2012年3月31日土曜日

新年度始まりますね

さてさて、ボヤボヤしているうちに私ももうM2になってしまいます。早いものですねぇ。

年度の変わり目なのでここ一週間くらいはラボ(D308)やオフィス(生農B棟3階のアレ。部屋番号は1年通ってますが知りません)に来る人が極端に少なく、少人数の雰囲気を楽しんでいました。特にオフィスでは旧K松崎先輩の社長席に引っ越したので、独りでいるときの空間の独占っぷりはなかなか贅沢なものでした。

もちろんそんな時間が長く続くはずも無く、月曜からは正式に2 out 4 inで我々MEMラボは都合2名の増員になり、一気にスペースが枯渇してしまいます。

済まぬ就活組よ、君たちのオフィススペースは暫定的にですが新入生に使ってもらいます。たまに訪れたりすると自分の席が占有されていて切なくなるかもしれないが、我慢してくれい。今年度はMEMだけで院生室を1部屋貰えることを祈るばかりです。

新入生受け入れ準備の一貫として、金曜に8階で眠っていたPCRマシンの封印を解きました。これでラボには計5台のPCRマシンが並びます。それでもkami様と僕が同時にRCAをやったりすると結構大変なことになりそうです。なにか調整する方法を考えないといけないかもしれませんね。PCRマシンよりも、2台しかない遠心機のほうがボトルネックかも知れませんが。

4月からは学生ヒエラルキーが最下位だったY崎と私もウェット組の中ではいきなりトップに踊り出ることになります。気楽に議論(というか質問?)をすることができた先輩達が抜けて、今後は自分たちが後輩にとってそういう存在になっていかねばならない考えるとかなり不安ですが、きちんと振る舞えるように精進して行きたいと思います。

ウェットラボのだけでなくゼミも大変になりますね、と思いましたが、これは5 out 6 inなので増員は1名のみ。回す人数が増えるので 、どうしても頻度は上がってしまいますが。今年度はどんな迷言が生まれるのか、これは楽しみの1つですね(笑)。

おまけ:珍しくラボのことを書きましたが、ロードバイクは週1ペースで乗っていて、そろそろ1000kmを突破します。乗りこんでいる市民ライダーなら一ヶ月で達成するので、全然大した距離ではありませんけど。だいぶ暖かくなって来たので回数を増やして、もっとガツガツ乗りたいところですね。

2012年3月30日金曜日

いろんな人とお別れ

3月であるのと、今年は自分も修了の年であるので、多くの同期が卒業し次の道に進んでいくということもあり、お別れする人が多かった。

自分の研究室周りでも、釣り仲間は一人山形行っちゃったし、k松崎さんは卒業・就職してもう怪獣トークできないしで、ちょっと寂しくなる(M本さんは すぐ かつ よく 会いそうな気がする)。


ここ数日は旅立っていく同期と休日最後に遊んだり、引っ越しと片付けの手伝いをしたりした。
 まあ、今までMtGとかして遊んでた友達も、これからもトーナメントとかでよく会いそうだけど・・・

そして、今日は大学院の事務の人が異動になるとのことなのでご挨拶に伺った。学振の書類の面倒を見てもらったし、旅費の振込関係のごたごたでもよく助けてくれたので、大変お世話になった(あと○○しぇんしぇいの名付け主でもあるようだ。茶目っ気のある人だ)。


これで、大体のお別れの儀は終わった感じ。学群を卒業し大学院に進んだ時と同じく一抹の寂しさはあるが、そうもいってはいられない。

4月からは生物だけでなくCSのことも本格的にやることになり、さっそく来週にはあちらのミーティングで並列化する系統解析プログラムのフローチャートを作らなくてはならないのだ・・・ムズカシー

2012年3月26日月曜日

アクセプトキター!!

本日、再投稿してた論文がEvolutionary Bioinformaticsに受理されました。

3月中にアクセプトになってほしいなーと思ってましたが、思いの外decisionが早かったです。EBは投稿の仕方も簡単だし、reviewも一ヶ月で帰ってきたし、色々早くて良い雑誌です(他の雑誌がどうか知りませんがw)

今回受理された論文は4年生からM1くらいまでメインにやっていたシミュレーションの結果をまとめたもので、D1になる前に修士の結果を論文として世に出すことが出来て嬉しい限りです。

それでもまだまだ、”自分の研究成果”としては1本目、数は全然足りません。
投稿中のも帰ってきたらさっさと直したいし、修士の間貯めたデータだけでも、あと2本はいけるはず!!


