2012年2月26日日曜日

strongbow

金曜日と土曜日は、茗荷谷で喧々諤々の打ち合わせ。で、そのあとブクロへ出撃して吞み会だった。

打合せで疲れたので、みな飲む飲む。途中からは、グラスが空いているかも確認せず、「生4つくらい」とか「6つくらい」とか大体で注文していたせいか、レシートを見たら生中が最終的に62杯オーダーされていた。もちろん全部空にしたけど。

で、そのあと少人数で2次会へ。つくばにいるとバーなどに行かないので、居酒屋の客引きのおにーちゃんを振り切り、バーへ。そこでなんと大好きなアップルサイダーStrongbowを発見!しかも、缶とかビンでなく、on tap。もちろん1杯飲んだ。日本で初めて見た。

「アップルサイダー」といっても、がっつりアルコールは入っている。「ハードサイダー」とも言うらしい。そんなに甘くなくむしろドライな後味で、夏とかにパティオとかで飲むと特にサイコーなんだよね。



写真見てたら、また飲みたくなってきた~

2012年2月25日土曜日

gaston準備中

先日納入されたクラスタ計算機(gaston)を、SB棟にてHPCS研の方々の協力をいただきながらセットアップ中。

業者の設定などがあまり良くなくて色々ごたつき、手伝ってくれた人にはかなり迷惑をかけてしまいましたが、何とかOSのセットアップとネットワーク設定などは終わりました。

それにしても、取り付けに5時間、ソフト面でのセットアップに5時間と、やはり小規模とはいえクラスタの導入は骨が折れますね。

でも、専門の人たちに色々と話を聞いて、クラスタのことについても理解が深まりました。ネットワークの設定なども一度やり方を教えてもらって、一通り自分でもやってみましたので、ちょっとわかってきたと思います。

現在は、OpenMPIや解析用のソフトウェアを入れればすぐに使える段階まで整備ができています。ただ、これはクラスタにログインするための自分のアカウントができてからやろうと思っています。早くて来週か、まあ遅くても3月半ばくらいには使えるようになるでしょう。


早く使いたいな~

(ちなみに、名前はいろいろ考えていたんですが、HPCS研の管理下に置かれる際、あちらの命名ルールがありましたので、この名前になりました。でも結構気に入ってます。)

2012年2月21日火曜日

高すぎじゃないですかー!やだー!

5月に統計検定の国際資格の試験があるので受けたいと思うけど、検定料高すぎ・・・

Higher Certificateの資格を得るにはモジュール6つに合格する必要があるけど、6つ受けたら3万円ですよ。国際資格はお金の面でもハードルが高いね~。

ためしに一つってのもありだとは思うけど、多分この試験は1年に一回なんですよね。まあ一気に受けてみるか。今回は勉強する時間は十分にあるし。

2012年2月20日月曜日

やっぱりCentOSなんですね

クラスタの管理OSとかはやっぱりCentOSなんですかねぇ。

Gaston(新クラスタ)のOSもCentOSを入れることになったし、これに慣れとかないといかないなあ。

近頃メジャーアップデートもあったし、今度新しい計算機買ったらCentOSを入れてみよう。

2012年2月17日金曜日

このチップも…iP●dも…オレのもの…手放さない…放したくない…

久方ぶりにラボに来たら・・・


ものすごい大量のチップが到着していた


有機酸も大喜び


しかし空き箱はたまり


Remember 3.11

倉庫はまんぱんに!

