2012年4月19日木曜日

LG&MtZoa入りMrBayes3.2

自分の解析で使いたかったので、MrBayes3.2でデフォルトでLG,MtZoaを使えるようにしました。マニュアルによると自前の置換マトリックスをNEXUSファイルに組み込めば使えるらしいですか、そんなん面倒くさいのでソースコードいじって初めからモデルが使えるようにしました。

本当はちゃんとLG,MtZoa用の配列やらなんやらを新しく作らないといけないんですが、今あんまり時間が無いので、とりあえず滅多に使わないであろうJones, VTモデルの中身をLG,MtZoaに入れ替えるという方針をとりました。

ソースコードではmodel.cで置換モデルのrateを配列に格納しているので、この部分を改変。新しく作ったmodel.cを元々のファイルと置き換えて、そのままコンパイルすることでJones->LG, VT->MtZoaのmbが生成されます。

改変したmodel.cはwikiに置いておきますので、使いたいひとはダウンロードして適当に自分のマシンに入れてください。

https://sites.google.com/site/memwiki/tips/keitou-kankei-sofutou-ea/jisaku

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