2012年6月27日水曜日

クライマーのゴールはいつもこうだ

勝者は空を仰ぎ見 敗者はうらめしそうに地面に伏す


・・・いつかそんな接戦をやってみたいものですね。

というわけで出場してきましたツールドつくば2012! 今年でまだ第四回という新しいイベントですが、出場者数は去年より大幅増で合計877名(筑波山の標高にちなんでいるそうです)。僕がエントリーした一般男子A部門(39歳以下)でも339人が完走していました。

気になるリザルトは36分弱でトップとの差は約7分。平均時速にすると20kmちょいで、部門順位は80位くらいでした。練習では38分を切れなくて苦しんでましたから、かなり本番補正が乗ってくれたと思います。大勢で競っているという空気の力はスゴイですね。初レースにしてはなかなかの結果だと満足しています。

ラスト1kmから2枚シフトアップ+ダンシング、ラスト50mは無呼吸で激踏したのでゴール直後は倒れそうなくらい息が苦しかった(登りとはいえ30km/hくらいしか出ていないゴールスプリントwww って感じなんですが、本人は必死です)ですが、レースの雰囲気は一人や少人数集団で走っていると全然違ってとても楽しく、新鮮でした。それと、知ってるメーカーや知らないメーカー、カッコいいホイールやコンポーネントなどなど、非常に多種多様なロードレーサーが拝めたのも面白かったです。痛ジャージも何着か目にすることができましたし(笑) 

来年も出場することができたら、33分くらいで走って50番以内を狙いたいですね。

おまけ:今回の反省点や感想
1. ペダリングスキルをきちんと身に着けて、ハイケイデンスクライムを習得する
2. 早起きして開会式にでる必要は皆無
3. 実力差はやはりマシンよりライダーに大きく依存するけど、良いホイールが欲しい
4. もっと自転車に乗りたい、速く走れるようになりたい。 

半額免除貰った!

日本学生支援機構から修士2年間第一種奨学金を貰っていましたが、免除申請が通って半額免除になった!

全額免除には業績が足りなかったようだけど、半額でも十分嬉しい。PDの書類の「特許等」に書けるところもできたしね。ヒャッホウ

あと、業者に頼んでいた24 core (2CPU) 96GBメモリのワークステーションも来ました!
実験室に一台、CCSの自分デスクに一台です。これで解析面では怖いモンなしだぜ。

ということで、明日は1日ワークステーションのセットアップマラソンに励みます。

2012年6月26日火曜日

国際救助隊も楽じゃありませんよ

きらめく太陽と青い海に囲まれた南太平洋の小さな島。
いかにも南国リゾートのような島から、ひとたび地球のどこかでSOSが発信されると、銀色に輝く機体がプールに隠された発射穴から飛び出し、緑色の大きな貨物機体がヤシの木が倒れることで現れる滑走路から飛び立っていく。
そして、瞬く間に困難な救助活動をスーパーメカでいとも簡単にやり遂げて、帰っていく。
どこの誰だかはわからないけれども、彼らが国際救助隊[International Rescue)であることはみんな知っているのだ。

「サンダーバード」は1965年に英国で放映されたマリオネットをしようした特撮で、日本では1966年に放映され1992年に再放送された。1992年の再放送を国際救助隊の面々が操るサンダーバードやスーパーメカのリアリティさやカッコ良さにひかれた当時5歳の僕は食い入るように見ていた。当時大好きすぎてビデオからおもちゃなどいろいろ集めていた記憶があります。

時は流れて2012年、なんと東京の神保町に「サンダーバードカフェ」がオープンしたのだ!しかも、配給元公認!

その情報を妹(軽度のオタク:腐ってはいない)から聞き、これは行かないわけにはいかない!と、さっそく妹と行ってきました。

神保町に降り立ち、小川町スポーツ街の方へ足を運ぶ。三省堂書店と書泉ブックタワーの間の路地に…

オシャレなバーの横に秘密組織とは裏腹に堂々と主張していました。
両脇が造花で生い茂る狭い階段を降りると…
IRの紋章が刻まれた厚い扉が出現!
それを開けると…
1号とスコット・トレーシーがお出迎え!
案内された席の後ろには
コンテナのジオラマが!ジェットモグラ!
さらに壁には
劇中に出てくる顔写真通信システム!
妹も僕もテンションがダダ上がり!
そしてメニューはサンダーバードのキャラクターやメカにちなんだメニュー!

どんなメニューかは実際に行って確かめてください!

メニューを頼むことは訓練らしく5回の訓練で正隊員になれ証にピンバッジがもらえるそうです。
妹は通うと宣言していました。



お会計するところには2号のジオラマが!

