分雨が降ってしまって地面がべちょべちょなのであまりいい積もり方にはならんだろう。残念だ。


筑波山あたりはかなり良い感じになってると思うが、タイミングが悪い。あと一週間遅ければ良かったのに・・・

でも、とりあえず試験が終わったら登ろうかな。元旦があいにくの天気だったので、先月買った冬山登頂用具の慣らしも済んでないし。

2012年1月21日土曜日

Protist2012

ついにProtist2012のホームページが立ちあがった。

www.protist2012.org

アブストラクトの締め切りは5月1日らしい。どうせ延びるだろうけど。

張り切っていこうぜ!

2012年1月20日金曜日

new PC来た! これでかつる!

ヤトロさんに頼んでいたデスクトップPCが来た。

これでWordやイラレの自殺に頭を抱えることも無くなるんですね!? やったー!!

PC自体は@Sycom製のものを頼んだ。この業者は自分が今のところ一番信用している業者さんだ。CCSのデスクトップPCも、自宅のデスクトップも、k川さんのPCも全部@Sycomに頼んだもの。Dos/Vでパーツ選びでかなり自由がきくし、コストパフォーマンスも妥当、サービスもいい。

今回はあんまり大きいのを頼むとデスクが手狭になるので、省スペースPCを頼んだ。小っちゃくても4コア4GBでWestern Digital Greenの2TBぐらいありゃあ十分よ。SSD入れようかと思ったけど、今回は容量を選んだ。500GB程度のSSDがもうちっと手軽に手に入るように早くならんかねえ。

ついでに、こいつが来たことで今までカバーを被ったままだったデュアルディスプレイ用のモニタもやっと日の目を見るときがきた。一つはソースコードとか端末操作固定で、もう一つでPC切り替えたり論文探したり物書きしたりできる。作業環境もこれでばっちり!

早く立ち上げたい所だが、2月頭までは主に紙と鉛筆しか使わないので、もうちょっと後だね。

2012年1月17日火曜日

発表終了

修論発表は無事(?)終了。

マイクの調子が悪くて音が拾えなさそうだったので, 地声で声を張っていった。
そのせいか、どうも言葉尻が強くなって質疑応答なんかで喧嘩腰になってしまったような気もする・・・

なお、ぱりぱりのスーツに身を包んだのに、いつも使っている靴を履いてしまっていたのは内緒だ。

質疑応答ではあんまり的確な答えを簡潔に言えた感じがしなかった。あとにどんな質問がくるか考えながら、発表の制限時間内でどんなスライドを出してどんな結果を見せるべきか、編集能力の向上がまだまだ必要だと思った。

あとはさっさと修論原稿を仕上げて、デュアルディグリの試験にも備えたい。

2012年1月15日日曜日

俺のイラレがこんなに鬱病なわけがない

最近自分のMacbook proの調子が悪くなったのか、それともソフトの問題か、OSとの相性との問題か、イラレのCS5で図の作成を行っていると、必ず1回(多いときには3,4回)イラレが「予期せぬ理由が生じました」といって強制終了する。これを僕はイラレが自殺したと表現している。

前までは重いファイルを弄っているときだけ起きていたので、心の準備はできていたのだが、最近は1MB以下のファイルをテキスト編集しているだけでも簡単に命を投げ捨てるようになった。

イラレには自動的にバックアップを取る機能がないのでこまめに保存するしか対策がないのだが、うっかりそれを忘れていると大変なことになる。

そして今も、修論用に新たに作っていた図のファイルを道連れにして自殺しやがった。
軽い編集作業だから気を抜いて保存をしていなかったので、「よっしゃあとは図の番号を入れて終わりだ」というところで逝かれてしまった。

そんなにしにたいなら俺が直接引導を渡してやろうかと思うくらいのフラストレーションの溜まりっぷりである。

そしてこの問題の最も厄介な点は、こまめに保存しても、保存しようとした瞬間自殺するということである。勿論データは残らない。こまめにバックアップを取るとはこのイラレの目をもってしても見抜けなかったらしい。一体なにを予期してるんだよお前は。