・・・と意気込んではいますが、今は別のことに手間を取られています。
部活のOB会誌。僕はその編集者になってしまっているので、現在原稿の整形などに悪戦苦闘しています。

毎年3月末から4月頭はいつもこれがあってげんなりする。ただでさえ花粉症でやる気が著しく低下しているというのにもう・・・

2012年3月24日土曜日

卒業できました!

昨日、無事卒業式を終えて学位記をいただきました。
筑波に来てはや5年。色々な事がありました。
あんなことやこんなこと。思い出したくない思い出や、思い出したくない思い出。そして、二度と思い出したくない思い出、、、、勉学関係でなくてね。

5年って今思うとすんごく早かった。

M1:筑波に入学して、学生宿舎に入ってしまい、苦手な近所付き合いをどうやって拒否しようかを毎日ひたすら考えてた。どちらも坊主なYaぶきさんと、Yuぶきさんの違いが全然判らなかった。今では伝説となっているJSEPの悲劇が起こった年でもある。学会がトラウマになる。そして、学校辞めようかと真剣に悩み、あと一歩で辞めてた夏。

M2:M卒業で就職しようとしたが、全滅して茨の道に足を踏み入れることになった。YI&RK先生のおかげで学振に受かって、今後の人生がどうなろうがドンと来い!!と腹をくくる。

D1:Dになって、始めての論文書きでてんやわんやになってた。実験ばっかりしてたのでDゴンに怒られ、実験禁止令が出てひたすら論文書きの仕事のみを行う日々へと進んでいく。このころのDゴンはいつも体からトゲが出ていてすんごく怖かった。

D2:ここがなんか空白。なんかあったのか!?実験した記憶が無い。
国際学会での初口頭発表デビュー。発表中にプロジェクターが故障すると言うトラブルが発生。スタッフの人が色々修理してくれている間、なんか喋ってた。それで笑(苦笑じゃなくて)が起こったのでよしとする。
2回目の国際学会口頭発表。またしても発表中にプロジェクターが故障するというハプニング。どうやら、プロジェクターの呪いがかかっている模様。北極圏はめっちゃ寒かった。そして、一番おいしかった料理はケバブ@ノルウェー。ここで、来年度からのボスと運命的な出会いをする。たまたま同じホテルに泊まってて、朝食をご一緒させてもらってました。

D3:一番早かった。怒涛のように過ぎて行った。学振の書類が終わり、3本目の論文でもたつき久しぶりにめっちゃ怒られwith Euki、予備審査発表練習でズタボロの発表をしたり、FKshにちっちぇー男だなと罵られたり、学振落ちたと報告したら「おめでと~~!!」と言われたり、D論なんとか形にしたり、とかなんとかで無事に学位記をもらえた。

ちなみに昨夜は、Eukiと2時までカラオケ。一発目にあべまの「ふりぃ」をうたってしまい喉をつぶす。

そんなこんなでこんな5年間でした。(一部のプライベートな事情は省略)

Hッシー先生や、Y司先生、I田先生、Dゴンしぇんしぇぃ。には感謝でいっぱいです。
いっぱい怒られて泣きそうになったことも何度かありましたが、おかげ様で楽しく筑波での生活を終えることが出来ました。

来年度からの目標は、Dゴンに真っ向から立ち向かい勝負すること!!

明日の朝、筑波を旅立ちます。



寂しさで涙が出てしまい、目の前がかすんだために、ボスのwebページがよく見えなかった。

僕の名前が間違ってる、、、

2012年3月21日水曜日

再投稿した

1月頃査読が返ってきたシミュレーション解析の論文のrevisionを、今日EBに再投稿しました。

初めてのrevisionだったので、reviewerが何を言いたいのかそもそも良くわからなかったり、反論する場合はどう”英語で”反論すればいいか難しかったりしました。あとは自分の書いたCover Letterを見返してみると、reviewerに対してnegativeというか明らかに説明不足だったり。

そこのあたりをうまく修正していただいた先生方に感謝です。


投稿先のHPではdecisionは通常7日以内に返ってくるみたいなので、D1になる前に、修士の研究成果が論文として受理されて欲しいですね。


・・・そういえば、もう一つ投稿してる方はどうなってるのだろう。大体2か月は経ってるからそろそろお返事が来てもいいかなとは思いますが、でも投稿したのが投稿したのだしねえ。忘れたころにやってくるだろうという感じでゆっくり待ってますか。