サンダーバードカフェはアルコール飲料もありバー的な感じでも利用できるようです。
サンダーバード好きにはたまらないお店でした。

次回はこれを頼んでみようと思います。

2012年6月18日月曜日

遅くなりましたが...

みなさん、こんにちは。
MEMメンバー+山野君Ver.はfacebookにいながい先生がアップして下さいました☆が今回、MEMメンバー+村上君Ver.のデータを入手したのでアップします!!
MEM、KKKのみなさん、今年度もよろしくお願いします。
沢山思い出を作りましょうね♪



当たり前のことを、当たり前にできるようになれ!

今日はRNAの仕事があり、ちょうどM尾さんも同じRNAサンプルを使うのでM尾さんを待っていました。

しかし、待てどもM尾さんは来ません。午前中いっぱい来なかったので、あきらめて午前中に準備し午後から行うことに。

午後になってもM尾さんが来ないので、不思議に思い同居人に尋ねたところ、家にはいたことが判明。

一応M尾さんに電話してみると
3コール位してすぐにつながりました。

僕 「今日は休むの?」
M尾「えっ??今日って日曜日じゃないんですか?


そんな素敵な後輩とともに午後から実験を再開します☆ミ

2012年6月15日金曜日

Accepted!

統計数理に投稿していた論文がアクセプトされました。

題名は
「配列組成の不均一性が分子系統解析の頑健性に及ぼす影響:タンパク質コード遺伝子を想定したシミュレーションによる評価」
です。

一応、査読付きですよ^^

 これまではタンパク質コードでない塩基配列でのcompositional heterogeneity(主にAT含量の不均一性)が系統解析の精度に与える影響について調べてきたわけですが、今度はそれをコドン配列をシミュレーションすることでタンパク質コード遺伝子に基づく解析を想定して行った、という論文です。

これはすなわち、タンパク質コード遺伝子配列を使った配列に基づく系統解析では一般的には翻訳後のアミノ酸配列を使うわけですが、その解析において元のコドン配列におけるAT含量の不均一が翻訳後のアミノ酸組成にどの程度の影響を及ぼすか、ひいてはアミノ酸配列を使った解析の頑健性にどれほどの悪影響を与えるか、ということも考慮して調べてみようというというものです。

結果は例によって「多くの人が思っている通り」ってやつですが、この論文では結果云々よりは「プログラムの進歩によってコドン配列+compositional heterogeneityという条件をシミュレーションで実現できるようになった」、というのが一番重要なポイントです。

まだこのようなシミュレーションをやった論文は(多分)出ていないので、自分が先駆けとなることができたというのも大きいですね。

 まあ、この論文だけでは(日本語だし)一般的にはまだまだインパクトが少ないですが、この手法を使った別の解析のデータでもう一本論文を準備している現状、「統計を使ってデータ解析をしている人達の査読を受けても掲載に足ると判断された」というのはそこそこのアドバンテージになると思います。

さて、この勢いに乗って早く書き上げるぞ~!

2012年6月11日月曜日

弓道が楽しい

顔本でもちょこちょこpostしてたんですが、5月から休日はずっと筑波大学の外部向け一般公開講座で弓道をやっていました。

もともとはM2あたりから時間の都合でテニスの練習や試合が出来なくなってきたのと、テニスは10年以上続けてきたので、ここらでそろそろ新しいことでも初めてみようかと思ったのがきっかけでした。ウェブページ漁ってみると、筑波大学の弓道場で練習する社会人弓道クラブがあり、昔から弓を引くことには興味があったので入ってみようかと思ったのですが、完全初心者では入れず、まずはそのクラブの監督(筑波大学弓道部の監督が兼任)が主催する公開講座に参加することが条件だったので、応募したところ2倍の競争率の中で運良く受講することが出来ました。

上述したように講師が筑波大学体育会弓道部の監督の方なので、基礎からきっちり教えて貰うことが出来ました。また、最初の3~4回は技術的なこと以外の作法などが中心で弓を引くのは待たないといけないかなと予想していたんですが、初日から弓を引かせて貰え、ずっと的前で練習することが出来たのでモチベーションを高く維持して昨日無事講義を修了、修了証書を貰って当初の目的通りクラブの方にも入会してきました。

最終日には初、中、上級者(僕は勿論初級者)ごっちゃで3人1チームを作り、色んなルールのもとで試合を行いました。

それでやったのが紅白・縦横・三晃・射割というものです。どれも7~8mくらいの距離(通常の1/4)から矢を射って的に中て得点を競うものですが、的の種類がそれぞれ違います。