2012年2月16日木曜日

デュアルディグリ受かりました。

今日発表がありましたが、筑波大学システム情報工学研究科コンピュータサイエンス専攻に合格しました。

これでデュアルディグリプログラムの適用により、来年度から生命環境科学研究科生物科学専攻(博士後期)およびコンピュータサイエンス専攻(博士前期)に在籍し、生物学で博士、工学で修士の学位取得に臨むことになります。


いまさらですが、デュアルディグリプログラムというのは、簡単に言って博士後期課程に在籍する学生に対し、その専門分野とは異なる関連分野の学位(修士)を取得させる試みです。例えば海外では、うちでいう図書館情報メディア研究科みたいなところで、図書館情報学以外に社会学など違う分野の学議も取得するいわゆるサブジェクトライブラリアン養成システムなどがあります。

僕の場合は生物学が(実情はどうであれ)専門分野で、これに加えてさらに計算科学分野で修士をとることになります。僕は分子系統学の方法論なんていう超絶狭い分野で研究してますが、それ以外でもバイオインフォマティクスを専門とする学生にとってはうってつけのシステムではないでしょうか。

デュアルディグリでは、関連分野の博士前期課程入学試験を受けるのには検定料はいりません。また、合格した際にも、新たに入学する博士前期課程の分の授業料は必要ありません。マネーの点からいえばそこまで負担はかからないシステムですので、もしチャレンジしてみたい人がいれば、どんどん挑戦してみればいいと思います。一応生命環境科学研究科では僕が第一号みたいなので、後続のために宣伝です。


ただし、このプログラムを受けるためには、該当する博士前期課程の入試に実力で合格しなければなりません。そして受けた身から言うと、試験勉強なり何なり、全部独力でやらなければいけないので相当大変です。そして微積や線形代数・集合論や論理数学・C言語の基礎など、最低でも大学院の入試に合格する程度の知識を取得するために、自分の専門分野の研究のための時間もかなり削らなければなりません。

僕はこの試験のために正味3か月程度を費やしました。その合間には学振の準備もありましたし、自分の論文の準備もありましたし、もちろん修論もきちんとやらなければなりませんでした。どれか一つを落としても、自分の専門分野での後々を考えると非常に大きなハンディキャップを負う可能性もあり得ますので、チャレンジするのならば、この程度の負荷を負っても構わないと思うぐらいの本気が必要です。


まあ、自分の話に戻すと、これで修士の間に計画していたほぼ全てのことは達成できた感じです。
博士後期の3年間に向けて、大体理想としていたレールを引くことができました。あとはこの方向を崩さずに突っ走るだけです。勿論途中で減速したり脱線しそうになることもあるでしょうが、3年後には、自分で系統解析ソフトウェアを製作できるくらいの実力を持った人間になりたいと思います。

さあて、あとは論文のreviseだ。
立ちはだかる英語の壁に喘いでおります・・・。やっぱり英語が一番難しいですよ。ホント。

2012年2月14日火曜日

フォーラム告知(もう20回もやってんのか)

第20回 つくば藻類・プロティストフォーラムのお知らせで~す。


日時:2月27日(月) 16:00~18:00(終了予定)

場所:総合研究棟A110公開講義室

講演者及び演題:

緑川 貴さん (気象庁気象研究所)
「気象庁の時系列観測から捉えた西部北太平洋における酸性化の実態」

土金 勇樹さん (日本女子大学・理学部・学術研究員)
「ミカヅキモを用いた種分化研究 ~性フェロモンの分子進化による生殖隔離と接合様式の進化~」

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iPod touchにGmailのAppを入れてみた。評価は散々だけど、コメントみたく落ちたりしないし、添付もできる。マルチアカウントに対応してないとかいう指摘もあるけど、複数のアカウントを使っていないので問題なし。SafariでGmailをチェックするよりきびきび動く。快適!

早く入れときゃよかった… ボスにも勧めよう。

2012年2月11日土曜日

インハイ最終日の先頭はハンパなくキモチイイ

何気に僕がロードバイクを購入したという記事がfamous articleに入っているんですよね〜。
車種とかも書いてあるから、検索とかで引っかかるんかな? と思って適当にワードを入れてブログ検索してみたけど、取り扱い店ばかりでてきて、青つどはヒットせず。う〜ん、不思議だ。


今日は、とうとう弱虫ペダルの最新刊(21巻)を買ってしまった。
この漫画は地元の漫画喫茶で1巻から16巻くらいまで読んでるし、以降は週刊チャン◯オンをほぼ欠かさずに立ち読みしているので、一応ストーリーは全部追えている。