2012年3月15日木曜日

やっと終わった

Gastonセットアップ完了。

思っていたよりだいぶ上手くいかなくて長くかかってしまったが、これで何とか、実戦投入できるようになった。今日は常識的な時間に眠れそうでとてもうれしい(涙)


MPICH2を入れたところまでは良かった。TORQUEもすんなり導入できた。

が、いざRAxMLを入れてみるとちゃんと動いてくれなくて、この改善に約一日取られてしまった。

7.2.8 (多分.6も)のMPIバージョンだと、ブートストラップ解析ではたとえば48プロセスで100replicatesの解析をしようとすると、プログラムのアウトプットではちゃんと「100repsやってますぜ」って表示が出るのに、結果では144本の樹が吐き出されている。なので、ブートストラップ解析が144回行われている。

48 * 3 = 144なので、どうもRAxMLのMPI版はブートストラップデータをMPIの各プロセスに分けて、プロセスごとに一つのML探索をやらせているらしく、replicateの数がプロセス数でちょうど割り切れないときには余ったプロセスが待機しているのではなく、余分に解析をやってしまっているらしい。

もっと困るのはML探索の時で、 10本の初期系統樹を指定して48プロセスで解析すると、なんと48本の探索結果がでてきてしまう。これも原因は上に記したMPIバージョンの挙動にあると思われる。

MPICH2でもOpenMPIでも同じだったので、ソースコードのどこかに問題があると思うが、チェックする気力も知識もなかったので、RAxML-Lightを入れた。

まあ一本の自前の初期系統樹からしか探索が行えないといっても、そんなのは(作者もマニュアルで再三言ってるが)スクリプトを書けば何とでもなるので、Lightでいいやと思っていたのだが、Lightを導入すると今度はMPIの通信でバグる。何で!?姫野ベンチはちゃんと動いたのに!?


この問題にも散々っぱら振り回されたわけだが、結局、Lightの”最新版1.0.6”固有のバグだったらしく、1.0.5にしたらちゃんと動いた。これのせいでMPICH2をOpenMPIに変えたり無駄なことしてしまったわけですよチキショー

まあ、いろいろあったけど 、これで無事Gastonも解析現場に仲間入りです。力強い仲間が増えました。

これからは馬車馬のようにきりきり働いてもらいましょう。

2012年3月13日火曜日

メモ:LZHファイルを解凍するために

LZH形式で圧縮されているファイルを解凍するためには

$ lha -e ***

というコマンドがいりますが、CentOSではデフォルトではこれが入っておらず、yumでも取ってこれない。

でも、wgetでソースコードを取ってくることができるようである。

# wget http://iij.dl.sourceforge.jp/lha/22231/lha-1.14i-ac20050924p1.tar.gz
# tar zxvf lha-1.14i-ac20050924p1.tar.gz
# cd lha-1.14i-ac20050924p1
# ./configure && make && make install

こうすればいい。

やっとこさMPIが

ようやく、GastonでMPICH2でmpdbootが通るようになった。

”invalid port info”やら

”failed to connect to mpd on ****”やら

色々エラーに苛まれたが、何とかmpdtraceで全ノードのホスト名が出てくるところまできた。最後のエラーは結局の所ファイアウォールを停止してなかったからという何ともおマヌケな原因で引っかかっていたっぽいが、ともかくこれでMPIの導入はほぼ完了しただろう。

あとは姫野ベンチでも動かして動作確認、んでRAxMLとmpiBLASTでも入れておきましょう。

ただ、やっぱTORQUEとかのJMSも入れておいた方がいいんだろうなあ。多分この程度の規模のクラスタで複数のジョブを同時に管理するようなことはないと思うけど、一応勉強もかねて入れておくか。。。


すんなりいけば日が変わるまでには帰れると思う。が、その前に腹ごしらえ。晩ご飯食べてないのでお腹が減った。

2012年3月8日木曜日

Taxon sampling が系統解析に与える影響

Sys. Biol.の最新号にこんな論文が。

http://sysbio.oxfordjournals.org/content/61/2/337.abstract

lastにT大のK野先生が入ってる。前にSeo and Kishino 2009の論文も読みましたが、結構分子系統解析の方法論的研究にも興味を持っておられるんでしょうか。

一度お会いしたいものです。

2012年3月7日水曜日

できたあああああ

ひゃああああああちゃんと動いたあああああああああ!!!!!!