紅白は的が左右で紅白に塗り分けされており、紅に中れば10点、白だと5点を貰えるというものです。2回やって2回目は紅白の得点が入れ替わります。

縦横は通常の丸い的とは違い、長方形の的を使います。一回目は縦長のもの、二回目は横長のものを使うので、上下左右の狙いがある程度つけられていないと中々中りません。

実は僕はこの日は前日館山まで徹夜で釣りしに行っててそのまま参加だったので、かなり眠くて集中力が底をついていたんですが、運もあり、縦横の横まで(一回の行射で2本矢を射るので)紅白4本縦2本と皆中でした。このまま通しで皆中を狙ったんですが、横長の2本目で緊張のため弓手(弓を持つ方=左手)に力が入らず、角見が弱くなり矢が右にそれてしまって外してしまいました。かなり悔しかったんですけどまあ初級者なんだから上手くいきすぎな方ですね・・・

三つ目の競技は三晃。これは通常の大きさの的、その半分くらいの大きさの的、そのまた半分くらいの大きさの的が三つ三角形に並び、それらを”順々に”射るものです。3人いるので、前の人が中れば次に自分はそれよりもっと小さい的を狙わなくてはいけません。

そして、最後にやったのが射割です。これは10cm四方のとても小さい的だけを狙うもので、この的の裏には紙吹雪が仕込んであるため、中ると紙吹雪が散って綺麗な所謂ボーナスゲームです。


僕は何とか中ったので、記念品として的を貰ってきました↓


端っこを掠っただけなので紙吹雪は散りませんでしたが、それでも中てたこと自体が嬉しかったです。


というわけで、講義も終わってしまったわけですが、これからは新しい趣味としてクラブで練習を続けていきたいと思います。まずは通常の距離から引いて中てるようになりたい!


2012年6月7日木曜日

OpenMP + HyperThreading

今NHモデルを使った系統解析ソフトウェアの並列化をやっているのだが、どうもOpenMPによる並列化でインテルのCPUのHyperThreadingをオンにしたままにすると、物理コア分までしか効率よく並列化ができないらしい。

自分のマシンがi7 960で、4 core使った並列解析までなら、スケーラビリティが良好だったのに、8 coreにしたとたんシングルスレッドのときよりも遅くなった。なんでやろ、と悩んでTMさんに相談したら↑のような問題らしい。

まあ、OpenMPの並列化だとメインには共有メモリ型のシステムでの並列化を前提にするから(一応分散メモリ型のシステムに適用することもできるらしいけど)、そもそもそこまでコア数は稼げないんですよね。一応OpenMPではうまく並列化できたみたいだから、次はMPIかXMPに挑戦することになるのかな。

とりあえず現状ではソースコードの中でサイトごとの尤度を計算するところを弄っているので、NHモデルを使うことで出てくる置換プロセスの不可逆性の問題には影響受けない部分で並列化していますが、CS的な観点からの要求では、置換プロセスの不可逆性も考慮しつつそこをダイレクトに並列化できるテクニックだったり、探索まで含めてnested-paralellizationが実現できるようなテクニックが必要なようです。う~ん難しそう。


しかし、MPIといえばPhyloBayesのMPI版はちょっと期待はずれな感じ。ちょっとスケーラビリティ悪すぎですね。12 core使ってもシングルスレッドの時と比べて体感3~4倍くらいしか速くなってないような気がします。今やってるデータ解析だとこれでも2~3か月かかっちゃいますよ。どーしよ。


解析面ではちょこちょこタスクが溜まってきた感じですが、とりあえず今日明日は論文関係の仕事を早く片付けないと。今日で共同研究の初稿書いて、明日はproofのチェックととーけーすーりのrevise終わらせなきゃ。。。

2012年6月3日日曜日

行けっ! ファ○ネル!!

gaston大活躍中。

これまで(サイズ的に)しょっぱいデータだけしか解析させてきませんでしたが、双子の寿命が近いこともあり、この新兵器も漸く実戦投入されてきました。

今は、ベータ版として手に入れたPhyloBayes MPIを使った解析を行っています。

MPIによる並列解析ってなんかあの有名な遠隔操作兵器を思い出させますよね(そうか?

Massage Passing Interface (複数のCPUが情報をバイト列からなるメッセージとして送受信することで協調動作を行えるようにする規格)を用いて、母機(管理ノード)より分離してGigabit Ethによる有線で遠隔操作され、オールレンジ探索を行う手法であるとかなんとか

ところで、PhyloBayesのMPI版だとスケーラビリティはどのくらいになるんでしょうか?MCMCという解析手法の特徴から、同期を取らなければいけない頻度が大きいので、そこまで画期的なパフォーマンス向上はみられないような気もしますが、とりあえず20コアくらい使って10倍以上は早くなってほしいところですねえ。