2012年3月13日火曜日

やっとこさMPIが

ようやく、GastonでMPICH2でmpdbootが通るようになった。

”invalid port info”やら

”failed to connect to mpd on ****”やら

色々エラーに苛まれたが、何とかmpdtraceで全ノードのホスト名が出てくるところまできた。最後のエラーは結局の所ファイアウォールを停止してなかったからという何ともおマヌケな原因で引っかかっていたっぽいが、ともかくこれでMPIの導入はほぼ完了しただろう。

あとは姫野ベンチでも動かして動作確認、んでRAxMLとmpiBLASTでも入れておきましょう。

ただ、やっぱTORQUEとかのJMSも入れておいた方がいいんだろうなあ。多分この程度の規模のクラスタで複数のジョブを同時に管理するようなことはないと思うけど、一応勉強もかねて入れておくか。。。


すんなりいけば日が変わるまでには帰れると思う。が、その前に腹ごしらえ。晩ご飯食べてないのでお腹が減った。

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