2012年4月28日土曜日

6万突破!

このブログのカウンターのお話です。

それはさておき、私め僭越ながら、この度なんとProtist 2012 のTravel awardを受賞してしまいました!

しかししかしabstractで書いた実験が、実は現在暗礁に乗り上げていたりします。

applicationも「これ上手くいかなかったらキマリ悪いよなぁ」とか思いながら提出したのですが・・・

恐れていたことが起きてしまったぜ! ひゃっはあ!!

とっかかりを掴むべく、連休二日目ですが明日から実験に勤しむことにします。とにかくデータを出さなければ。

筑波8耐へのエントリーを我慢しておいて良かったぜい。

おまけ:ちなみに今日はサークルの新歓について大洗水族館に行ってきました(ロードバイクではないよ)。途中で寄った那珂湊の生ガキや寿司は最高でした。満足

2012年4月25日水曜日

むねわる~

どうも昨日の半徹夜が効いたのか、柳仙会終わって家に帰ったあたりから気持ち悪くなってしまいました。そのあと1時間くらいトイレで悪戦苦闘。ぐえー

ようやく調子も戻ってきたので、シャワーを浴びて一息つき、最近暇なときにやっている風神録で一番好きな曲である「明日ハレの日、ケの昨日」を聴いて精神的にも回復。

好きな曲を何にも邪魔されずに聴いていると、耳が幸せです。「耳が幸せ」っていうのは他人が言っていた言葉の流用ですが、これも言ってて気持ちの良い言葉です。

そういえば、この曲名にあるハレ、ケですが、これらは民俗学用語で

ハレ(晴れ)=儀礼や祭、年中行事などの非日常、めでたいこと(Ex. 晴れの舞台とか)
ケ(褻)=普段の生活である日常

だそうです(Wikipedia)。

それでもって、一説にはこれら二つの他、「ケガレ」という言葉もあり、日常生活を営むためのケのエネルギーが枯渇するのが「ケガレ(褻・枯れ)」だそうです(これもWikipedia)。

「ハレ」と「ケ」と「ケガレ」は循環する概念で、「ケガレ」は「ハレ」の祭事を通じて回復するという考え方もあります。

曲名と絡めていえば、「今日はいつもより良くないことがあった一日だったけど、明日はめでたいことがあるといいね」って感じですかね。

例え悪いことがあったとしても、「明日は良いことがありますよう」とか「明日はもっといい一日にしよう」とか思って眠りにつくことが出来れば、幸せなことなのかもしれません。まあ結構難しいことでしょうけど。

ということで、もう眠いので明日のために寝ましょう。もう日付はとっくに変わっているんですがね。。。

2012年4月19日木曜日

LG&MtZoa入りMrBayes3.2

自分の解析で使いたかったので、MrBayes3.2でデフォルトでLG,MtZoaを使えるようにしました。マニュアルによると自前の置換マトリックスをNEXUSファイルに組み込めば使えるらしいですか、そんなん面倒くさいのでソースコードいじって初めからモデルが使えるようにしました。

本当はちゃんとLG,MtZoa用の配列やらなんやらを新しく作らないといけないんですが、今あんまり時間が無いので、とりあえず滅多に使わないであろうJones, VTモデルの中身をLG,MtZoaに入れ替えるという方針をとりました。

ソースコードではmodel.cで置換モデルのrateを配列に格納しているので、この部分を改変。新しく作ったmodel.cを元々のファイルと置き換えて、そのままコンパイルすることでJones->LG, VT->MtZoaのmbが生成されます。

改変したmodel.cはwikiに置いておきますので、使いたいひとはダウンロードして適当に自分のマシンに入れてください。

https://sites.google.com/site/memwiki/tips/keitou-kankei-sofutou-ea/jisaku

申請の嵐

一日に3つも4つも申請書書かなきゃいけないじゃないですかーやだー

しかもサイン貰いに生農棟行っても先生いないじゃないですかーいやー

2012年4月18日水曜日

ものには、全て名前がある

つまり論文を世に出すということも、そういうことなんじゃないかと思います。

というわけで、Kami様と不肖私が共同筆頭著者となる論文がおねぇに掲載決定しました! ひゃっほう!!