(mpiBLASTのインストールと実行が上手くいったのですごく喜んでいます)

ブレビスのESTデータをテスト解析用のqueryとし、non-redundant なたんぱく質データベースを対象としたblastxを行いましたが、ちゃんと解析が終了しました。

同じように、estデータやミトコンの塩基、タンパク質を対象とし、blastnやtblastxなども掛けられるでしょう。

ああ、やっと終わった・・・

一日ちょっとで出来るだろうと思っていましたが、結構時間が掛かりました。

 あとは、解析のやりかたを誰かに教えるか、簡単なメモを作っておきましょう。


残りはgastonのセットアップ(色々あってまだ終わってない)と、自分のラップトップなどのセットアップです。こういうのは別に嫌いではないですが、連続ですることが溜まるとさすがに疲れますね〜

2012年3月6日火曜日

半分終わった

双子アップデートと、mpiBLASTのインストールまで終わった。

SUSE12.1にしたのでGNOME3に”なってしまった”わけだが、相変わらずこの無駄なオシャレ具合は気に入りませんね。

あくてぃびてぃ(笑)とか、ファイルマネージャのUIがところどころ変わってたりとか、解析用マシンにそんなもんはいらんのであって、イモ臭く古臭くあればよいのですよ。

まあ、そんなこといったらSUSEなんか入れんでGentooとかDebianにしたり、リモートログインで端末操作だけするようにしとけよ、という話なんですが・・・

あと、更新自体にもかなり時間が掛かってしまった。ミラー使おうが何しようがどうしてもリポジトリにアクセスできなくて、zypperではなくDVDでアップグレードしないといけなかったり。片方はすんなりいったんですけどねえ・・・


やっぱりLinuxのディストロはメジャーどころ(=いろんなトラブルに対する解決策がネット上に散らばっている)一つに絞って、システムの深いところまで知っておく必要があると思いました。


明日はmpiBLASTのテスト解析。多分すんなりいってくれるはず。多分。

共有ストレージやローカルストレージの設定があるけど、many coreの計算機一台で走らせるだけなのでそこらへん適当にやれば走りそうな気はするけど、どうでしょうねえ。

2012年3月4日日曜日

休日の夜のCCSは非常に居心地がいい

最近、1,2週間に一回ほど、自分への褒美?として夕食は「ふくむら」の定食をいただきます。

一食大体1000円とかなり高い(自分の2日分の食費)ですが、その分文句なしに美味しいんですよね。特に焼き魚。
今までで一番気に入ったのが、初めて行ったときに日替わり定食で出た小鯵のから揚げ。あとこの前食べたカツオのカツも美味しかったなあ。

今日はイワシを食べようとしたけど、生憎と材料が切れていたので、まだ食べたことがなかったのもあって鶏のから揚げ定食をいただきました。魚と比べると若干見劣り(舌劣り?)しますが、それでも十分満足できました。いつか、一食1500円のメバルの塩焼きやキンキの煮つけなどを食してみたいものです。


夕食の後は、CCSへ。あんまり夜型になってはいけないなとは思っているんですが(既になっちゃっているので改善しないといけない)、休日の夜、人の殆どいないCCSの自分のデスクで、好きな音楽を聴きながらまったりと作業をするのが好きなのです。

今日は、事務から送られてきた「学振面接に関するアンケート」をまだ書いていなかったので、双子アップデート用のDVDを焼く時間に回答しました。
なんか学振に応募する人用の資料にするみたいですが、去年はありませんでしたよ。今年からかな?
それとも自分がよく探していなかっただけか・・・

面接内容について具体的に、とありましたが、4か月前くらいのことで、それからいろんなこともあったので、あんまり細かいことは書けませんでした。

覚えているのは、研究計画の中の「具体的な研究方法」については特に何も聞かれなかったことですかね。自分の奴は要約すると「ESTして系統解析するぜ!」しかないので、そこんところにあまり馴染みのない面接官に当たったか、そもそもそういうマイナーなポイントは聞かれないのか、どちらかだったんだと思います。

ただ、その代わり研究の動機、「何でこの生物を対象とするのか」とか、自分の研究のゴールのさらにその先、発展部分についてかなり突っ込まれた印象があります。


「で、一般的にいってこの研究、どうなん?どんな意味あるの?」みたいなことを聞かれましたが、この”一般的に”っていうのが曲者で、短い質疑応答の中で(それも質疑の最後の質問で)それを聞かれると、考えが纏まらず詰まってしまいそうになります。さらに質問する人によって”一般的”ということの価値観も違うので、これは事前に色々な角度からの質問に耐えられるよう準備する必要があります。僕は面接の中で出た咄嗟の思い付きも含めて、なんか取り繕うように言ってしまった感じもありましたが・・・

