2012年11月15日木曜日

SC12 @Salt Lake City 3,4日目

3日目。

この日からは朝からいろんな発表があって見慣れた学会っぽさが出てくる感じでした。

発表といってもいろんなタイプがあり、Proceedingsで出した論文をもとに行う一番ガチなものから、会場にポスターを展示して、その内容について2~3分の短いスピーチを行う形式。コンテスト形式、発表というよりは一つの議題についてオーディエンスが好きに発言するディスカッション形式など、多種多様でした。

まずは、同じHPCS研のポス毒の方がHPC Challengeというコンテストのfinalistになっていたので、そのセッションに参加。その人の発表以外なにを言ってるか正直よくわかんなかったんですけど、どうも競合者にスゴイのがいたらしく、残念ながら入賞は逃してしまったようです。

午後は企業ブースであったHA-PACSのプレゼンを聞いたのち、ポスター発表を見に行きました。

興味があるところとしては、multiple pairwise alignmentをGPU計算で高速化、とか、土壌からリードしたDNAデータのアセンブリを行うのをGPU計算で高速化、といった感じの研究がありましたが、やっぱりあーいうのは計算時間が云々だけ見せるのではなく、何らかの実解析に応用した結果をで~んと出した方が興味を引くなと思いました。なんかやっぱり「で?」ていう印象が否めない・・・自分の研究についても言えるところですね。


適当にぶらついたあと、HPCS研の方々と夕食。バーが混んでたので会場近くのピザ屋へ。


石釜使って焼く本格的なもので、直径はだいぶデカいんですけど、高熱で焼くため生地自体は薄く手ごろなボリュームでした。これも旨かったけど、他の人が頼んでたカルボナーラも美味しかった!

教授から今日あったコンテストの裏話(プログラムのコンテストだけど、実はそれを実行するハードの性能でパフォーマンスにバイアスがかかったまま評価されている、とか)が聞けたんですけど、ポスター会場で1本、ここで2本ビールを飲んだだけで強烈に眠くなってしまい、最後らへんは完全寝落ち。海外に行くと時差ボケが若干残り続けるのか、どうもコンスタントに眠気に襲われてしまいます。



4日目

朝はgene networkをbayesian modelで表現するのにHPCを適用する、て感じの発表を聞いたけど、さすがにこの分野の基礎知識もなく、おまけにネイティブの早口英語だったからさっぱりわかんなかったw


あと、昼飯食べて企業ブースの留守番してたら、団体で見学の客が来て、テクニカルスタッフがちょうどいなかったので何故か僕がHA-PACSの紹介をすることに。。。「なんかね、GPUとGPUを計算ノード(CPU)を跨がずに直で繋いで性能あげてるんだって」とごく簡単に説明をごまかし、あとはポスターを見てくれと言い放って終わりwだってなんも知らねーしwww


ちなみに、九州大学のブースでFX10というクラスタ使ったプログラミングコンテストがあったので自分の並列化したプログラムで応募してきました(まあもとはオープンソースだし、こういう学会で使っても別に構わんでしょ)。

ピーク性能に対してどれだけFLOPS出せるかを競うコンテストだったんですが、参加者が少なく、自分のやつがその1日にエントリーした中でfirst prizeを取ったので賞品もらいましたw(充電式カイロ&携帯バッテリー)

まあ肝心の性能の方はちょっとここに書くのが躊躇われるくらいショボかったんで、参加賞程度に思っておきます。


午後にはこの学会発表で一番興味を引いた、「New Insights into the Colonisation of Australia Through the Analysis of the Mitochondrial Genome」という発表を聴きに行きました。これは上述した形式の中の、「ポスターを張ってshort speechを行う」というのに該当しました。内容としては、オーストラリアの各所に住むアボリジニからミトコンドリアゲノムを取ってきて、近隣の人種のデータと合わせてML解析と分岐年代推定(ここをクラスタ使って並列解析)したというもの。今回採取したデータが新たなlineageを形成した、ということでしたが、クレードの単系統性としては根っこの部分のBPがあまりなく、出てきたトポロジーを基にして分岐年代推定もしているので、結果の信頼性としてはどうかな、という感じ。まあ近いもの同士のデータでノイズもあまりないでしょうから、データ量が増えれば信頼性も増していくんじゃないでしょうかね。SC12にある発表としては特異で計算科学的なエッセンスも特になく、SMBEとかにある方がむしろ自然な感じの研究内容でした。

ああいう内容でも発表できるということは、自分の研究内容でも十分SCに研究発表として出せるということですよね。企業ブースの発表だと名前が載らず、業績欄に書けないということで若干損した気分になっていたこともあり、ちゃんと下調べしてチャレンジしておけば良かったと反省。来年は個人として出したいですね。


あとはinvited talkとして地球全体の気候変動をシミュレートする研究などを拝聴。会場がスゴイでかくて、スクリーンも今まで見たことないクラスの大きさ↓



こういうところで発表出来たらさぞ気持ちいいでしょうね~

夜は遅くまでシンポに参加してて他の人とはぐれたので一人で夕食。さっぱりしたもの+米が食べたかったので、ホテル近くのすし屋に。

ちょっと飯の握りが強くて硬かったのが気になりましたが、$20で食べ放題としてはまずまずのクオリティだった感じ。メニューには1 orderで2 piecesって書いてあるのに、食べ放題にしたら1 orderで3, 4 pieces出てきてワロタwあと味噌汁くれっていったら豆腐が2つだけちょこんと浮いてるスープが出てきてワロタw

普通だと1 order $4だったので7 orderくらいして元をとり、満腹になってホテルへ直帰。


明日は最終日で、夜は皆でステーキハウスに打ち上げに行くみたいなので楽しみ。



*余談



米国に来てBUDWEISERにハマった。まず安い!そしてさっぱりして飲みやすい!

オスロに行ったときはコロナ系のビールにハマったんですけど、バドもなかなか。

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