僕にとってはこれが最初の一歩ということになります。

二歩目、三歩目が踏み出せるように、今後も精進に努めたいと思います。


なんか嬉し過ぎてホイールでも新調したい気分ですが、それはさすがにやり過ぎなので(今は)自重。いずれどうせ買うことになると思いますが、、ちゃんとお金を貯めてイイモノを買ったほうが後悔しないし。

ツールドつくばには鉄下駄と呼ばれる(?)某なんちゃら7で挑むことになるのは気がかりですが、まぁそれはそれで頑張ってみるという方針で。


おまけ:でもタイヤだけ軽いものに履き替えてみるとかはありかなwww

2012年4月15日日曜日

不可能を――― なんとかする! のがマンガ家!!

マンガ家じゃないですけど、何とかなったので滞っていた実験やら何やらに明日から復帰します。

皆様、ご迷惑、ご心配をおかけしました。

おちこんだりもしたけれど、私はげんきです。

MendeleyとEver(Nix)note

やろうやろうと思って中々できなかったが、漸く電子媒体の書類・論文の管理体系としてMendeleyとEvernote(LinuxではNixnote)を導入した。

Evernoteの方はウェブページのスクリーンショットみたいなのをワンポチで保存、Mendeleyの方もEndnoteなどのようにPubmedやBiomedから論文の情報を取り込める機能をブラウザに組み込むことができるのでかなり便利。

ちょっとしたメモ書きやらwebから拾ってきた資料はEvernoteの方に、学術雑誌やProceedingsの論文情報はMendeleyに入れ、今までそれらをごっちゃにまとめてたDropboxには解析データなどのバックアップファイルを主にあげることで、電子情報の管理がわかりやすくなったと思う。

ただ、Mendeleyにはこれまで紙媒体としてストックしてきた論文を一からデータベースに登録し、タグ付けやPDFファイルの添付などを行わなければいけず、これがとんでもなくメンドくさかった。

大体数にして400弱。それらの登録が今しがた終わったところだ。あー疲れた。

でもこれからは効率的に管理できそうですね。

2012年4月13日金曜日

さあ解析をしよう

昨年10月くらいに解析を担当した共同研究の草稿が共著者の方から送られてきました。

こちらではもうちょっとデータを追加して再解析する。24年度最初の仕事はこれですね。

最尤法と、(お作法で)ベイズも。ベイズはPhylobayesでいいかなとも思ったけど、折角だからgaston使ってMrBayes MPI版を48コアで走らせるのも並行してやってみようかな。1遺伝子ではありますが、100taxaくらいはあるので、MCMCMCの収束を含めどれだけ早く終わるか見てみたい。


というかMrBAyes MPIはクラスタでちゃんと動くのかな。前のRAxMLもなんか挙動おかしかったし、そこんとこも含めてちゃんとテストしてみないといけませんね。

2012年4月10日火曜日

開幕書類ラッシュ

博士後期課程の分だけでなく、デュアルディグリ関係の申請もあるので書類の量が二倍以上。
生命環境とシステム情報工学の支援室を行ったり来たり。
あーいやだいやだ。早く終わらせたい。

2012年4月8日日曜日

君のいない部屋がこんなに広いなんて その2

今回はロードバイクが初回点検&クリーニング(無料)のために、購入店で一週間のお泊り。

本当なら今日はクラブライドに行くつもりだったけど、昨日の夜は久々にサークルの同期と集まって飲んで、コンタクトを着用したまま潰されてしまい、朝起きたら目が疲労していたので中止。それほど危なくはないと思うけど、眼鏡で100kmライドに出る気にはなれないんですよね。僕が使ってるのはサングラスみたいに遮光してくれるヤツでもないし。

でもショップにいくまでにロードに乗っていたら、昨日のヒルクライムの疲れと筋肉痛が地味に足にきていたからちょうどよかったかのかも。


おまけ:クロスバイクの方も買ってから一年以上経つから、そろそろワイヤ類とかを交換するべきかも。ああでも、この前修理に出した時に全体的なチェックもしてもらったんだっけな? でも目に見えて磨り減っているブレーキシューだけは替えなければ・・・ ついでに荷台とか泥除けとかも付けちゃおうかなぁ。

2012年4月7日土曜日

仏像にはこういう使い方もあるんだ!!