という感じのことを書きました。



なんか、先週から奨学金免除の書類とか、書類手続きと計算機のセットアップ関係の作業などにかなり追われていましたが、これで事務的なことは大体終わった感じですかね。あとは双子をアップデートして、自分の計算機のOSも変えたりすれば、新しいことを始められそうです。(ああ、EverNoteとかも導入しないといけなかったそういえば)


ちょっと一段落したので、残りの時間で久しぶりにナチュレのPerspectiveを読んでみました。

http://www.nature.com/nature/journal/v482/n7386/fp/nature10836_ja.html

計算機使った解析系の論文出すならソースコードの公開も義務付けないとダメ!
ていう主張です。

まあ、新しく作ったソフトウェアとかならソースコードは誰もが見られるようオープンにするべきですし、解析系の論文でもデータの再現性を保証するのは第一にはプログラムのソースコードなわけですから、ソースコードは必ず各段階でのバージョンを保持し、レフェリーからの要求なども含め、誰から要求されてもすぐにソースコードを渡せるようにするべきです。

ただ、すべてのソースコードは予めだれもが見られるように白日の下に晒されるように”義務付けられなければならない”というのであれば、それはちょっと面倒だなと思います。

例えば、そのプログラムの中には次の研究、その次の研究と使えるようなテクニック・アイデアが含まれており、それをあまり積極的に他人には見せたくないな、という場合。その部分を抜かしてもプログラムが成立し、データも変わらないのならいいのですが、そうであっても長いプログラムを公開するためだけに編集するのは面倒です。

あとは、自分のようなまだプログラミングの技術が未熟なものに多いと思いますが、一つのデータを取る一つのプロトコールが何個ものプログラムに分かれ、それらを正しい順番で動かさなければならないという場合。よほど綿密に計画してプログラムを書かない限り(あるいはそれが”仕事”でもない限り)、 自分の解析のためだけのプログラムを他人にも分かりやすく作るのはかなり手間がかかるのです。いや、本当はそうあるべきなんですが。

まあこれらの問題は製作者が気を付ければいいだけの話かもしれませんが、ソースコードの公開をしなくてもいい”例外”というのは、案外多い方がいいのかもしれません。

2012年3月3日土曜日

ついに仏像まで動く

リボルテックで仏像シリーズが作られているのは知ってましたけど、ちょっと調べたら続々と新商品が発売されておる。ナニコレ

http://www.kaiyodo.co.jp/revoltech/takeya.html#takeya01

3,800円にしてはディティールもむちゃくちゃ凝ってますね。あとはジョイントも。

阿修羅だと可動部位33か所だそうです。・・・33か所!?


あほちゃうか(褒)
阿修羅像で荒ぶる鷹のポーズ! とか出来たりするんでしょうかねえ。


極彩色の彩色も良い味出してます。色合いなどは文献かなんか、あるいは現存する仏像からの再現なんでしょうか。光沢を抑え、ちょっとすすけた感じを出してるのもいいですね。


といっても、個人的にはそこまで購買意欲をくすぐられるものではないんですが。
これならば同シリーズの特撮系(大魔神とかエイリアンクィーンとかアンギラスとか)や、Su37-UBやバラライカの方が欲しかったりします。

とはいえ、さすが業界大手の海洋堂。2000年に入り、最近までは人間のキャラクター路線が強かったように思ってましたが、自分の好きな分野にもまた注力し始めてくれたようでうれしく思います。

この調子でガレキも作ってくんないかなあ。そっちの方はエクスプラスとかが最近クオリティの高いものをバンバン出してますから、難しいかもしれないですが、この仏像のガレキやったら洒落で買ってもよいw

2012年3月2日金曜日

どおりで

双子のSUSE11.3だけど、アップデートしようとしたらリポジトリが取得できなかった。

久しぶりにSUSEのHP覗いたら、もう12.1が出てるではありませんか。

そして11.3のサポートは1月に終了しちゃってるではありませんか。

SUSE入れ替えが早すぎ。。。双子みたいな解析用のマシンのOSはそんなにバカバカ更新してくれなくてもいいんですけどね。システムやらUIやら変わると面倒やし。


とりあえず早いとこアップグレードしとこ。
Peggyも最近モッサリ感が顕著になってきた。結構ハードな使い方をしてきたのもあるけど、多分いらんパッケージ詰め込みすぎてるんだろうと思う。今はちょうど解析の切れ目だし、バックアップとって違うOS入れてみようかなあ。