では何故わざわざコミックスを購入したのか? それはもちろん、もう一度読みたかったアツいシーンがこの巻に収録されているからだ! 未読者のために詳細は書かないけど、週刊誌でこの回を読んだ時は叫びたくなるくらい感動した(もちろん行きつけのコンビニで奇声を発するわけにはいかないので自重したが)。その興奮は後に僕がどのメーカーのロードバイクを買うか決めるときに、大きな影響を与えたとか与えなかったとか。

ところでこの弱虫ペダルは、週刊誌のほうのでも現在インハイ最終日のゴール20km前で、毎週目が離せない展開を繰り広げている。
そこでこのインターハイを誰が制するのかを、勝手に予想してみようと思う。

・・・と、今残っている選手を挙げながら、ストーリー展開的に誰が一番にゴールするのかという誰得な文章をつらつらと書いていたが、あまりにも長くなってしまったので省略。

結論だけ書くと僕の希望混じりの予想では、真波山岳。圧倒的な強さを見せつけた箱庭学園と、来年再来年はどう戦っていくのか? みたいな展開を期待。このインターハイで弱虫ペダルが完結するなら、主人公達の総北高校が優勝してもいいかな〜と思うけどね。



おまけ:次の国内学会はロードバイク(+公共交通機関)で行けないかなぁと妄想中。

2012年2月8日水曜日

Evolution Ottawa

Systematic Biologyの年会であるEvolutionが、今年7/6-10までカナダのオタワであるようです。
Early Registrationが4/30までです。

ちなみに今年はEvolutionary Biologyの年会と共催になるよう。

去年のSMBEが自分としてはう~んな感じだったし、Phylogenyで有名な人たちはどちらかというとSMBEよりもこちらの方に多く参加しているように思うので、こちらの方にも行ってみたいですが、ISEPに行くとなるとお金が枯渇しそうで悩みどころ・・・

2012年2月7日火曜日

デュアルディスプレイ+ディスプレイ共有

どうもDebian squeezeでのXRandRを使ったデュアルディスプレイの設定がうまくいかず、ドライバ更新してもディスプレイが認識されなかったので、NVIDIA Server Settingsでディスプレイの検出+デュアルディスプレイの設定して、/etc/X11/xorg.confの上書きでうまくいきました。

こんな感じ↓













メインとサブで別々のデスクトップにしているので、移動できるのはマウスポインタだけ、ディスプレイを跨いでアプリケーションの最大化とかもできるみたいですが、今回はそこら辺は目的とは合致していないのでこの形にしました。

メインの方は切替機使ってWin PCと共有させているので、サブはそのまま、メインだけ切り替えることが可能です。

こんな感じ↓












デスクトップがカッコイイ(キリッ
ちなみに画像は落ちてたのを勝手に拾ってきました。

今回さらにUSB機器用に別に切替機も用意したので、マウスやキーボードなどとディスプレイの切り替えは別々になります。例えば上の画面でマウスとキーボードをWinからLinuxに切り替えて、サブの画面で作業することも可能です。(ただ、あらかじめサブの方にポインタを乗せておかないと、切り替えても操作できないみたいです)

ちょっと画面を切り替えるたびにボタンをカチカチしないといけないのが億劫ですが、まあ慣れるでしょ。これでWinの画面を見ながらサブでコーディングや解析などができます。デュアルブートより相当楽になりますね。

無駄ぁ!

新しいPCで無線LANの子機付けてネットワーク接続しようとしたら、IPアドレスの取得が出来ず2時間くらい悩んでいた。

で、今分かったのが、「新しい無線LAN機器を導入するときにはちゃんと申請しないとIPアドレス取らせてもらえない」ということ。


あー

何だか久しぶり

この前来たWindowsデスクトップをセットアップ中。

ついでにLinuxの方でデュアルディスプレイにして、メインディスプレイの方をWinPCを共有するようにしたいので、設定を弄くっている。どうもドライバがxrandrに対応していないようでディスプレイを認識してくれないので、新しく導入orアップデートする必要がある。

こうやってPC好きなようにPC弄くるのも久しぶりな気がする。早いところデスクの環境を整備し、もう少し残っていることを今月中に片付けて、来月からは新しいことに手を出したいね。

2012年2月5日日曜日

とてつもなく眠い

年150万円をどう使おうか、その用途・理由はどうするか。

それを延々と考えていたらいつのまにか夜が明けたでござる。

試験が終わった途端にこれだよ!

