2012年6月3日日曜日

行けっ! ファ○ネル!!

gaston大活躍中。

これまで(サイズ的に)しょっぱいデータだけしか解析させてきませんでしたが、双子の寿命が近いこともあり、この新兵器も漸く実戦投入されてきました。

今は、ベータ版として手に入れたPhyloBayes MPIを使った解析を行っています。

MPIによる並列解析ってなんかあの有名な遠隔操作兵器を思い出させますよね(そうか?

Massage Passing Interface (複数のCPUが情報をバイト列からなるメッセージとして送受信することで協調動作を行えるようにする規格)を用いて、母機(管理ノード)より分離してGigabit Ethによる有線で遠隔操作され、オールレンジ探索を行う手法であるとかなんとか

ところで、PhyloBayesのMPI版だとスケーラビリティはどのくらいになるんでしょうか?MCMCという解析手法の特徴から、同期を取らなければいけない頻度が大きいので、そこまで画期的なパフォーマンス向上はみられないような気もしますが、とりあえず20コアくらい使って10倍以上は早くなってほしいところですねえ。

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