Officeでも同じような症状が起こるので、多分自分のMacbook proがいかんのだろう。ヤトロさんに頼んだデスクトップPC早く来てくれんかな・・・

2012年1月11日水曜日

ニューカマー

明日、計算科学研究センターに新しいスパコン(GPUクラスタ)が導入される。

HA-PACSという名前で、昨年引退したPACS-CSの後継機。今回導入されるのはベース部分のクラスタシステムで、来年中には完成とのこと。

HA-PACSは268の計算ノード(1ノード8コア)をもち、ピーク性能は802TFLOPS(GPU : 713TFLOPS, CPU : 89TFLOPS)。

一度実物をみてみたいですね。


ちなみに、来月、うちの研究室にもラックマウント式のパーソナルクラスタが納品されます。

6ノード48コアと上にHA-PACSがあるとすんごいショボイ感じを受けまくりですが、きちんと使いこなせば、今後多大な計算時間が必要となるドライな部分(シミュレーションとか大規模系統解析とかESTのアセンブルとか)がこれまでと比べ大分効率化されると思います。システム自体も将来的に拡張できますしね。

ちなみに、この新しいクラスタ計算機の名前を募集中です。暫定案は僕が勝手に考えた

PACS-MEM (Parallel Array Computer System for Molecular Evolution of Microbes)

PACSシリーズのパクリ(笑)だし、まんまだし、ダセェと思う人はなんか考えて下さい。

2012年1月10日火曜日

ホントに降るのかよ

毎度お馴染みGoogle天気予報の「明日雪ふるふる詐欺」

明日は大きな雪だるまになっている。

毎回毎回おれがどれだけ楽しみにしてると・・・

2012年1月9日月曜日

査読帰ってきた

先月始めに再投稿した論文の査読結果が帰ってきた。

前にえむべーえーに投稿した時に帰ってきたコメントよりはかなりポジティブ。これくらいならMinor revisionだと考えていいのかなと思う。


新たにデータをとるとしたら大まかに分けて2つ。どちらも大して労力もかけずにすぐ取れると思う。

が、そのうちの一つは色々な設定が考えられてやり始めるとキリがなくなりそう(だからこそ今回の論文ではそのような解析は行わない方針でいったわけだし)。

レビュアーに納得してもらうため、最低限どのようなデータを取ればいいか、あるいは取らなくて良いか、考え中。

それと、revisionをいつまでにやれというのがメールにも雑誌のHPにも書いてないんだけど1~2ヶ月くらいは余裕あると考えていいのかしら・・・メールに再投稿する予定日を編集者に教えるようにと書いてあった。

長くほったらかす気はないけど、ちゃんと熟慮してresponse書きたいし、データ取りは別として最終的に仕上げるのは修論と試験が片付いてからになるだろうか。

5万いってんじゃん

下の投稿して気づいたけどカウンタが50000超えてた。

一日大体100ビュー(ちなみに自分のPCからのアクセスは計測に入れてない)と、別にそんなに閲覧が多いわけではないけど、カウンタが良い感じのスピードで大台を超えていくのは楽しいね。

三年後には10万は超えるかなあ。

道は長い

「疫学をやっていた頃は、分子生物学の分野にいけばもっときれいなデータを使って統計解析がやれると思っていた。でも実際は違った。分子データはもっときたなかった。」

マトリョーシカ班会議が終わり、若松原田の近くのタリーズで論文の打ち合わせをした帰り、大ボスがふっと漏らした言葉だ。


これは、自分にとっても非常に共感できる言葉だと思った。
こと分子系統解析において、(自分はまだまだ勉強不足経験不足の素人だが)、やればやるほど、解析に使用する遺伝子配列が複雑雑多なものであり、現行の解析方法が実配列を解析するのに対して如何に脆弱で頼りないものか、それから得られた結果が如何に信用ならないものであるかを痛感する。


生物学者にとっては厄介なことに、分子系統解析方法の脆弱性の問題は計算科学的なリソース・テクニックの限界と強く絡み合っている。そして、これを解決するためには新たな統計学的・計算科学的理論にもとづきプログラムを構築し、それが本当に有効な手段なのか、長い時間と多種多様なデータ解析による検証が為されなければならない。しかもそれで”正解”が得られるかどうかは究極的には分からないときたものだ。

とはいうものの、勿論実データ解析を主とする立場ではそんな長ったらしい検証など待っていられない。必要なのは分子系統解析の限界を知りつつ、(あえて悪く言うならば)適当なところで妥協し、その結果得られたものより現状何が議論できるのかを考えることだと思う。