とりあえず、朝ご飯を食べて、おやすみなさいノシ

2012年2月4日土曜日

久しぶりの投稿

ブログに投稿しない期間が長かったが、ちょっと書いてみっか。年度末ということ、MちゃんのD論、修論審査、学生実験等で忙しい。例のセンター試験の監督業務もあったし。あの大問題となった試験初日はヘトヘトであった。手軽に書ける顔本にはチョクチョク書き込んでいるのだが。

年末くらいから、①I谷くんの論文が色々なところにけられすぎなので本格的にテコ入れして真核微生物学雑誌に、②Mちゃんの論文を植物研究雑誌に、③有機酸くんの論文をオネェに投稿したことを報告する。

論文①はまだ査読中、③は一昨日投稿したばかりだが、②は2週間で査読結果が返ってきた。とくに大した直しも必要なかったので、さきほど改訂版を再投稿した。さっさと片付くこと希望。

そうそう、先日復活した柳仙に行ったが楽しかった。休業前・後で気がついた違いは、TVが地デジ対応のものになっていたこと、肉じゃががメニューに加わっていたことくらいか。次回の柳仙会の日時は未定だが、煮込みを12人前頼むのは控えたいものである。

あと、kamiさまと京大との最近のやり取りを横で見ているのは楽しい。

完璧だった

用事があったので、友人の車に乗せてもらって土浦に行った。その時の話。

駅近くのコンビニに寄り、もう一度車に乗り込み駐車場から出ようとした。
そのとき、自転車に乗ってヘルメットを被った女の子(小学校3,4年くらいだと思う)が歩道を通ってやってきたので、こっちもその女の子が先に車の前を横切るよう停止したのだけど、その子は車の前を横切る前に自転車を止めて、右手を真っ直ぐぴっと伸ばし、僕らの方に向かってお辞儀をした後通り過ぎていった。



他人からすると何てことのない一場面なのかもしれないが、僕はそれを見て強い感銘を受けた。あんなに完璧に交通マナーを遵守する子供は、ここ何年も見たことが無かったのだ。

守られて然るべきものなのに、誰もがどこかでサボりを入れている。

それをせず、安全確認をきちんと実行するその子にも感心したし、(僕みたいなのがこういうことを言うのはおこがましいかもしれないが)、その子の親御さんも凄いと思った。良く躾けておられるのだろう。


自分の交通マナーを省みれば、反省するべきことがいくつもある。今日見た光景を戒めとしていかなければならない。

2012年2月2日木曜日

終わったー

面接試験も終了。

「分子系統解析の計算オーダはどのくらいですか?」と聞かれて

!?

ってなったけど、比例で済むほどやさしい問題ではないということは分かってもらえたと思う。多分。情報工学を専門としている人に分子系統解析のことを分かりやすく説明するのもまたもの凄く難しい。


結果は2週間後、2月期入試は募集6+若干名で、受験者は30人くらいいたから、倍率は3倍くらい。果たして「3人に1人」の1人になれるだろうか・・・


だけどとりあえず、ここ4ヶ月で予定していた全てのことはこれで終了した。2、3日は充電という名の無気力状態が続くだろう。・・・でも研究費の申請書類書かなきゃ。

2012年2月1日水曜日

今日は試験日

これからデュアルディグリ試験。

今日が筆記で明日が面接だ。

昨日は0時には床に就き、今朝も8時前には起きるという理想的な早寝早起きにより、「寝坊しない」という最大の難関を突破したことで精神的に余裕が出来た。

朝ご飯をゆっくりいただき、優雅に(100パック300円の激安)紅茶を啜り今に至る。


そろそろ行ってきます。