2012年9月28日金曜日

性能向上の理論的限界

並列計算の分野ではまず始めに説明されることだが、並列化されたプログラムというのは、必ずしも「使えるプロセッサ数(コア数)が増えれば増えるほど処理時間が縮小されていく」というわけではない。そこには理論的な限界というものがある。

プロセッサ数が無限にあるとして、プログラムにおける「並列処理できる部分」の「全体に対する割合」をPとすると、並列化によって得られる性能向上の限界は1 / (1 - P)である。

今回自分が並列化したプログラムでは、例えば100 taxa 50 bpのデータを逐次処理で解析した場合の全体の処理時間において、並列化できるルーチンの占める割合は93%ほどであった。

なので、並列化の効率をちゃんと高めてやれば、理論上は14~15倍までの速度向上が見込めるというわけだ。

二週間かかる解析が一日で出来るようになるのであれば、系統解析の分野から見ればかなり効率化されていると判断してもいいのではなかろうか・・・?

2012年9月27日木曜日

HYBRIDもできた

MPI+OpenMPのHYBRID並列版も出来た。

なんだ結構簡単じゃないか。一番上流の処理部分をMPIにして階層構造がちゃんと出来ていれば意外とすんなりいくモンだね。

2012年9月25日火曜日

MPI+NHモデルの実装

DDの課題としてNon-Homogeneousモデルを使える系統解析ソフトの並列化ってのをやってきたけど、OpenMPの実装から始め、本日漸くMPIでの並列計算を実装したプログラムを書き上げることができた。

メモリを連続にmallocしたりとか、プロセスごとにどのように計算を分担し結果を集約するかを色々試したりとか、OpenMPと比べてかなり難しい部分があったけど、HPCS研の方々の多大な協力を経て無事バグを乗り越え正常動作までこぎつけた。

まあまだ「出来ただけ」なので、これからやることはたくさんある。通信に費やされるデータを上手くパッキングしてデータ量を如何に少なくするかにチャレンジしたり、OpenMPとMPIを両方備えたHYBRID版を作ることにチャレンジしたり、最終的にはOpenMP, MPI以外のさらに効率的な並列化手段を実装させたり、コンピュータサイエンス側からみればまだまだ工夫することは山ほどある。

それに、今は塩基配列データに対する既存の1種類のNHモデルが使えるだけで、1本の系統樹の尤度計算しかできないけど、プログラムの根本的な部分をもっと弄っていけば、よりフレキシブルなモデルが使えたり、アミノ酸配列を使った解析ができたり、系統樹の探索まで行えるようになるだろう。そこまでに行き着くのには更に問題が色々ありそうだが、まずは最初の壁が超えられたようで嬉しい。


さて、まずはデータを取って、3週間後のCSセミナーの準備に取り掛からないかん。そして11月に行く予定の国際学会までにHYBRID版まで作ってしまいたいところ。

2012年9月14日金曜日

あのね先生はね一人一人の字を見れば誰の字かわかりますよ

すみません。全然わかりません。
っていうか、顔と名前を覚えられないです。

教育実習も本日で2週間が終わりを告げようとしております。
幸いにして、来週は祝日の関係で1コマ×3クラスしかありません。

毎日、毎日、授業計画と資料研究、レポートの採点に勤しむ日々です。

120人分のレポートの採点が地味に大変すぎる。
コメントを入れてしまうという愚行の為に激しく後悔をし続けた2日間。

ただ、ちゃんと観察をしていると見受けられるコメントをレポートから発見できたときは、
少しばかり嬉しい気分に。

とりあえず、学生控え室が暑過ぎて毎日ワイシャツがびちょびちょです。

そんな私は再来週に襲来します。平穏なD308とB306がうるさくなったらごめんなさいw

2012年9月8日土曜日

君のいない部屋がこんなに広いなんて その3

まさかの君のいない部屋シリーズの第三弾です。

今回もいなくなったのはマットブラックにチェレステブルーのラインがニクいあの機体。
 そして気になる理由は・・・ 車との接触事故。

 今日は久しぶりのサイクリングで、意気揚々と子貝川サイクリングロードに向かっていたところ、見通しの悪く横断歩道のない交差点にて、双方不注意による飛び出しで轢かれてしまいました。

ぶつかる直前に「あ、死んだ」と思いましたが、身体の方は左頬に擦過傷を作ったくらいで済みました。ドンビキするくらい血が出ましたが。最初は倒された時に地面と擦って出来たものだと思ってましたが、傷口をがきれい過ぎるので、衝撃でサングラスが飛んで行く前にレンズが皮をスライスしたのかもしれません。その後サングラスは粉砕されたので調べる事はできませんが。

バイクの方はカーボンフレームなので、基本的に一度でも大きな衝撃が入ったら丸ごと交換になります。と、プロショップの店員に脅されましたが、精密検査をしてもどこにも打痕が無く、このまま問題なく使えるみたいです。とても気に入っていたデザイン(しかも少数生産)なので、これだけは本当に良かったです。流石に無傷と言うわけにはいかず、ハンドルとレバーとフロントチェーンリングは交換になりました。

不幸中の幸いにて、事故に遭った割にはこのように被害は軽微でした。
とは言え、干していた水着が盗まれたり、ノルウェーで盗難に遭ったり、沖縄では台風のダブルパンチを喰らったりと、どうも今年は運気が低空飛行のようです。UGさんの言う通り、お祓いが必要ですね。