2012年4月13日金曜日

さあ解析をしよう

昨年10月くらいに解析を担当した共同研究の草稿が共著者の方から送られてきました。

こちらではもうちょっとデータを追加して再解析する。24年度最初の仕事はこれですね。

最尤法と、(お作法で)ベイズも。ベイズはPhylobayesでいいかなとも思ったけど、折角だからgaston使ってMrBayes MPI版を48コアで走らせるのも並行してやってみようかな。1遺伝子ではありますが、100taxaくらいはあるので、MCMCMCの収束を含めどれだけ早く終わるか見てみたい。


というかMrBAyes MPIはクラスタでちゃんと動くのかな。前のRAxMLもなんか挙動おかしかったし、そこんとこも含めてちゃんとテストしてみないといけませんね。

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