これは自分自身にとっても、特に他の研究者と協力して研究を行う際には重要なことだ。そういう時には、端から見れば本質的でないような些細な、あるいは言ってもすぐには解決できないような方法論的問題に拘りすぎるのは、良くない。(僕はそれを忘れて頭でっかちなことを言い張ってしまうことがよくあるが・・・)

でも、それとは別に、最終的に自分が何をやりたいのかを考えたときには、とるべき姿勢も違うものになると一方では考えている。

僕は別に進化生物学者にも系統学者にもなりたいわけではない。僕がやりたいのは統計学・計算科学の分野から分子系統解析の方法論を極めることであり、そのために最も重要なことは「データを解析すること」そのものであり、適切な解析手段を追い求めることであり、その土台となる理論を突き詰めることだ。

もっといえば、「解析の結果得られたものから何が議論できるのか」ということは、解析の手段そのものより優先されることではない。結果というのはデータがもともと持っているものであり、適切な解析手段によって抽出されるものに過ぎない。結果から導かれる考察も、適切な解析手段があってこそ初めて意味をもつものであり、”付随するもの”に過ぎない。(これはまあ異論反論多々あると思うが。)

僕の好きな漫画の中に、こういう台詞がある。

「そういうやり方なんだ。”目的のためには手段を選ばず”のちょうど反対でね。」

悪くいえば方法論の奴隷だが、別にそれでいいと思っている。というか、それぐらいの気概?がないと分子系統解析の方法論は極められないと信じている。

分子系統解析を極めてそれで一体なんになんの?
それは、「そういうことを言ってくるやつが出してきた結果を根底から覆してやるような知見を生み出す”土台”を作る」ことだ。理想像だが。

・・・まあ、格好つけたことを書いているが、その姿勢だけを頑固に貫いて、それで生きていけるような力はまだ自分にはない。それだけで論文は書けない。論文を書くことも手段だと思うが、それを満足に行うための能力が決定的に足りない。

結局、中途半端になってしまうかもしれないが、今の自分にとって適当なのは、自分の理想と折り合いをつけて、データを解析することそのものに重要性は置きつつも、それだけに囚われず、「何のためにして」「どんなことを議論するのか」ということも常に意識しながらやっていくことだと思う。

何だか自分でもよくまとまらないことをぐだぐだ書いてしまった。風邪ひきさんはさっさと寝ましょう。

2012年1月1日日曜日

明けましたね

昨年は未曾有の大災害という大きな厄に見舞われた年でしたが、何とか自身の身体には大きな怪我や病気もなく、無事に乗り切ることができました。

今年自分は前厄の年なので、大晦日には地元の「戒壇院・観世音寺」 (ゆく年くる年で時々映るので、知っている人もいるやもしれませんね)で除夜の鐘をついてきました。

それでもって今日は元日早々地元の山にでも登ろうかと思っていたんですが、生憎と日本海側は天気に恵まれず、初日の出を拝むどころか日中の山登りでさえできませんでした。


なので、今は家でおとなしく修論書いてます。実家の猫によく邪魔されます。(タイミング良くCtrl+qとか押すのやめてくれないかな...)



・・・さて、博士後期課程に進学する(予定の。するけど)今年は

「一に業績、二に業績、四の五の言わずにとにかく業績」

を標語にやっていこうと思います。
僕のような学生はマグロといっしょ。止まれば死ぬだけ。体力だけはあるのだから、三年後に少しでも脂がのって旨そうに見えるために、ひたすら貪欲に疾走するべし。

結局去年は自分が第一著者の論文は出せなかったので、今投稿中の論文含め、データが溜まっているものも、一本といわず二本三本、出来得る限り業績としてまとめられるよう精進していこうと思います。

それでは、本年もよろしくお願いいたします。

2012

あけましておめでとうございます!

今年もよろしくお願いいたします!
ブログでのご挨拶で失礼しました。

研究、プライベートととも頑張っていきます。
お年玉(結果)がもらえたらいいな。

今日は上州路、明日明後日は箱根路が気になりますがやることやらねば。

ちなみに明日はラグビー学生選手権準決勝で筑波大学が登場しますよ。
現在大学最強の帝京大学に挑みます。
決勝に行ったら見に行こうかな。