リボルテックタケヤの仏像シリーズのことはこの前も書いたが、それを使って色々ポーズとらせて遊んでいる写真があった。



まさか仏像で「チャーハン作るよ!」ができるようになるとは・・・良い時代になったものだ。
そういえば次の新作は「風神」なんですよね。これはちょっと欲しいと思ったりもする。

オレ すげー坂好きっぽい

ツールドつくばにエントリーしたし(クラスは男子一般)、春夏用のサイクリングウェアも1セット揃えたしで、今日は実際に当日レースで走るコースを走ってきました。

コースは平沢官衙遺跡からスタートして、直後に地元の自転車愛好家なら誰でも知ってる不動峠を登り始めます。4kmくらいは延々と登り。しかも最後は斜度10%を超える。僕なんかではアウターギアに入れてるとダンシング(立ち漕ぎ)無しでは登りきれないくらい急な坂です。そのあとは筑波スカイラインに入って、しばらくはアップダウンの繰り返し。蛇行した見通しの悪い箇所が多く、更に下りでは結構なスピードが出るのでカーブでは注意が必要です。この辺りは道に「二輪車進入禁止」と書いてあるので、「自転車は良いのか? ・・・でも上から降りてくる人もいるし、多分大丈夫だろう」とか思いながら走っていました。で、コースの最後はつつじが丘駐車場に至る風返し峠。ここも約1.5km登りだけですが、道も広いし最初の峠に比べればよっぽど楽でした。

スタートからゴールまでかかった時間はちょうど40分くらい。初めてなので行程がよく分からず、ある程度セーブして漕いでいたから、きちんとマネジメントすれば2〜3分は縮められるかな? 今回は意地を見せてアウターだけで登ったけど、不動峠だけでもインナーにシフトしておけばそれだけでかなり体力が温存できそう。13分カットできればエキスパートクラスでも優勝を競えますが、まぁそれは無理でしょう(笑)

ちなみにタイトルは漫画『弱虫ペダル』の真波山岳君のセリフですが、僕も登りの方が得意っぽいです。登り坂は小柄で体重の軽い人が有利らしいので、意外と向いているのかもしれません。


おまけ:走れば走る程、どんどん良いものが欲しくなってくるのは困ったものです。まずは一番効果があると言われるホイールを替えたいところですが・・・

2012年4月2日月曜日

メモ:CentOS6にDropbox入れるとアップデートできなくなる

CentOSにDropboxを入れると、そのあとyumなんかでアップデートしようとしたときにリポジトリがないみたいな感じで怒られる。

これに対しては、/etc/yum.repos.d/dropbox.repoを編集し、
baseurl/~~~~~/fedora/##←この部分を15に変える。

メモ:CentOS6にNVIDIAドライバを入れる

CentOS6ではテキストモードで起動(/etc/inittabでid:5:initdefault:の5を3に変更)しても、デフォルトで入っているNouveauというドライバが起動してGPUを独占する。この状態でNVIDIAドライバ入れようとするとインスコ弾かれてしまう。

別に通常仕様ではこれで問題ないが、デュアルディスプレイ設定とかCUDA入れるとかでNVIDIAドライバを入れないといけないのでこれは困る。

この解決策としてはNouveauを無効にすることで、/boot/grub/grub.confを編集し、"kerner"で始まる行の末尾に"nouveau.modeset=0"と追加すればよい。